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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17935 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 05 degrees | |||||||||||||||
マップデータ | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, B-factor sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Retrovirus (レトロウイルス科) / HTLV / immature capsid / CA / CA-NTD / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Obr M / Percipalle M / Chernikova D / Yang H / Thader A / Pinke G / Porley D / Mansky LM / Dick RA / Schur FKM | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. 著者: Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian Km Schur / 要旨: Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here ...Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here we report the results of cryo-electron tomography (cryo-ET) studies of HTLV-1 virus-like particles (VLPs) assembled , as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 employs an unconventional mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature CA tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is CA-NTD. Mutagenesis and biophysical analysis support this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the CA-CTD. These results are the first to provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus, and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17935.map.gz | 51.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17935-v30.xml emd-17935.xml | 26.8 KB 26.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17935.png | 171.7 KB | ||
その他 | emd_17935_half_map_1.map.gz emd_17935_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17935 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17935 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pucMC 8pu6C 8pu7C 8pu8C 8pu9C 8puaC 8pubC 8pudC 8pueC 8pufC 8pugC 8puhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17935.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.327 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, halfmap 2
ファイル | emd_17935_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, halfmap 1
ファイル | emd_17935_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 MA126CANC tubes, axis angle 5, halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human T-cell leukemia virus type I
全体 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human T-cell leukemia virus type I
超分子 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11908 / 生物種: Human T-cell leukemia virus type I / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Gag protein (Fragment)
分子 | 名称: Gag protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 13.969809 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PVMHPHGAPP NHRPWQMKDL QAIKQEVSQA APGSPQFMQT IRLAVQQFDP TAKDLQDLLQ YLCSSLVASL HHQQLDSLIS EAETRGITG YNPLAGPLRV QANNPQQQGL RREYQQLWLA AFAALP UniProtKB: Gag protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AMYLAMINE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Grids coated with 2nm continuous carbon layer. |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
Microscopy ID | 1 |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.3675 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
Microscopy ID | 1 |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均露光時間: 1.05 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 69 / 使用した粒子像数: 245000 ソフトウェア: (名称: subTOM, Warp (ver. 1.0.9), MATLAB (ver. R2018b)) |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: Multiparticle refinement in M |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: Multiparticle refinement in M / 使用したサブトモグラム数: 15800 |
詳細 | Datasets (1) and (2) combined during Multiparticle refinement. See Materials and methods for details. |
Image recording ID | 1 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Residue range: 13-125 / Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other 詳細: rigid body fit derived from refined model deposited in D_1292131146 |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8puc: |