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- EMDB-12334: VgaL, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12334
タイトルVgaL, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes
マップデータVgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Post-processed with automatically estimated B-factor.
試料
  • 複合体: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA from Listeria monocytogenes
    • タンパク質・ペプチド: x 47種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 5種
キーワードAntibiotic resistance element / ABCF / antibiotic resistance / ATPase / protein synthesis / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L31 type B / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...: / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L31 type B / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / ABC transporter / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32B ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32B / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Lmo0919 protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) / Listeria monocytogenes EGD-E (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe C / Turnbull KJ
資金援助 ドイツ, スウェーデン, Estonia, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01085 スウェーデン
European Regional Development Fund2014-2020.4.01.15-0013 スウェーデン
Estonian Research CouncilPRG335 Estonia
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms.
履歴
登録2021年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
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  • 表面レベル: 0.025
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  • 原子モデル: PDB-7nhn
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12334.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Post-processed with automatically estimated B-factor.
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 352 pix.
= 366.432 Å		1.04 Å/pix.
x 352 pix.
= 366.432 Å		1.04 Å/pix.
x 352 pix.
= 366.432 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.09580157 - 0.17329556
平均 (標準偏差)0.0005648646 (±0.0057928376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 366.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0411.0411.041
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.432366.432366.432
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.0960.1730.001

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添付データ

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追加マップ: VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria...

ファイルemd_12334_additional_1.map
注釈VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Output of RELION Refine3D.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria...

ファイルemd_12334_additional_2.map
注釈VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Filtered by local resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Multibody refinement of large ribosomal subunit and vgaL NBDs.

ファイルemd_12334_additional_3.map
注釈Multibody refinement of large ribosomal subunit and vgaL NBDs.
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Multibody refinement of small ribosomal subunit head.

ファイルemd_12334_additional_4.map
注釈Multibody refinement of small ribosomal subunit head.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Multibody refinement of small ribosomal subunit body.

ファイルemd_12334_additional_5.map
注釈Multibody refinement of small ribosomal subunit body.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria...

ファイルemd_12334_half_map_1.map
注釈VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria...

ファイルemd_12334_half_map_2.map
注釈VgaL in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA fro...

全体名称: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA from Listeria monocytogenes
要素
  • 複合体: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA from Listeria monocytogenes
    • タンパク質・ペプチド: Lmo0919 protein
    • RNA: tRNA-fMet
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32-2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA fro...

超分子名称: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA from Listeria monocytogenes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#52
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 2.2 MDa

+
分子 #1: Lmo0919 protein

分子名称: Lmo0919 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 64.280094 KDa
組換発現生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
配列文字列: MSTIEINQLK IEVADRVLVE IPHLLVSKKA RIGIIGQNGL GKTTLMEVIA GAKEATSGTV TTQGKLAYIK QLSTDTSTKS GGEKTRKAT QHAMRQNPSV LLADQPTSNL DVESVKHLER QWSDFHGALI IISHDRAFLD ALCTEIWEIK NQKIHVYKGN Y HAYLEQKQ ...文字列:
MSTIEINQLK IEVADRVLVE IPHLLVSKKA RIGIIGQNGL GKTTLMEVIA GAKEATSGTV TTQGKLAYIK QLSTDTSTKS GGEKTRKAT QHAMRQNPSV LLADQPTSNL DVESVKHLER QWSDFHGALI IISHDRAFLD ALCTEIWEIK NQKIHVYKGN Y HAYLEQKQ QQENQAELAY KEFKNKKKQL QASQTHHEIE AGRIVKPGKR LNNKEASAFK AGKGTQQKKQ HSTIKALEKR IE RLGNVEK PHTTKPIKII TPDNRVIKKG NTILSAKETA YEIAGRKLFE TKAFSIKAGD KVALIGENAS GKTTFLKEII QEN PNLLCN PQAKIAYFDQ ELNGLNQTKS LLENISEISV QTKQVNREVL GSMHFKESDL HKEVRMLSGG ERVKLLLSML LLSD ANFLI LDQPTNYLDI YAMEALETLI KQFAGTVLFV SHDRTFVNHV AEQLLVIENN EMNFHRMTFA EYEESKAPSR ITEED KLIL EMRMSEIAAK LMQPNLKPTE KAILEQDYQE IITKRQQFSG GHHHHHHAKG GENLYFQGVA DYKDHDGDYK DHDIDY KDD DDKG

