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万見
- EMDB-13076: STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13076
タイトルSTLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir
マップデータDeemEMenhancer highest target
試料
  • 複合体: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the inhibitor raltegravir
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated ...protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / supercoiled DNA binding / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / protein phosphatase activator activity / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / chromosome, centromeric region / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ヘテロクロマチン / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RNA stem-loop binding / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / nuclear periphery / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / ユークロマチン / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / DNA integration / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Regulation of TP53 Degradation / response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / ゴルジ体 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain ...Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PC4 and SFRS1-interacting protein / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Barski MS / Ballandras-Colas A / Cronin NB / Pye VE / Cherepanov P / Maertens GN
資金援助 英国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust107005/Z/15Z 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM082251 米国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures.
著者: Michal S Barski / Teresa Vanzo / Xue Zhi Zhao / Steven J Smith / Allison Ballandras-Colas / Nora B Cronin / Valerie E Pye / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
要旨: Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this ...Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this deltaretrovirus. Here, we screened a library of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) candidates built around several chemical scaffolds to determine their effectiveness in limiting HTLV-1 infection. Naphthyridines with substituents in position 6 emerged as the most potent compounds against HTLV-1, with XZ450 having highest efficacy in vitro. Using single-particle cryo-electron microscopy we visualised XZ450 as well as the clinical HIV-1 INSTIs raltegravir and bictegravir bound to the active site of the deltaretroviral intasome. The structures reveal subtle differences in the coordination environment of the Mg ion pair involved in the interaction with the INSTIs. Our results elucidate the binding of INSTIs to the HTLV-1 intasome and support their use for pre-exposure prophylaxis and possibly future treatment of HTLV-1 infection.
履歴
登録2021年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oug
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeemEMenhancer highest target
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0187 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.024642875 - 1.9791597
平均 (標準偏差)0.00090026844 (±0.021383742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 334.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.400334.400334.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ540540540
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0251.9790.001

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添付データ

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追加マップ: denmod map which was used for model real space refinement

ファイルemd_13076_additional_1.map
注釈denmod map which was used for model real space refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_13076_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_13076_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...

全体名称: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the inhibitor raltegravir
要素
  • 複合体: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the inhibitor raltegravir
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...

超分子名称: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the inhibitor raltegravir
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Sample composition and source have been described in "macromolecules"
分子量理論値: 331.1 KDa

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分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 33.943539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPEFQLSPAK LHSFTHCGQA ALTLHGATTT EALNILHSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI THFKYKNTLY RLHVWVDTF SGSVSATHKK RETSSEAISS LLHAIAHLGR PSHINTDNGP AYASQEFQHA CTSLAIRHTT HIPYNPTSSG L VERTNGIL ...文字列:
GPEFQLSPAK LHSFTHCGQA ALTLHGATTT EALNILHSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI THFKYKNTLY RLHVWVDTF SGSVSATHKK RETSSEAISS LLHAIAHLGR PSHINTDNGP AYASQEFQHA CTSLAIRHTT HIPYNPTSSG L VERTNGIL KTLLYKYFSD NPNLPMDNAL SVALWTINHL NVLTHCQKTR WQLHHSPRLP PIPEEKPVTT SKTHWYYFKI PG LNSRQWK GPQRALQEAA GAALIPVSDT AAQWIPWKLL KRAVCPRLAG DTADPKERDH QHHG

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分子 #2: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of...

分子名称: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no ...詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below).,fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below).
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.39468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMTRDFKPGD LIFAKMKGYP HWPARVDEVP DGAVKPPTNK LPIFFFGTHE TAFLGPKDIF PYSENKEKYG KPNKRKGFNE GLWEIDNNP KVKFSSQQAA TKQSNASSDV EVEEKETSVS KEDTDHEEKA SNEDVTKAVD ITTPKAARRG RKRKAEKQVE T EEAGVVTT ...文字列:
SMTRDFKPGD LIFAKMKGYP HWPARVDEVP DGAVKPPTNK LPIFFFGTHE TAFLGPKDIF PYSENKEKYG KPNKRKGFNE GLWEIDNNP KVKFSSQQAA TKQSNASSDV EVEEKETSVS KEDTDHEEKA SNEDVTKAVD ITTPKAARRG RKRKAEKQVE T EEAGVVTT ATASVNLKVS PKRGRPAATE VKIPKPRGRP KMVKQPCPSE SDIITEEDKS KKKGQEEKQP KKQPKKDEEG QK EEDKPRK EPDKKEGKKE VESKRKNLAK TGVTSTSDSE EEGDDQEGEK KRKGGRNFQT AHRRNMLKGQ HEKEAADRKR KQE EQMETE FMVVDAANSN GPFQPVVLLH IRDVPPADQE KLFIQKLRQC CVLFDFVSDP LSDLKWKEVK RAALSEMVEY ITHN RNVIT EPIYPEVVHM FAVNMFRTLP PSSNPTGAEF DPEEDEPTLE AAWPHLQLVY EFFLRFLESP DFQPNIAKKY IDQKF VLQL LELFDSEDPR ERDFLKTTLH RIYGKFLGLR AYIRKQINNI FYRFIYETEH HNGIAELLEI LGSIINGFAL PLKEEH KIF LLKVLLPLHK VKSLSVYHPQ LAYCVVQFLE KDSTLTEPVV MALLKYWPKT HSPKEVMFLN ELEEILDVIE PSEFVKI ME PLFRQLAKCV SSPHFQVAER ALYYWNNEYI MSLISDNAAK ILPIMFPSLY RNSKT

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分子 #3: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 9.221909 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 8.59356 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1...

分子名称: N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: RLT
分子量理論値: 444.416 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.76 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMBis tris propane
0.3 MSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: Glow-discharged for 4 min at 45 mA on an Emitech K100X instrument (Electron Microscopy Sciences) and covered with a layer of graphene oxide (Sigma-Aldrich, catalogue #763705) immediately before being used.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Complex was isolated by size exclusion chromatography

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2840121
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 111051
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z2y
PDB 未公開エントリ


詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix. ...詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix.real_space_refine using C2 NCS, secondary structure and metal ion coordination restraints.
詳細6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix.real_space_refine using C2 NCS, secondary structure and metal ion coordination restraints.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7oug:
STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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