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万見
- EMDB-6183: 3D structure of RepA-WH1 single filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6183
タイトル3D structure of RepA-WH1 single filaments
マップデータNegative-staining EM reconstruction of single repA-WH1 filament
試料
  • 試料: Single RepA-WH1 filament
  • タンパク質・ペプチド: RepA
キーワードRepA-WH1 prionoid / amyloid protofilaments / amyloid assembly
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Torreira E / Moreno M / Fuentes-Perez ME / Fernandez C / Martin-Benito J / Moreno-Herrero F / Giraldo R / Llorca O
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Amyloidogenesis of bacterial prionoid RepA-WH1 recapitulates dimer to monomer transitions of RepA in DNA replication initiation.
著者: Eva Torreira / María Moreno-Del Álamo / Maria Eugenia Fuentes-Perez / Cristina Fernández / Jaime Martín-Benito / Fernando Moreno-Herrero / Rafael Giraldo / Oscar Llorca /
要旨: Most available structures of amyloids correspond to peptide fragments that self-assemble in extended cross β sheets. However, structures in which a whole protein domain acts as building block of an ...Most available structures of amyloids correspond to peptide fragments that self-assemble in extended cross β sheets. However, structures in which a whole protein domain acts as building block of an amyloid fiber are scarce, in spite of their relevance to understand amyloidogenesis. Here, we use electron microscopy (EM) and atomic force microscopy (AFM) to analyze the structure of amyloid filaments assembled by RepA-WH1, a winged-helix domain from a DNA replication initiator in bacterial plasmids. RepA-WH1 functions as a cytotoxic bacterial prionoid that recapitulates features of mammalian amyloid proteinopathies. RepA are dimers that monomerize at the origin to initiate replication, and we find that RepA-WH1 reproduces this transition to form amyloids. RepA-WH1 assembles double helical filaments by lateral association of a single-stranded precursor built by monomers. Double filaments then associate in mature fibers. The intracellular and cytotoxic RepA-WH1 aggregates might reproduce the hierarchical assembly of human amyloidogenic proteins.
履歴
登録2014年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月26日-
マップ公開2014年11月26日-
更新2015年1月14日-
現状2015年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6183.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-staining EM reconstruction of single repA-WH1 filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.75 Å/pix.
x 96 pix.
= 360. Å		3.75 Å/pix.
x 96 pix.
= 360. Å		3.75 Å/pix.
x 96 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.00119907 - 0.10290696
平均 (標準偏差)0.00245138 (±0.01110136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.753.753.75
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0010.1030.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Single RepA-WH1 filament

全体名称: Single RepA-WH1 filament
要素
  • 試料: Single RepA-WH1 filament
  • タンパク質・ペプチド: RepA

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超分子 #1000: Single RepA-WH1 filament

超分子名称: Single RepA-WH1 filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: single-chain helical filament / Number unique components: 1

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分子 #1: RepA

分子名称: RepA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: single-chain helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 0.1 M Na2SO4, 40 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 7% PEG4000, 3% MPD
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Specimens were adsorbed on glow-discharged copper grids and stained using 2% uranyl acetate for 2 minutes.
グリッド詳細: 400-mesh copper grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using a TVIPS F416 CMOS and the EM-MENU software (TVIPS).
日付2012年9月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 41586 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 41586
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細The particles were 2D-classified using CL2D implemented in Xmipp, and further processed using IHRSR. Note: Due to map resolution, the hand is arbitrary.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 12.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 81 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
CTF補正詳細: Each micrograph using BSOFT

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1hkq

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitting was carried out both in individual segments and in the whole filament. In this case, helical symmetry was further applied to fill the EM map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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