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- EMDB-45776: C15 symmetrized DEV collar -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45776
タイトルC15 symmetrized DEV collar
マップデータC15 symmetrized DEV collar
試料
  • 複合体: Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV
    • タンパク質・ペプチド: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
キーワードcomplex / STRUCTURAL PROTEIN / gp53
機能・相同性: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase A1 activity / SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Iglesias SM / Hou CFD / Li F / Cingolani G
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Integrative structural analysis of Pseudomonas phage DEV reveals a genome ejection motor.
著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Francesca Forti / Stephano M Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / David S Horner / Michael Niederweis / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase ...DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase (vRNAP). Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de novo structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of Pseudomonas aeruginosa but dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We determine that DEV vRNAP is part of a three-gene operon conserved in 191 Schitoviridae genomes. We propose these three proteins are ejected into the host to form a genome ejection motor spanning the cell envelope. We posit that the design principles of the DEV ejection apparatus are conserved in all Schitoviridae.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C15 symmetrized DEV collar
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å		1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å		1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0018
最小 - 最大-0.017438434 - 0.03480356
平均 (標準偏差)0.00002187145 (±0.00056112587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 573.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45776_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_45776_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_45776_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV

全体名称: Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV
要素
  • 複合体: Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV
    • タンパク質・ペプチド: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein

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超分子 #1: Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV

超分子名称: Scaffolding protein of Pseudomonas phage DEV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)

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分子 #1: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein

分子名称: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 118.10918 KDa
配列文字列: MTTKVIFTFH NPDGSPQANE KFTVRLTRPG MSDAEHCVVI PETYEMVTDA KGEFTMDLES STSAYRVTAI GDDDEYEDDP CSQYTFTFY VPDSADPVYV QELILMPPPT NLPWDEEAMN KITQAVVDAR EARDEAEAQA DRAEVQVDLA KAEVVKAQDE V VKAKAEVT ...文字列:
MTTKVIFTFH NPDGSPQANE KFTVRLTRPG MSDAEHCVVI PETYEMVTDA KGEFTMDLES STSAYRVTAI GDDDEYEDDP CSQYTFTFY VPDSADPVYV QELILMPPPT NLPWDEEAMN KITQAVVDAR EARDEAEAQA DRAEVQVDLA KAEVVKAQDE V VKAKAEVT KAQAEVTKAA QQVELAKVEV GKAEASAAAA KVSETNAANA AAGSAASATA ATNQANRAKT EADRSKSEAD RA RDLADAM AEKVEGGSLP PLVGMNETFT YEGTDPYRWT VSGPATAVSD GSVMRLTKTD GSGSRAFVRQ AVSFPDSHWI VYM RVKTQT GTAAQNRSAQ IRFIAADKKD CVVYFNINAN GLVEPNTIHM QGTEGGTRNA ATMFTGLSTE TWLDLAVKYD AVNR HIELF RRLDTGVWQK GGGRLMVDAI KPAFIEVSSM PVAPQNWWLD LDFISVCKPN LICYGDSIAA GQNEYGVTRG SNSYN NNRN WAGTWFGKVP LYATNRNNLV LVQGVEGRRT WQYLSQLSEI SNSGVKVVFM HASTNDVNDA SMTMEKRTSD TQAIID QLH AVGAQVVLFN SMQGTKAYND ASSTTVKLRD YTDQWWNTEL PKVNGLAQTL DIARLIAKDG YMDPALGASD GLHLTNA SA QKIADKLGQF FSNSSDTNGF ASLDSPAFTG IPTVPTQTPF LPFGKTIANT EYVVTFIQDW TQRYGYGDLT MYSRTGAQ L SGGGVRSGYY HVPAGAGNPL PSGLNTSLAF VDHKSYDTNK GWQLWNPAYT GRLFIRTTNS AGTWQTPVEL ATFTWLDDN NVTKPRTLKF MELPLFNPPG SPSLSGFVPI QDSADGGWRN LSATPTGVAL LSASSAGGAL SYLGGMPIAN HTLPSNSIDN AALNGFYSV PSGTAGLPLG MDTTNGHAGI TSVFDNVTKY QLLFPRTGGA GSYATSVFYR ARSNNGWESW VRLLASNQLE G SVTTEPLT TAIFQNNGNN NQNVGRSVRF ADGTQIVYAT IRLTYSAVDV LQYTYTYPMG FVAPPTITVQ PILGARADIN DM PYFAVTS PFTYNVGNGN ALVQIYRVAG YTAHSFASTS FINCAVVAVG RWK

UniProtKB: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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