UniProtKB: Lmo0919 protein

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 30.568367 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTT NGRRHMTSSD FAEITTSTPE KSLLRPLKKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGIPGRVAT IEYDPNRSA NIALINYADG EKRYIIAAKG LEVGQTIYSG AEADIKVGNA LELKDIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTT NGRRHMTSSD FAEITTSTPE KSLLRPLKKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGIPGRVAT IEYDPNRSA NIALINYADG EKRYIIAAKG LEVGQTIYSG AEADIKVGNA LELKDIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLIRLNS GEVRMILATC RATIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWMGKRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGK AP IGRKSPM SPWGKPTLGY KTRKKNNNSD KFIVRRRKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 22.863459 KDa
配列文字列: MTKGILGRKV GMTQVFTENG ELIPVTVIEA AQNVVLQKKT VETDGYEAVQ IGFEDKRAIL SNKPEQGHVA KANTTPKRFI REFRDVNLD EYEIGAEVKV DVFAEGDIID ATGVSKGKGF QGVIKRHGQS RGPMAHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKV GMTQVFTENG ELIPVTVIEA AQNVVLQKKT VETDGYEAVQ IGFEDKRAIL SNKPEQGHVA KANTTPKRFI REFRDVNLD EYEIGAEVKV DVFAEGDIID ATGVSKGKGF QGVIKRHGQS RGPMAHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKL L PGRMGGEQ ITIQNLEIVK VDVEKNVLLV KGNVPGAKKA LVQIKTATKA K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 22.640262 KDa
配列文字列: MPKLSLLKQD GTNAGEITLN DTVFGIEPNE KVVVDVILSQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYAY KLPKKVRRLA IKSILSSKVN EEKLVVLEGL TFDAPKTKEF AAFLKNISVD TKALIVVAGE S ENVELSAR ...文字列:
MPKLSLLKQD GTNAGEITLN DTVFGIEPNE KVVVDVILSQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYAY KLPKKVRRLA IKSILSSKVN EEKLVVLEGL TFDAPKTKEF AAFLKNISVD TKALIVVAGE S ENVELSAR NLQGITVIPA ESISVLEVAK HDKLIITKAA VEKVEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 20.023248 KDa
配列文字列:
MNRLKDQYLK EIVPALMSKF NYDSVMEVPK IDKIVINTGV GDATANAKVL DSAVEELALI TGQKPVITKA KNSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLVTVSLP RVRDFRGVSK KAFDGRGNYT LGVREQLIFP EIDYDQVSKV RGMDVVIVTT A KSDEESHE LLTQLGMPFQ K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 19.434365 KDa
配列文字列:
MSRIGKKTIV IPAGVTVTLN GSTATVKGPK GELVKEFNPE ITIKIEGNEI NVSRPTDNKN HRALHGTTRA ILNNMVVGVS EGYEKKLEL IGVGYRAQKQ GDKLVLNVGY SHPVEFVAPK GVDIEVPANT QVIVKGYNKE HVGELAANIR AVRPPEPYKG K GIRYEGEH VRRKEGKTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 16.227671 KDa
配列文字列:
MRTTYMAKPG EVERKWYVID ATGVSLGRLS SEVASILRGK NKPQFTPHID TGDFVIIINA GKIGLTGKKA TDKIYYRHSQ YPGGLKSRT AGEMRTNNPE KLLELSIKGM LPKNSLGRQL FKKLHVYGGS EHEHAAQQPE VYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.248427 KDa
配列文字列:
MIQQESRMKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVVV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RQDGSYIKFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 15.812118 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKERNRVG RGTGSGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRLGF EGGQLPLFRR IPKRGFTNIN RKEFAIVNLD VLNRFEDGT EVTPELLVET GIIRNEKSGI KILSNGNIEK KLTVKANKFS AAAKEAIEAA GGKTEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 16.171043 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKYR REFRGNMRGR AKGGTEVAFG EYGLQAVEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HKSYTSKPIG VRMGKGKGA PEGWVSPVKR GKIMFEIAGV PEDVAREALR LAAHKLPVKT KIVKREEIGG EANES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 15.246793 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS SQRKALLRDL ATDLIVFERI ETTEARAKEI RKVVEKLITS GKKGDLHARR QAAAFIRHEV VEVVQVDAKG KDGSTVKKN RPVYALQKLF DDVAPRYAER QGGYTRILKK GPRRGDGAPM VIIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.121936 KDa
配列文字列:
MITKIDKNKV RKKRHARVRS KISGTESRPR LNVFRSNKNI YAQIIDDVNG VTLASASNLD KDFGSAESKV DAASKVGELV AKRASEKGI TSVTFDRGGY LYHGRVKALA EAARENGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.146463 KDa
配列文字列:
MNKLIDEITK SQLNPDVPNF RPGDTVRVHA KVVEGTRERI QLFEGVVIKR RGAGISETFT VRKISNSVGV ERTFPVHTPR IAKLEVIRR GKVRRAKLYY LRNLRGKAAR IKEIR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.71935 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKIVKL AKGYYGSKHL LFKVANQAVM KSYQYAYRDR RQKKRDFRRL WIARINAAAR MQDLSYSKLM HGLKLAGID INRKMLADLA VNDIASFNTL ADSAKKALAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 11.234029 KDa
配列文字列:
MYAIIETGGK QIKVEAGQEI YVEKLAGEVG DVVTFDKVLF VGGDSAKVGV PFVEGATVTA KVEKQGRAKK LTVYKYKPKK NYHKKQGHR QPYTKLTIDA INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 12.895945 KDa
配列文字列:
MASEVTSAKA VAKTVRIAPR KARIVIDLIR GKQVGEAIAI LKYTPRSASP IIEKVLKSAI ANAEHNYDLD INNLVVEEAF VDEGPTLKR FRPRAQGRAS AINKRTSHIT VVVSEVKEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.935654 KDa
配列文字列:
MDARDIIKRP VVTEESTSIL DDKKYTFEVD TRATKTQVKY AVEEIFDVKV AKVNVMNYKG KLKRMGRYAG YTNKRRKAIV TVTADSKEI QFFEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 11.205304 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVK VITGKDKGKS GKVLAAFPKK DRVLIEGINM VKKHTKPSNV NPQGGILNVE APIHVSNVML IDPKTGEPTR VGYEVKGDK KVRVAKKSGE VIDK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.57193 KDa
配列文字列:
MLKFDIQHFA HKKGGGSTSN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGTNVG RGGDDTLFAK TDGVVRFERM GRDKKKVSV YPEVQEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 7.010383 KDa
配列文字列:
MAKECVITGR KSRSGNKRSH AMNSSKRTWK ANLQKVRILV NGKPKKVWVS ARALKSGKVE RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 7.414548 KDa
配列文字列:
MKANDIRDLS TTEIQDQEKA LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTIVRER ELA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 6.504753 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SLIGRPQPQR KTVQALGLGK TNSVVVKEDN PAIRGMITKV SHLVDVKEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L32-2

