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- EMDB-54804: Structure of Cytochrome C6 bound Photosystem I from Chlamydomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54804
タイトルStructure of Cytochrome C6 bound Photosystem I from Chlamydomonas reinhardtii at 2.07 A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome C6 bound Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 11種
キーワードCytochrome C6 / Photosystem I / Chlamydomonas reinhardtii / CryoEM / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Cytochrome c6, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Mahapatra GP / Schuller JM
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of Chlamydomonas reinhardtii Photosystem I complexed with cytochrome c.
著者: Yu Ogawa / Gyana Prakash Mahapatra / Yuval Milrad / Michelle Schimpf / Genji Kurisu / Michael Hippler / Jan Michael Schuller /
要旨: Photosynthetic electron transfer relies on small soluble carriers that shuttle electrons between the cytochrome b₆f complex and Photosystem I (PSI). While copper-containing plastocyanin (Pc) serves ...Photosynthetic electron transfer relies on small soluble carriers that shuttle electrons between the cytochrome b₆f complex and Photosystem I (PSI). While copper-containing plastocyanin (Pc) serves this role in plants, the heme protein cytochrome c₆ (Cyt c₆) is also employed in algae and cyanobacteria. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of a Cyt c₆:PSI complex from Chlamydomonas reinhardtii. We observe that the heme group of Cyt c₆ is positioned ~11 Å away from P700, stabilized by extensive contacts involving a N-terminal helix-loop-helix motif of PSAF, characteristic of eukaryotic PSI. Notably, the algal Cyt c₆ also retains an arginine residue (R66) which is crucial for cyanobacterial donor:PSI reactions. Our structure reveals the previously uncharacterized interactions involving this residue; it can form a putative electrostatic contact with PsaB-D623 while also contributing to a tri-planar π(cation)-π interactions with adjacent residues. Our findings provide a structural framework for understanding the mechanism and evolution of donor:PSI interactions.
履歴
登録2025年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54804.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 373.76 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 373.76 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 373.76 Å

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投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.10601109 - 0.26621434
平均 (標準偏差)0.0005698026 (±0.0054862467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 373.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54804_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_54804_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome C6 bound Photosystem I

全体名称: Cytochrome C6 bound Photosystem I
要素
  • 複合体: Cytochrome C6 bound Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cytochrome C6 bound Photosystem I

