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万見
- EMDB-4632: A dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4632
タイトルA dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from ZZ explant liver tissue and decorated with Fab 4B12 (component A with ~60 degree rotation around the dimer axis)
マップデータUnmasked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis.
試料
  • 組織: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments
    • 複合体: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of polymers of the severe deficiency Z alpha-1 antitrypsin variant
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-1 antitrypsin
      • タンパク質・ペプチド: 4B12 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B12 Fab light chain
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.1 Å
データ登録者Elliston ELK / Faull SV / Orlova EV / Gooptu B / Lomas DA / Irving JA
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N024842/1 英国
Other governmentUCLH/NIHR Biomedical Research Centre 英国
Wellcome TrustWellcome Trust 4-year PhD Interdisciplinary Programme in Structural, Computational and Chemical Biology 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structural basis for Z α-antitrypsin polymerization in the liver.
著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / ...著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / Elena Miranda / Elena V Orlova / James A Irving / David A Lomas /
要旨: The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal ...The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal serpinopathy and results from the formation and deposition of mutant forms of α-antitrypsin as "polymer" chains in liver tissue. No detailed structural analysis has been performed of this material. Moreover, there is little information on the relevance of well-studied artificially induced polymers to these disease-associated molecules. We have isolated polymers from the liver tissue of Z α-antitrypsin homozygotes (E342K) who have undergone transplantation, labeled them using a Fab fragment, and performed single-particle analysis of negative-stain electron micrographs. The data show structural equivalence between heat-induced and ex vivo polymers and that the intersubunit linkage is best explained by a carboxyl-terminal domain swap between molecules of α-antitrypsin.
履歴
登録2019年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4632.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unmasked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.54 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0065 / ムービー #1: 0.0065
最小 - 最大-0.022179862 - 0.042094585
平均 (標準偏差)0.00024149225 (±0.0036077944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 231.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.541.541.54
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.000231.000231.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0220.0420.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4632_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers...

ファイルemd_4632_additional.map
注釈Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers...

ファイルemd_4632_additional_1.map
注釈Tightly masked dimer component of alpha-1 antitrypsin polymers isolated from explant liver tissue; subunits rotated ~60 degrees around dimer axis.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsi...

全体名称: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments
要素
  • 組織: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments
    • 複合体: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of polymers of the severe deficiency Z alpha-1 antitrypsin variant
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-1 antitrypsin
      • タンパク質・ペプチド: 4B12 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B12 Fab light chain

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超分子 #1: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsi...

超分子名称: Polymers of the severe deficiency Z variant of alpha-1 antitrypsin labelled with 4B12 Fab fragments
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Polymers of alpha-1 antitrypsin were isolated from patient explant tissue and labelled with the Fab fragment of a non-conformationally selective monoclonal antibody (4B12).
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Explant tissue

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超分子 #2: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of p...

超分子名称: Complex between two 4B12 Fab fragments and a dimer component of polymers of the severe deficiency Z alpha-1 antitrypsin variant
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver
分子量実験値: 200 KDa

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分子 #1: Alpha-1 antitrypsin

分子名称: Alpha-1 antitrypsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 'Z' severe deficiency variant of alpha-1 antitrypsin
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Explant tissue
配列文字列: EDPQGDAAQK TDTSHHDQDH PTFNKITPNL AEFAFS LYR QLAHQSNSTN IFFSPVSIAT AFAMLSLGTK ADTHDEILEG LNFNLTEIPE AQIHEGF QE LLRTLNQPDS QLQLTTGNGL FLSEGLKLVD KFLEDVKKLY HSEAFTVNFG DTEEAKKQ I NDYVEKGTQG ...文字列:
EDPQGDAAQK TDTSHHDQDH PTFNKITPNL AEFAFS LYR QLAHQSNSTN IFFSPVSIAT AFAMLSLGTK ADTHDEILEG LNFNLTEIPE AQIHEGF QE LLRTLNQPDS QLQLTTGNGL FLSEGLKLVD KFLEDVKKLY HSEAFTVNFG DTEEAKKQ I NDYVEKGTQG KIVDLVKELD RDTVFALVNY IFFKGKWERP FEVKDTEEED FHVDQVTTV KVPMMKRLGM FNIQHCKKLS SWVLLMKYLG NATAIFFLPD EGKLQHLENE LTHDIITKFL ENEDRRSAS LHLPKLSITG TYDLKSVLGQ LGITKVFSNG ADLSGVTEEA PLKLSKAVHK A VLTIDKKG TEAAGAMFLE AIPMSIPPEV KFNKPFVFLM IEQNTKSPLF MGKVVNPTQK

