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- EMDB-16780: CryoEM structure of AL55 amyloid fibrils extracted from the kidne... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16780
タイトルCryoEM structure of AL55 amyloid fibrils extracted from the kidney of an AL amyloidosis patient.
マップデータ
試料
  • 複合体: Renal AL55 amyloid fibrils
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin lambda light chain
キーワードLight chains / Amyloid fibrils / AL amyloidosis. / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Puri S / Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Ricagno S
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Other government20207XLJB2 イタリア
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The Cryo-EM STRUCTURE of Renal Amyloid Fibril Suggests Structurally Homogeneous Multiorgan Aggregation in AL Amyloidosis.
著者: Sarita Puri / Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Giulia Mazzini / Serena Caminito / Carlo Pappone / Luigi Anastasia / Paolo Milani / Giampaolo Merlini / Martino Bolognesi / Mario Nuvolone ...著者: Sarita Puri / Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Giulia Mazzini / Serena Caminito / Carlo Pappone / Luigi Anastasia / Paolo Milani / Giampaolo Merlini / Martino Bolognesi / Mario Nuvolone / Giovanni Palladini / Stefano Ricagno /
要旨: Immunoglobulin light chain amyloidosis (AL) is caused by the aberrant production of amyloidogenic light chains (LC) that accumulate as amyloid deposits in vital organs. Distinct LC sequences in each ...Immunoglobulin light chain amyloidosis (AL) is caused by the aberrant production of amyloidogenic light chains (LC) that accumulate as amyloid deposits in vital organs. Distinct LC sequences in each patient yield distinct amyloid structures. However different tissue microenvironments may also cause identical protein precursors to adopt distinct amyloid structures. To address the impact of the tissue environment on the structural polymorphism of amyloids, we extracted fibrils from the kidney of an AL patient (AL55) whose cardiac amyloid structure was previously determined by our group. Here we show that the 4.0 Å resolution cryo-EM structure of the renal fibril is virtually identical to that reported for the cardiac fibril. These results provide the first structural evidence that LC amyloids independently deposited in different organs of the same AL patient share a common fold.
履歴
登録2023年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.916 Å		1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.916 Å		1.12 Å/pix.
x 256 pix.
= 285.916 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11686 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.026408736 - 0.064961754
平均 (標準偏差)0.00011840141 (±0.0015359601)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 285.91617 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16780_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16780_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Renal AL55 amyloid fibrils

全体名称: Renal AL55 amyloid fibrils
要素
  • 複合体: Renal AL55 amyloid fibrils
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin lambda light chain

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超分子 #1: Renal AL55 amyloid fibrils

超分子名称: Renal AL55 amyloid fibrils / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Light chain amyloid fibrils named AL55 extracted from the kidney of an AL amyloidosis patient
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney

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分子 #1: Immunoglobulin lambda light chain

分子名称: Immunoglobulin lambda light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 23.326557 KDa
配列文字列: NFMLTQPHSV SESPGKTLTI SCTGSSASIA SHYVQWYQQR PGGAPTTLIY ENDQRPSEVP DRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDGNNH WVFGGGTKLT VLSQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
NFMLTQPHSV SESPGKTLTI SCTGSSASIA SHYVQWYQQR PGGAPTTLIY ENDQRPSEVP DRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDGNNH WVFGGGTKLT VLSQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHKSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1819 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.9 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.63 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 49091
Segment selection選択した数: 98829 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6hud


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8cpe:
CryoEM structure of AL55 amyloid fibrils extracted from the kidney of an AL amyloidosis patient.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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