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- EMDB-27015: Human PA200-20S proteasome with MG-132 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27015
タイトルHuman PA200-20S proteasome with MG-132
マップデータ
試料
  • 複合体: PA200-20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 2種
キーワードproteolysis / protein degradation / complex / inhibitor / MG-132 / MG132 / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatoproteasome complex / sperm DNA condensation / purine ribonucleoside triphosphate binding / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / sperm glycocalyx / peptidase activator activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / proteasome core complex / perinuclear theca ...spermatoproteasome complex / sperm DNA condensation / purine ribonucleoside triphosphate binding / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / sperm glycocalyx / peptidase activator activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / proteasome core complex / perinuclear theca / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / proteasome binding / myofibril / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / sperm head-tail coupling apparatus / immune system process / proteasome endopeptidase complex / NF-kappaB binding / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome assembly / proteasome core complex, alpha-subunit complex / : / ciliary tip / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / sarcomere / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / centriole / sperm end piece / P-body / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / lipopolysaccharide binding / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of DVL / Degradation of CRY and PER proteins / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / Activation of NF-kappaB in B cells / G2/M Checkpoints / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Defective CFTR causes cystic fibrosis / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Hedgehog 'on' state / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Degradation of CDH1 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ABC-family protein mediated transport / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / response to virus / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Downstream TCR signaling / peptidase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / sperm principal piece / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ER-Phagosome pathway / Neddylation / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / sperm midpiece / secretory granule lumen / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal ...Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 ...Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome activator complex subunit 4 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the human PA28-20S proteasome enabled by efficient tagging and purification of endogenous proteins.
著者: Jianhua Zhao / Suraj Makhija / Chenyu Zhou / Hanxiao Zhang / YongQiang Wang / Monita Muralidharan / Bo Huang / Yifan Cheng /
要旨: The ability to produce folded and functional proteins is a necessity for structural biology and many other biological sciences. This task is particularly challenging for numerous biomedically ...The ability to produce folded and functional proteins is a necessity for structural biology and many other biological sciences. This task is particularly challenging for numerous biomedically important targets in human cells, including membrane proteins and large macromolecular assemblies, hampering mechanistic studies and drug development efforts. Here we describe a method combining CRISPR-Cas gene editing and fluorescence-activated cell sorting to rapidly tag and purify endogenous proteins in HEK cells for structural characterization. We applied this approach to study the human proteasome from HEK cells and rapidly determined cryogenic electron microscopy structures of major proteasomal complexes, including a high-resolution structure of intact human PA28αβ-20S. Our structures reveal that PA28 with a subunit stoichiometry of 3α/4β engages tightly with the 20S proteasome. Addition of a hydrophilic peptide shows that polypeptides entering through PA28 are held in the antechamber of 20S prior to degradation in the proteolytic chamber. This study provides critical insights into an important proteasome complex and demonstrates key methodologies for the tagging of proteins from endogenous sources.
履歴
登録2022年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27015.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.6902276 - 1.4840398
平均 (標準偏差)0.0041408734 (±0.055470504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27015_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27015_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PA200-20S proteasome

全体名称: PA200-20S proteasome
要素
  • 複合体: PA200-20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator complex subunit 4
  • リガンド: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-L-leucinamide
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

+
超分子 #1: PA200-20S proteasome

超分子名称: PA200-20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
配列文字列: MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV ...文字列:
MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.525842 KDa
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MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS AAAVSMLKQD YKEGEMTLKS ALALAIKVLN KTMDVSKLSA EKVEIATLTR ENGKTVIRVL KQKEVEQLIK KH EEEEAKA EREKKEKEQK EKDK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.929891 KDa
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV REFLEKNYTD EAIETDDLTI KLVIKALLEV VQSGGKNIEL AVMRRDQSLK ILNPEEIEKY VAEIEKEKEE NE KKKQKKA S

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.435977 KDa
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MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.595627 KDa
配列文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列:
MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPA QPADEPAEKA DEPMEH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.469252 KDa
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MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DIVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG ELTNGRHEIV PKDIREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.432459 KDa
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #8: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.32198 KDa
配列文字列: TTIAGVVYKD GIVLGADTRA TEGMVVADKN CSKIHFISPN IYCCGAGTAA DTDMTTQLIS SNLELHSLST GRLPRVVTAN RMLKQMLFR YQGYIGAALV LGGVDVTGPH LYSIYPHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE DKFRPDMEEE EAKNLVSEAI A AGIFNDLG ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-7

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.972896 KDa
配列文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS ...文字列:
MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.864277 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

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分子 #11: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.484369 KDa
配列文字列: TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA ...文字列:
TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA YSGGAVNLYH VREDGWIRVS SDNVADLHEK YSGSTP

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.522396 KDa
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MLSSTAMYSA PGRDLGMEPH RAAGPLQLRF SPYVFNGGTI LAIAGEDFAI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN VEHVPLSLDR AMRLVKDVFI SAAERDVYTG DALRICIVTK EGIREETVSL RK D

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

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分子 #13: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.231178 KDa
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

+
分子 #14: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.921836 KDa
配列文字列: TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QVYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG ...文字列:
TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QVYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG SSGGVIRLAA IAESGVERQV LLGDQIPKFA VATLPPA

