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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21051 | |||||||||||||||
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タイトル | Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state | |||||||||||||||
マップデータ | Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Microprocessor (マイクロプロセッサ) / Drosha / DGCR8 / Primary MicroRNA / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of pre-miRNA processing / protein-RNA adaptor activity / regulation of miRNA metabolic process / primary miRNA binding / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing ...positive regulation of pre-miRNA processing / protein-RNA adaptor activity / regulation of miRNA metabolic process / primary miRNA binding / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / microprocessor complex / pre-miRNA processing / ribonuclease III activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / postsynaptic density / nuclear body / defense response to Gram-positive bacterium / glutamatergic synapse / heme binding / positive regulation of gene expression / 核小体 / protein homodimerization activity / RNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Partin A / Zhang K | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM Structures of Human Drosha and DGCR8 in Complex with Primary MicroRNA. 著者: Alexander C Partin / Kaiming Zhang / Byung-Cheon Jeong / Emily Herrell / Shanshan Li / Wah Chiu / Yunsun Nam / 要旨: Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding ...Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding of how Microprocessor recognizes primary microRNA transcripts (pri-miRNAs). Here we present a cryoelectron microscopy structure of human Microprocessor with a pri-miRNA docked in the active site, poised for cleavage. The basal junction is recognized by a four-way intramolecular junction in Drosha, triggered by the Belt and Wedge regions that clamp over the ssRNA. The belt is important for efficiency and accuracy of pri-miRNA processing. Two dsRBDs form a molecular ruler to measure the stem length between the two dsRNA-ssRNA junctions. The specific organization of the dsRBDs near the apical junction is independent of Drosha core domains, as observed in a second structure in the partially docked state. Collectively, we derive a molecular model to explain how Microprocessor recognizes a pri-miRNA and accurately identifies the cleavage site. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21051.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21051-v30.xml emd-21051.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21051.png | 150 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21051.cif.gz | 7.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21051 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21051 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21051.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c...
全体 | 名称: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c...
超分子 | 名称: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
-分子 #1: Ribonuclease 3
分子 | 名称: Ribonuclease 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 118.379727 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) |
配列 | 文字列: GSGHRSPSRE KKRARWEEEK DRWSDNQSSG KDKNYTSIKE KEPEETMPDK NEEEEEELLK PVWIRCTHSE NYYSSDPMDQ VGDSTVVGT SRLRDLYDKF EEELGSRQEK AKAARPPWEP PKTKLDEDLE SSSESECESD EDSTCSSSSD SEVFDVIAEI K RKKAHPDR ...文字列: GSGHRSPSRE KKRARWEEEK DRWSDNQSSG KDKNYTSIKE KEPEETMPDK NEEEEEELLK PVWIRCTHSE NYYSSDPMDQ VGDSTVVGT SRLRDLYDKF EEELGSRQEK AKAARPPWEP PKTKLDEDLE SSSESECESD EDSTCSSSSD SEVFDVIAEI K RKKAHPDR LHDELWYNDP GQMNDGPLCK CSAKARRTGI RHSIYPGEEA IKPCRPMTNN AGRLFHYRIT VSPPTNFLTD RP TVIEYDD HEYIFEGFSM FAHAPLTNIP LCKVIRFNID YTIHFIEEMM PENFCVKGLE LFSLFLFRDI LELYDWNLKG PLF EDSPPC CPRFHFMPRF VRFLPDGGKE VLSMHQILLY LLRCSKALVP EEEIANMLQW EELEWQKYAE ECKGMIVTNP GTKP SSVRI DQLDREQFNP DVITFPIIVH FGIRPAQLSY AGDPQYQKLW KSYVKLRHLL ANSPKVKQTD KQKLAQREEA LQKIR QKNT MRREVTVELS SQGFWKTGIR SDVCQHAMML PVLTHHIRYH QCLMHLDKLI GYTFQDRCLL QLAMTHPSHH LNFGMN PDH ARNSLSNCGI RQPKYGDRKV HHMHMRKKGI NTLINIMSRL GQDDPTPSRI NHNERLEFLG DAVVEFLTSV HLYYLFP SL EEGGLATYRT AIVQNQHLAM LAKKLELDRF MLYAHGPDLC RESDLRHAMA NCFEALIGAV YLEGSLEEAK QLFGRLLF N DPDLREVWLN YPLHPLQLQE PNTDRQLIET SPVLQKLTEF EEAIGVIFTH VRLLARAFTL RTVGFNHLTL GHNQRMEFL GDSIMQLVAT EYLFIHFPDH HEGHLTLLRS SLVNNRTQAK VAEELGMQEY AITNDKTKRP VALRTKTLAD LLESFIAALY IDKDLEYVH TFMNVCFFPR LKEFILNQDW NDPKSQLQQC CLTLRTEGKE PDIPLYKTLQ TVGPSHARTY TVAVYFKGER I GCGKGPSI QQAEMGAAMD ALEKYNFPQM AHQKRFIERK YRQELKEMRW EREHQERE UniProtKB: Ribonuclease 3 |
-分子 #2: Microprocessor complex subunit DGCR8
分子 | 名称: Microprocessor complex subunit DGCR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.550602 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSGAIVQRDR VDEEALNFPY EDDFDNDVDA LLEEGLCAPK KRRTEEKYGG DSDHPSDGET SVQPMMTKIK TVLKSRGRPP TEPLPDGWI MTFHNSGVPV YLHRESRVVT WSRPYFLGTG SIRKHDPPLS SIPCLHYKKM KDNEEREQSS DLTPSGDVSP V KPLSRSAE ...文字列: GSGAIVQRDR VDEEALNFPY EDDFDNDVDA LLEEGLCAPK KRRTEEKYGG DSDHPSDGET SVQPMMTKIK TVLKSRGRPP TEPLPDGWI MTFHNSGVPV YLHRESRVVT WSRPYFLGTG SIRKHDPPLS SIPCLHYKKM KDNEEREQSS DLTPSGDVSP V KPLSRSAE LEFPLDEPDS MGADPGPPDE KDPLGAEAAP GALGQVKAKV EVCKDESVDL EEFRSYLEKR FDFEQVTVKK FR TWAERRQ FNREMKRKQA ESERPILPAN QKLITLSVQD APTKKEFVIN PNGKSEVCIL HEYMQRVLKV RPVYNFFECE NPS EPFGAS VTIDGVTYGS GTASSKKLAK NKAARATLEI LIPDFVKQTS EEKPKDSEEL EYFNHISIED SRVYELTSKA GLLS PYQIL HECLKRNHGM GDTSIKFEVV PGKNQKSEYV MACGKHTVRG WCKNKRVGKQ LASQKILQLL HPHVKNWGSL LRMYG RESS KMVKQETSDK SVIELQQYAK KNKPNLHILS KLQEEMKRLA EEREETRK UniProtKB: Microprocessor complex subunit DGCR8 |
-分子 #3: Pri-miR-16-2 (78-MER)
分子 | 名称: Pri-miR-16-2 (78-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 33.646934 KDa |
配列 | 文字列: CUGACAUACU UGUUCCACUC UAGCAGCACG UAAAUAUUGG CGUAGUGAAA UAUAUAUUAA ACACCAAUAU UACUGUGCUG CUUUAGUGU GACAGGGAUA CAGCAA GENBANK: GENBANK: AC024221.23 |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.1 |
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 130000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 12681 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 46.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1385678 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.5) / 使用した粒子像数: 505640 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-6v5b: |