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分子 #2: 4B12 Fab heavy chain

分子名称: 4B12 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Heavy chain of the Fab fragment of a non-conformationally-selective antibody (4B12) that binds to alpha-1-antitrypsin
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 器官: Spleen
配列文字列: QVKLEESGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFI GYYMHWVKQS HVKSLEWIGR INPYNGATRY NQNFQDRATL TVDKSSSTAY MDFHSLTSED SAVYYCVRWP GDYWGQGTSV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV ...文字列:
QVKLEESGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFI GYYMHWVKQS HVKSLEWIGR INPYNGATRY NQNFQDRATL TVDKSSSTAY MDFHSLTSED SAVYYCVRWP GDYWGQGTSV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCTS

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分子 #3: 4B12 Fab light chain

分子名称: 4B12 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Light chain of the Fab fragment of a non-conformationally-selective antibody (4B12) that binds to alpha-1-antitrypsin
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 器官: Spleen
配列文字列: DIVMTQTPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN NYIAWYQLKP GKGPRQLIHY TSKLQPGIPS RFSGSGSGSD YSFSISNLEP EDIGTYYCLR YEDLWTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS ...文字列:
DIVMTQTPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN NYIAWYQLKP GKGPRQLIHY TSKLQPGIPS RFSGSGSGSD YSFSISNLEP EDIGTYYCLR YEDLWTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLTL TKDEYERHNS YTCEATHKTS TSPIVKSFN

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolTris
50.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMEDTA
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
詳細: 3 microlitres of prepared sample was applied to glow-discharged carbon film on 300 mesh copper (CF300-Cu) grids. Sample was bound to the grid for 1 minute before blotting excess solution. 5 ...詳細: 3 microlitres of prepared sample was applied to glow-discharged carbon film on 300 mesh copper (CF300-Cu) grids. Sample was bound to the grid for 1 minute before blotting excess solution. 5 microlitres of 2% w/v uranyl acetate was applied for 1 minute before blotting; this staining step was repeated once.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細The sample comprised a mixed population of unbranched polymers of varying lengths, labelled with the Fab fragment of the 4B12 antibody.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.009 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.888 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 41470
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 68538
詳細: 8000 dimer particles were manually picked from the images, classified in RELION using Class2D, and 7 well-resolved 2D classes were used as autopicking references. Class2D was used with the ...詳細: 8000 dimer particles were manually picked from the images, classified in RELION using Class2D, and 7 well-resolved 2D classes were used as autopicking references. Class2D was used with the output from autopicking to exclude classes containing 'junk' particles.
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 3)CTF parameters
Bsoft (ver. 1.8.9-20140223)Phase flipping (bctf -action 1)

詳細: CTF correction was applied to the images prior to processing in RELION.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A well-resolved 2D class showing a clear presence of Fab bound to alpha-1 antitrypsin was converted to a 3D reference with symmetric height/depth along the Z axis determined by pixel intensity.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: PostProcess / 使用した粒子像数: 9239
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: Class3D
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 9239 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: Class3D
詳細: Successive rounds of 3D classification yielded two classes of dimers with well-resolved Fab protuberances, of which this entry is one.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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