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

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分子 #15: Proteasome activator complex subunit 4

分子名称: Proteasome activator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 211.593344 KDa
配列文字列: MEPAERAGVG EPPEPGGRPE PGPRGFVPQK EIVYNKLLPY AERLDAESDL QLAQIKCNLG RAVQLQELWP GGLFWTRKLS TYIRLYGRK FSKEDHVLFI KLLYELVSIP KLEISMMQGF ARLLINLLKK KELLSRADLE LPWRPLYDMV ERILYSKTEH L GLNWFPNS ...文字列:
MEPAERAGVG EPPEPGGRPE PGPRGFVPQK EIVYNKLLPY AERLDAESDL QLAQIKCNLG RAVQLQELWP GGLFWTRKLS TYIRLYGRK FSKEDHVLFI KLLYELVSIP KLEISMMQGF ARLLINLLKK KELLSRADLE LPWRPLYDMV ERILYSKTEH L GLNWFPNS VENILKTLVK SCRPYFPADA TAEMLEEWRP LMCPFDVTMQ KAITYFEIFL PTSLPPELHH KGFKLWFDEL IG LWVSVQN LPQWEGQLVN LFARLATDNI GYIDWDPYVP KIFTRILRSL NLPVGSSQVL VPRFLTNAYD IGHAVIWITA MMG GPSKLV QKHLAGLFNS ITSFYHPSNN GRWLNKLMKL LQRLPNSVVR RLHRERYKKP SWLTPVPDSH KLTDQDVTDF VQCI IQPVL LAMFSKTGSL EAAQALQNLA LMRPELVIPP VLERTYPALE TLTEPHQLTA TLSCVIGVAR SLVSGGRWFP EGPTH MLPL LMRALPGVDP NDFSKCMITF QFIATFSTLV PLVDCSSVLQ ERNDLTEVER ELCSATAEFE DFVLQFMDRC FGLIES STL EQTREETETE KMTHLESLVE LGLSSTFSTI LTQCSKEIFM VALQKVFNFS TSHIFETRVA GRMVADMCRA AVKCCPE ES LKLFVPHCCS VITQLTMNDD VLNDEELDKE LLWNLQLLSE ITRVDGRKLL LYREQLVKIL QRTLHLTCKQ GYTLSCNL L HHLLRSTTLI YPTEYCSVPG GFDKPPSEYF PIKDWGKPGD LWNLGIQWHV PSSEEVSFAF YLLDSFLQPE LVKLQHCGD GKLEMSRDDI LQSLTIVHNC ILGSGNLLPP LKGEPVTNLV PSMVSLEETK LYTGLEYDLS RENHREVIAT VIRKLLNHIL DNSEDDTKS LFLIIKIIGD LLQFQGSHKH EFDSRWKSFN LVKKSMENRL HGKKQHIRAL LIDRVMLQHE LRTLTVEGCE Y KKIHQDMI RDLLRLSTSS YSQVRNKAQQ TFFAALGAYN FCCRDIIPLV LEFLRPDRQG VTQQQFKGAL YCLLGNHSGV CL ANLHDWD CIVQTWPAIV SSGLSQAMSL EKPSIVRLFD DLAEKIHRQY ETIGLDFTIP KSCVEIAELL QQSKNPSINQ ILL SPEKIK EGIKRQQEKN ADALRNYENL VDTLLDGVEQ RNLPWKFEHI GIGLLSLLLR DDRVLPLRAI RFFVENLNHD AIVV RKMAI SAVAGILKQL KRTHKKLTIN PCEISGCPKP TQLIAGDRPD NHWLHYDSKT IPRTKKEWES SCFVEKTHWG YYTWP KNMV VYAGVEEQPK LGRSREDMTE AEQIIFDHFS DPKFVEQLIT FLSLEDRKGK DKFNPRRFCL FKGIFRNFDD AFLPVL KPH LEHLVADSHE STQRCVAEII AGLIRGSKHW TFEKVEKLWE LLCPLLRTAL SNITVETYND WGACIATSCE SRDPRKL HW LFELLLESPL SGEGGSFVDA CRLYVLQGGL AQQEWRVPEL LHRLLKYLEP KLTQVYKNVR ERIGSVLTYI FMIDVSLP N TTPTISPHVP EFTARILEKL KPLMDVDEEI QNHVMEENGI GEEDERTQGI KLLKTILKWL MASAGRSFST AVTEQLQLL PLFFKIAPVE NDNSYDELKR DAKLCLSLMS QGLLYPHQVP LVLQVLKQTA RSSSWHARYT VLTYLQTMVF YNLFIFLNNE DAVKDIRWL VISLLEDEQL EVREMAATTL SGLLQCNFLT MDSPMQIHFE QLCKTKLPKK RKRDPGSVGD TIPSAELVKR H AGVLGLGA CVLSSPYDVP TWMPQLLMNL SAHLNDPQPI EMTVKKTLSN FRRTHHDNWQ EHKQQFTDDQ LLVLTDLLVS PC YYA

UniProtKB: Proteasome activator complex subunit 4

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分子 #16: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-4-methyl-1-oxopentan-2-y...

分子名称: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-L-leucinamide
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: LDZ
分子量理論値: 475.621 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-PRD_000907:
Unknown entry / 阻害剤*YM

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分子 #17: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70412
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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