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万見
- EMDB-2985: The structure of the COPI coat triad -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2985
タイトルThe structure of the COPI coat triad
マップデータReconstruction of the COPI coat triad
試料
  • 試料: COPI coat triad on the membrane
  • タンパク質・ペプチド: Coat protein 1
  • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
キーワードCOPI / coatomer / coated vesicles
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / protein localization to axon / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / protein localization to axon / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / organelle membrane contact site / COPI-mediated anterograde transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / Golgi vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of fatty acid metabolic process / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / pigmentation / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / intracellular protein transport / macroautophagy / hormone activity / protein transport / growth cone / axon / Golgi membrane / GTPase activity / neuronal cell body / mRNA binding / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer gamma subunit / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit ...Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer gamma subunit / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Coatomer delta subunit / Coatomer delta subunit / Coatomer subunit alpha / Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / AP complex, mu/sigma subunit / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit zeta-1 / Coatomer subunit delta / Coatomer subunit alpha / Coatomer subunit beta / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Dodonova SO / Diestelkoetter-Bachert P / von Appen A / Hagen WJH / Beck R / Beck M / Wieland F / Briggs JAG
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: VESICULAR TRANSPORT. A structure of the COPI coat and the role of coat proteins in membrane vesicle assembly.
著者: S O Dodonova / P Diestelkoetter-Bachert / A von Appen / W J H Hagen / R Beck / M Beck / F Wieland / J A G Briggs /
要旨: Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats ...Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats that localize cargo and polymerize into cages to bend the membrane. Although extensive structural information is available for components of these coats, the heterogeneity of trafficking vesicles has prevented an understanding of how complete membrane coats assemble on the membrane. We combined cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and cross-linking mass spectrometry to derive a complete model of the assembled coat protein complex I (COPI) coat involved in traffic between the Golgi and the endoplasmic reticulum. The highly interconnected COPI coat structure contradicted the current "adaptor-and-cage" understanding of coated vesicle formation.
履歴
登録2015年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月17日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2015年7月22日-
現状2015年7月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a1u
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5a1u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2985.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the COPI coat triad
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 403.8 Å		2.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 403.8 Å		2.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 403.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.019 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-4.60402393 - 8.79460621
平均 (標準偏差)0.05946533 (±0.82508308)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 403.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0192.0192.019
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.800403.800403.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-4.6048.7950.059

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : COPI coat triad on the membrane

全体名称: COPI coat triad on the membrane
要素
  • 試料: COPI coat triad on the membrane
  • タンパク質・ペプチド: Coat protein 1
  • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1

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超分子 #1000: COPI coat triad on the membrane

超分子名称: COPI coat triad on the membrane / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The COPI coated vesicles were formed in an in vitro reconstituted budding reaction, which was plunge-frozen without further purification.
Number unique components: 2
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: Coat protein 1

分子名称: Coat protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: COPI / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Golgi, cytoplasm
分子量理論値: 560 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFBDM
配列InterPro: Coatomer subunit alpha, Coatomer beta' subunit (COPB2), Coatomer, epsilon subunit, Coatomer beta subunit (COPB1), Coatomer delta subunit, Coatomer gamma subunit, AP complex, mu/sigma subunit

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分子 #2: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Arf1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast / 細胞中の位置: Golgi
分子量理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pOW12
配列UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1 / InterPro: Small GTPase superfamily, ARF type

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 50 mM KAc, 1mM MgCl2
グリッド詳細: C-Flat Multihole 3C-50 grids glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: The grids were glow discharged for 1 min at 20 mA. 5 ul of 10 nm fiducial gold was added to 40 ul of reaction mix. The reaction mix with the in vitro formed coated vesicles was applied to a ...手法: The grids were glow discharged for 1 min at 20 mA. 5 ul of 10 nm fiducial gold was added to 40 ul of reaction mix. The reaction mix with the in vitro formed coated vesicles was applied to a grid. The grid was blotted for 12 seconds at room temperature before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 89 K / 最高: 91 K / 平均: 90 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年2月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 45 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Reconstruction was performed using subtomogram averaging. Subtomogram averaging was carried out using scripts from the TOM (Nickell et al, 2005) and AV3 (Foerster et al, 2005) packages. Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM, AV3
詳細: The reconstructions were carried out for two independent datasets. Two final maps were used to estimate resolution and were averaged together to provide the final map.
使用したサブトモグラム数: 13186
CTF補正詳細: phase flipping of individual tilts
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3mkq


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structure (chains A and B) was fitted into the EM map using global search option in Chimera software.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-5a1u:
The structure of the COPI coat triad

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3tjz


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structure (chains A, B, C) was fitted into the EM map using global search option in Chimera software.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-5a1u:
The structure of the COPI coat triad

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1pzd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structure (chain A) was fitted into the EM map using in Chimera software.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-5a1u:
The structure of the COPI coat triad

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4j87


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structure (chain A) was fitted into the EM map using in Chimera software.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-5a1u:
The structure of the COPI coat triad

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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