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万見
- EMDB-25712: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25712
タイトルStructure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine 1-phosphate receptor 2
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


D5 dopamine receptor binding / : / positive regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of fibroblast migration / sphingosine-1-phosphate receptor activity / Lysosphingolipid and LPA receptors / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / filopodium assembly ...D5 dopamine receptor binding / : / positive regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of fibroblast migration / sphingosine-1-phosphate receptor activity / Lysosphingolipid and LPA receptors / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / filopodium assembly / regulation of metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / branching involved in blood vessel morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / brush border membrane / Olfactory Signaling Pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / 凝固・線溶系 / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / 血圧 / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / メラノソーム / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / integrin binding / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / in utero embryonic development / Extra-nuclear estrogen signaling / 細胞分化 / membrane => GO:0016020 / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / focal adhesion / GTPase activity / シナプス / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / GTP binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
EDG-5 sphingosine 1-phosphate receptor / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Sphingosine 1-phosphate receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...EDG-5 sphingosine 1-phosphate receptor / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Sphingosine 1-phosphate receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine 1-phosphate receptor 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Li X / Chen H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135343 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-53S-19 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of S1PR2-heterotrimeric G signaling complex.
著者: Hongwen Chen / Kevin Chen / Weijiao Huang / Louis M Staudt / Jason G Cyster / Xiaochun Li /
要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) regulates immune cell trafficking, angiogenesis, and vascular function via its five receptors. Inherited mutations in S1P receptor 2 (S1PR2) occur in individuals with ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) regulates immune cell trafficking, angiogenesis, and vascular function via its five receptors. Inherited mutations in S1P receptor 2 (S1PR2) occur in individuals with hearing loss, and acquired mutations in S1PR2 and G occur in a malignant lymphoma. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of S1P-bound S1PR2 coupled to the heterotrimeric G. Interaction between S1PR2 intracellular loop 2 (ICL2) and transmembrane helix 4 confines ICL2 to engage the α5 helix of G. Transforming growth factor-α shedding assays and cell migration assays support the key roles of the residues in S1PR2-G complex assembly. The structure illuminates the mechanism of receptor disruption by disease-associated mutations. Unexpectedly, we showed that FTY720-P, an agonist of the other four S1PRs, can trigger G activation via S1PR2. S1PR2 variant can increase the activity of G considerably with FTY720-P and S1P, thus revealing a basis for S1PR drug selectivity.
履歴
登録2021年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年6月29日-
現状2022年6月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25712.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.375
最小 - 最大-4.090114 - 5.453176
平均 (標準偏差)0.0023345929 (±0.10904133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 242.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex

全体名称: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex
要素
  • 複合体: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine 1-phosphate receptor 2
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate

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超分子 #1: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex

超分子名称: Structure of S1PR2-heterotrimeric G13 signaling complex
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.255273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA ARLVKILLLG AGESGKSTFL KQMRIIHGQD FDQRAREEFR PTIYSNVIKG MRVLVDARE KLHIPWGDNS NQQHGDKMMS FDTRAPMAAQ GMVETRVFLQ YLPAIRALWA DSGIQNAYDR RREFQLGESV K YFLDNLDK ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA ARLVKILLLG AGESGKSTFL KQMRIIHGQD FDQRAREEFR PTIYSNVIKG MRVLVDARE KLHIPWGDNS NQQHGDKMMS FDTRAPMAAQ GMVETRVFLQ YLPAIRALWA DSGIQNAYDR RREFQLGESV K YFLDNLDK LGEPDYIPSQ QDILLARRPT KGIHEYDFEI KNVPFKMVDV GGQRSERKRW FECFDSVTSI LFLVSSSEFD QV LMEDRLT NRLTESLNIF ETIVNNRVFS NVSIILFLNK TDLLEEKVQV VSIKDYFLEF EGDPHCLRDV QKFLVECFRG KRR DQQQKP LYHHFTTAIN TENIRLVFRD VKDTILHDNL KQLMLQ

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.97066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HLEVLFQGPG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR E LAGHTGYL ...文字列:
MHHHHHHHHH HLEVLFQGPG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR E LAGHTGYL SCCRFLDDNQ IVTSSGDTTC ALWDIETGQQ TTTFTGHTGD VMSLSLAPDT RLFVSGACDA SAKLWDVREG MC RQTFTGH ESDINAICFF PNGNAFATGS DDATCRLFDL RADQELMTYS HDNIICGITS VSFSKSGRLL LAGYDDFNCN VWD ALKADR AGVLAGHDNR VSCLGVTDDG MAVATGSWDS FLKIWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.784896 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAHHHHHH HH

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分子 #5: Sphingosine 1-phosphate receptor 2

分子名称: Sphingosine 1-phosphate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.902824 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSLYSEYLN PNKVQEHYNY TKETLETQET TSRQVASAFI VILCCAIVVE NLLVLIAVAR NSKFHSAMYL FLGNLAASDL LAGVAFVAN TLLSGSVTLR LTPVQWFARE GSAFITLSAS VFSLLAIAIE RHVAIAKVKL YGSDKSCRML LLIGASWLIS L VLGGLPIL ...文字列:
MGSLYSEYLN PNKVQEHYNY TKETLETQET TSRQVASAFI VILCCAIVVE NLLVLIAVAR NSKFHSAMYL FLGNLAASDL LAGVAFVAN TLLSGSVTLR LTPVQWFARE GSAFITLSAS VFSLLAIAIE RHVAIAKVKL YGSDKSCRML LLIGASWLIS L VLGGLPIL GWNCLGHLEA CSTVLPLYAK HYVLCVVTIF SIILLAIVAL YVRIYCVVRS SHADMAAPQT LALLKTVTIV LG VFIVCWL PAFSILLLDY ACPVHSCPIL YKAHYFFAVS TLNSLLNPVI YTWRSRDLRR EVLRPLQCWR PGVGVQGRRR GGT PGHHLL PLRSSSSLER GMHMPTSPTF LEGNTVVDYK DDDDK

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分子 #6: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate

分子名称: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: S1P
分子量理論値: 379.472 Da
Chemical component information

ChemComp-S1P:
(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル / スフィンゴシン-1-リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 millimolarC8H18N2O4SHEPES
150.0 millimolarNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム

詳細: 20 mM Hepes pH7.5, 150 mM NaCl, 0.001% L-MNG/0.0001% CHS, 0.0025% GDN
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22120

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 640483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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