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- EMDB-30998: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 furin site mutant S-Trimer fr... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30998
タイトルCryo-EM structure of the SARS-CoV-2 furin site mutant S-Trimer from a subunit vaccine candidate
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human type 1a collagen
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Collagen alpha-1(I) chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Elaidic acid
  • リガンド: 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside
  • リガンド: water
キーワードspike protein / COVID-19 / vaccine / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type I trimer / cellular response to vitamin E / tooth mineralization / cellular response to fluoride / Anchoring fibril formation / intramembranous ossification / Crosslinking of collagen fibrils / collagen biosynthetic process / Collagen chain trimerization / Defective VWF binding to collagen type I ...collagen type I trimer / cellular response to vitamin E / tooth mineralization / cellular response to fluoride / Anchoring fibril formation / intramembranous ossification / Crosslinking of collagen fibrils / collagen biosynthetic process / Collagen chain trimerization / Defective VWF binding to collagen type I / platelet-derived growth factor binding / bone trabecula formation / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Extracellular matrix organization / embryonic skeletal system development / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / skin morphogenesis / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / endochondral ossification / Platelet Adhesion to exposed collagen / collagen fibril organization / response to steroid hormone / face morphogenesis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / Scavenging by Class A Receptors / GP1b-IX-V activation signalling / Syndecan interactions / blood vessel development / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of cell-substrate adhesion / response to hyperoxia / ECM proteoglycans / response to cAMP / Integrin cell surface interactions / protein localization to nucleus / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / GPVI-mediated activation cascade / cellular response to retinoic acid / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / visual perception / secretory granule / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Cell surface interactions at the vascular wall / skeletal system development / cellular response to amino acid stimulus / response to hydrogen peroxide / cellular response to glucose stimulus / sensory perception of sound / cellular response to mechanical stimulus / response to insulin / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to estradiol / protein transport / : / protease binding / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(I) chain / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zheng S / Ma J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of S-Trimer, a subunit vaccine candidate for COVID-19.
著者: Jiahao Ma / Danmei Su / Yinyan Sun / Xueqin Huang / Ying Liang / Linqiang Fang / Yan Ma / Wenhui Li / Peng Liang / Sanduo Zheng /
要旨: Within a year after its emergence, the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has infected over 100 million people worldwide with a death toll over 2 million. Vaccination ...Within a year after its emergence, the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has infected over 100 million people worldwide with a death toll over 2 million. Vaccination remains the best hope to ultimately put this pandemic to an end. Here, using Trimer-Tag technology, we produced both wild-type (WT) and furin site mutant (MT) S-Trimers for COVID-19 vaccine studies. Cryo-EM structures of the WT and MT S-Trimers, determined at 3.2 Å and 2.6 Å respectively, revealed that both antigens adopt a tightly closed conformation and their structures are essentially identical to that of the previously solved full-length WT S protein in detergent. The tightly closed conformation is stabilized by fatty acid and polysorbate 80 binding at the receptor binding domains (RBDs) and the N terminal domains (NTDs) respectively. Additionally, we identified an important pH switch in the WT S-Trimer that shows dramatic conformational change and accounts for its increased stability at lower pH. These results validate Trimer-Tag as a platform technology in production of metastable WT S-Trimer as a candidate for COVID-19 subunit vaccine.Effective vaccine against SARS-CoV-2 is critical to end the COVID-19 pandemic. Here, using Trimer-Tag technology, we are able to produce stable and large quantities of WT S-Trimer, a subunit vaccine candidate for COVID-19 with high safety and efficacy from animal and Phase 1 clinical trial studies. Cryo-EM structures of the S-Trimer subunit vaccine candidate show that it predominately adopts tightly closed pre-fusion state, and resembles that of the native and full-length spike in detergent, confirming its structural integrity. WT S-Trimer is currently being evaluated in global Phase 2/3 clinical trial. Combining with published structures of the S protein, we also propose a model to dissect the conformation change of the spike protein before receptor binding.
履歴
登録2021年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e7b
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.06462894 - 0.122765146
平均 (標準偏差)0.00024543735 (±0.0033070075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 304.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.360304.360304.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0650.1230.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human ...

全体名称: SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human type 1a collagen
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human type 1a collagen
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Collagen alpha-1(I) chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Elaidic acid
  • リガンド: 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside
  • リガンド: water

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human ...

超分子名称: SARS-CoV-2 spike protein fused to the C-terminal region of human type 1a collagen
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein,Collagen alpha-1(I) chain

分子名称: Spike glycoprotein,Collagen alpha-1(I) chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Chimeric protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.078203 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RAASVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKRSNG LPGPIGPPGP RGRTGDAGPV GPPGPPGPPG PPGPPSAGFD FSFLPQPPQE KAHDGGRYYR ANDAN VVRD RDLEVDTTLK SLSQQIENIR SPEGSRKNPA RTCRDLKMCH SDWKSGEYWI DPNQGCNLDA IKVFCNMETG ETCVYP TQP SVAQKNWYIS KNPKDKRHVW FGESMTDGFQ FEYGGQGSDP ADVAIQLTFL RLMSTEASQN ITYHCKNSVA YMDQQTG NL KKALLLKGSN EIEIRAEGNS RFTYSVTVDG CTSHTGAWGK TVIEYKTTKS SRLPIIDVAP LDVGAPDQEF GFDVGPVC

UniProtKB: Spike glycoprotein, Collagen alpha-1(I) chain

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #4: Elaidic acid

分子名称: Elaidic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ELA
分子量理論値: 282.461 Da

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分子 #5: 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-o...

分子名称: 2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: VCG
分子量理論値: 604.813 Da
Chemical component information

ChemComp-VCG:
2-hydroxyethyl 2-deoxy-3,5-bis-O-(2-hydroxyethyl)-6-O-(2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}ethyl)-alpha-L-xylo-hexofuranoside

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細: blot time 2 seconds, blot force 4, waiting time 8 seconds.
詳細monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1504770
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vxx

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / ソフトウェア - 詳細: reconstruction / 使用した粒子像数: 384013
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vxx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7e7b:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 furin site mutant S-Trimer from a subunit vaccine candidate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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