超分子名称: Cytochrome C6 bound Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.193023 KDa
配列文字列: AKKVKIAVDR NPVETSFEKW AKPGHFSRTL SKGPNTTTWI WNLHADAHDF DSHTSDLEEI SRKVFSAHFG QLGIIFIWLS GMYFHGARF SNYEAWLSDP THIKPSAQVV WPIVGQEILN GDVGGGFQGI QITSGFFQLW RASGITSELQ LYTTAIGGLV M AAAMFFAG ...文字列:
AKKVKIAVDR NPVETSFEKW AKPGHFSRTL SKGPNTTTWI WNLHADAHDF DSHTSDLEEI SRKVFSAHFG QLGIIFIWLS GMYFHGARF SNYEAWLSDP THIKPSAQVV WPIVGQEILN GDVGGGFQGI QITSGFFQLW RASGITSELQ LYTTAIGGLV M AAAMFFAG WFHYHKAAPK LEWFQNVESM LNHHLGGLLG LGSLAWAGHQ IHVSLPVNKL LDAGVDPKEI PLPHDLLLNR AI MADLYPS FAKGIAPFFT LNWSEYSDFL TFKGGLNPVT GGLWLSDTAH HHVAIAVLFL VAGHMYRTNW GIGHSMKEIL EAH RGPFTG EGHVGLYEIL TTSWHAQLAI NLALFGSLSI IVAHHMYAMP PYPYLATDYG TQLSLFTHHT WIGGFCIVGA GAHA AIFMV RDYDPTNNYN NLLDRVIRHR DAIISHLNWV CIFLGFHSFG LYIHNDTMSA LGRPQDMFSD TAIQLQPVFA QWIQN THFL APQLTAPNAL AATSLTWGGD LVAVGGKVAM MPISLGTSDF MVHHIHAFTI HVTVLILLKG VLFARSSRLI PDKANL GFR FPCDGPGRGG TCQVSAWDHV FLGLFWMYNS LSIVIFHFSW KMQSDVWGTV TASGVSHITG GNFAQSANTI NGWLRDF LW AQSSQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALSIT QGRAVGVA H YLLGGIATTW SFFLARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 81.981992 KDa
配列文字列: TKLFPKFSQG LAQDPTTRRI WYGLAMAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GQLSIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVTDP VHIRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNISTSGV YQWWYTIGMR TNQDLYVGSV FLALVSAIFL FAGWLHLQPN F QPSLSWFK ...文字列:
TKLFPKFSQG LAQDPTTRRI WYGLAMAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GQLSIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVTDP VHIRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNISTSGV YQWWYTIGMR TNQDLYVGSV FLALVSAIFL FAGWLHLQPN F QPSLSWFK DAESRLNHHL SGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PESRGQHVGW DNFLSVLPHP QGLTPFFTGN WAAYAQSPDT AS HVFGTAQ GSGQAILTFL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAVIFIVAG HMYRTNFGIG HRMQAILEAH TPPSGSLGAG HKG LFDTVN NSLHFQLGLA LASVGTITSL VAQHMYSLPP YAFQAIDFTT QAALYTHHQY IAGFIMCGAF AHGAIFFIRD YDPE QNKGN VLARMLDHKE ALISHLSWVS LFLGFHTLGL YVHNDVMQAF GTPEKQILIE PVFAQWIQAA HGKALYGFDF LLSSK TSAA FANGQSLWLP GWLDAINNNQ NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAYD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHLTLWQG NVAQFDESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWTFLFG HLIYATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE KTPLANLVYW KDKPVALSIV QARLVGLAHF SVGYIFTY A AFLIASTSGR FG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.73813 KDa
配列文字列:
AHIVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKASQMAS APRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGS ESTRSMGLSY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.123686 KDa
配列文字列:
WTVPTLNPDT PSPIFGGSTG GLLRKAQTEE FYVITWEAKK EQIFEMPTGG AAIMRQGPNL LKFGKKEQCL ALTTQLRNKF KLTPCFYRV FPDGKVQYLH PADGVYPEKV NAGRVGANQN MRRIGQNVNP IKVKFSGRMM SPAEI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.151057 KDa
配列文字列:
EVGPKRGSLV KILRPESYWF NQVGKVVSVD QSGVRYPVVV RFENQNYAGV TTNNYALDEV VAAK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.970731 KDa
配列文字列:
PFVPPSWAPS VFVPLTGLVL PAIAMATLFV YIEKEAP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.629373 KDa
配列文字列:
(ACE)MKDFTTYLS TAPVIATIWF TFTAGLLIEI NRYFPDPLVF S

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #8: Cytochrome c6, chloroplastic

分子名称: Cytochrome c6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.647821 KDa
配列文字列:
ADLALGAQVF NGNCAACHMG GRNSVMPEKT LDKAALEQYL DGGFKVESII YQVENGKGAM PAWADRLSEE EIQAVAEYVF KQATDAAWK

UniProtKB: Cytochrome c6, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.957773 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYAKLEKK ELKTLEKRLK QYEADSAPAV ALKATMERTK ARFANYAKAG LLCGNDGLPH LIADPGLALK YGHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGYVGRQYL IAVKGEAKPT DKEIIIDVPL ATKLAWQGAG WPLAAVQELQ RGTLLEKEEN I TVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.130248 KDa
配列文字列:
GMLETPVTSA PIVATYLSNL PAYRTGVAPV LRGVEIGLAH GFLLAGPFIK LGPLRNVPET AEIAGSLSAA GLVLILALCL SIYGSAQFQ STPSIGVKTL SGRSVARDPL FSADGWSEFA AGFLVGGEAG VAWAYVCTQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

+
分子 #11: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 91 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #12: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #13: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #14: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 15 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #16: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #17: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #18: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #19: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #20: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #21: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 252 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 5mM HEPES, pH 7.5, 0.02% alphaDDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 平均露光時間: 1.9 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 30
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 53904
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 39000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7zqc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1cyi

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9se7:
Structure of Cytochrome C6 bound Photosystem I from Chlamydomonas reinhardtii at 2.07 A resolution

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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