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- EMDB-21909: 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21909
タイトル30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
マップデータ30S subunit (body) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
試料
  • 複合体: Enterococcus faecalis
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワード70S / ribosome / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. ...Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jogl G / Khayat R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wub
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈30S subunit (body) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.097 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.06811923 - 0.17649846
平均 (標準偏差)-0.00074154173 (±0.0053954916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 482.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0971.0971.097
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z482.680482.680482.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0680.176-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterococcus faecalis

全体名称: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
要素
  • 複合体: Enterococcus faecalis
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20

+
超分子 #1: Enterococcus faecalis

超分子名称: Enterococcus faecalis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 501.090781 KDa
配列文字列: UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUCCCGAGU GCUUGCACU CAAUUGGAAA GAGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC U UGGAAACA ...文字列:
UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUCCCGAGU GCUUGCACU CAAUUGGAAA GAGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC U UGGAAACA GGUGCUAAUA CCGCAUAACA GUUUAUGCCG CAUGGCAUAA GAGUGAAAGG CGCUUUCGGG UGUCGCUGAU GG AUGGACC CGCGGUGCAU UAGCUAGUUG GUGAGGUAAC GGCUCACCAA GGCCACGAUG CAUAGCCGAC CUGAGAGGGU GAU CGGCCA CACUGGGACU GAGACACGGC CCAGACUCCU ACGGGAGGCA GCAGUAGGGA AUCUUCGGCA AUGGACGAAA GUCU GACCG AGCAACGCCG CGUGAGUGAA GAAGGUUUUC GGAUCGUAAA ACUCUGUUGU UAGAGAAGAA CAAGGACGUU AGUAA CUGA ACGUCCCCUG ACGGUAUCUA ACCAGAAAGC CACGGCUAAC UACGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGUAGG UGGCAA GCG UUGUCCGGAU UUAUUGGGCG UAAAGCGAGC GCAGGCGGUU UCUUAAGUCU GAUGUGAAAG CCCCCGGCUC AACCGGG GA GGGUCAUUGG AAACUGGGAG ACUUGAGUGC AGAAGAGGAG AGUGGAAUUC CAUGUGUAGC GGUGAAAUGC GUAGAUAU A UGGAGGAACA CCAGUGGCGA AGGCGGCUCU CUGGUCUGUA ACUGACGCUG AGGCUCGAAA GCGUGGGGAG CAAACAGGA UUAGAUACCC UGGUAGUCCA CGCCGUAAAC GAUGAGUGCU AAGUGUUGGA GGGUUUCCGC CCUUCAGUGC UGCAGCAAAC GCAUUAAGC ACUCCGCCUG GGGAGUACGA CCGCAAGGUU GAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGUGG A GCAUGUGG UUUAAUUCGA AGCAACGCGA AGAACCUUAC CAGGUCUUGA CAUCCUUUGA CCACUCUAGA GAUAGAGCUU UC CCUUCGG GGACAAAGUG ACAGGUGGUG CAUGGUUGUC GUCAGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGCAAC GAG CGCAAC CCUUAUUGUU AGUUGCCAUC AUUUAGUUGG GCACUCUAGC GAGACUGCCG GUGACAAACC GGAGGAAGGU GGGG AUGAC GUCAAAUCAU CAUGCCCCUU AUGACCUGGG CUACACACGU GCUACAAUGG GAAGUACAAC GAGUCGCUAG ACCGC GAGG UCAUGCAAAU CUCUUAAAGC UUCUCUCAGU UCGGAUUGCA GGCUGCAACU CGCCUGCAUG AAGCCGGAAU CGCUAG UAA UCGCGGAUCA GCACGCCGCG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACA CCACGAGAGU UUGUAAC AC CCGAAGUCGG UGAGGUAACC UUUUUGGAGC CAGCCGCCUA AGGUGGGAUA GAUGAUUGGG GUGAAGUCGU AACAAGGU A GCCGUAUCGG AAGGUGCGGC UGGAUCA

GENBANK: GENBANK: CP002621.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 23.029299 KDa
配列文字列: SRYTGPSWKV SRRLGISLSG TGKELARRPY KPGQHGPNSR GKVSEYGMQL TEKQKLRHMY GMNERQFRTL FIKASKIKEG KHGVNFMVL LEQRLDNVVY RLGLATTRRQ ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYHVEVGQVI GVREKSQNIS TIKEAVEATV G RPAFVSFD ...文字列:
SRYTGPSWKV SRRLGISLSG TGKELARRPY KPGQHGPNSR GKVSEYGMQL TEKQKLRHMY GMNERQFRTL FIKASKIKEG KHGVNFMVL LEQRLDNVVY RLGLATTRRQ ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYHVEVGQVI GVREKSQNIS TIKEAVEATV G RPAFVSFD TEKLEGSFTR LPERDELYPE IDEALVVEYY NQK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.156979 KDa
配列文字列:
YIDPKHLELE DRVVAINRVT KVVKGGRRLR FAALVVVGDK NGHVGFGTGK AQEVPEAIRK AIEDAKKNLV EVPMVGSTIP HEVIGVFGG GRILMKPAVE GSGVAAGGPV RAVLELAGVA DITSKSLGSN TPINVVRATV EGLKQLKRAE EVAALRGKSV E EII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.331838 KDa
配列文字列:
QDTKYEIMYI IRPNIDEEAK TALVERFDTI LKDNGAEVIE SKDWEKRRLA YEMNGFREGI YHIVNVTSPS TAGAINEFDR LAKINDDII RHMIVKVE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.805198 KDa
配列文字列:
VMTDPIADFL TRIRNANMVK HETLEVPASK IKRDIAEILK REGFIRDVEY IEDDKQGVIR VFLKYGKNEE RVITNLKRIS KPGLRAYVK ADEVPKVLNG LGIAIISTSE GVITDKEARA KNIGGEVIAY VW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.3221 KDa
配列文字列:
KKNIESGVAH IHSTFNNTIV MITDTHGNAL AWSSAGSLGF KGSKKSTPFA AQMAAEAATK VAMEHGLKTV DVTVKGPGSG REAAIRSLQ ATGLEVTAIR DVTPVPHNGC RPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.178622 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKP RKSKVEKSDS PALNKGYNSF KKTQTNVNSP QKRGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLS NLIEVTAYIP GIGHNLQEH SVVLLRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTAGV NDRKQSRSKY GTKRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.537042 KDa
配列文字列:
AISQERKNEI IKEYARHEGD TGSPEVQIAV LTEDINQLNE HARTHKKDHH SYRGLMKKIG HRRNLLAYLR KTDIQRYREL IQRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.095773 KDa
配列文字列:
AVKIRLKRMG SKKSPFYRIV VADSRSPRDG RFIETVGTYN PLKDPAEVVL KEDLVLDWLS KGAQPSDTVR NILSKEGVMK KHHEAKNVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 9.74437 KDa
配列文字列:
ERNQRKVYQG RVVSDKMDKT ITVVVETKKN HPIYGKRMKY SKKYKAHDEN NTAKVGDIVK IMETRPLSAT KRFRLLEVVE EAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.646979 KDa
配列文字列:
KVDYIAANHI EYIDYKDTEL LKRFISERGK ILPRRVTGTG AKNQRKLTIA IKRARIMGLL PFVSDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.841125 KDa
配列文字列:
PNIESAIKRV RTSANANAKN SSQTNAMRTA IKKFEEAVAA GADNVDALYN EAVKAVDMAA TKGLIHKNKA NRDKIRLSKL AK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec.
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 335675
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5li0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4ybb

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-6wub:
30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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