分子名称: 50S ribosomal protein L32-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 6.534564 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK AKKRKRRTHV KLQLPGMNEC SNCGEYRLSH HVCPECGQYD GKDVANS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32B

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 6.021034 KDa
配列文字列:
MRVNITLECT ECGDRNYITT KNKRENPERI ELKKYCPRLR RVTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 5.319457 KDa
配列文字列:
MKRTYQPSKR KRKKVHGFRT RMSTKNGRRV LASRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 7.746438 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKRTGSG KLKRRHGFTS HMFANKSQKQ KRKLRKSAMV SAGDFKRIRQ MVAKMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 4.33646 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPM CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 28.417777 KDa
配列文字列: MPVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAFNFMREV ASDNGTILFV GTKKQAQESV RDEAIRSGQ YFVNHRWLGG TLTNFETIQK RIQHLKKIER MEADGTFEVL PKKEVVLLKK EQEKLERFLG GIKDMKGLPD A LFIVDPRK ...文字列:
MPVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAFNFMREV ASDNGTILFV GTKKQAQESV RDEAIRSGQ YFVNHRWLGG TLTNFETIQK RIQHLKKIER MEADGTFEVL PKKEVVLLKK EQEKLERFLG GIKDMKGLPD A LFIVDPRK ERIAVAEARK LHIPIIGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAIIEVNQGE ELTEAEVAPV EE KATEETT EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 24.587158 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGM RIGVIRDWDS KWYAEKDYAD FLHEDLRIRD YVAKRLSDAS VSRVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKN LNELTQKRVH INIVEIKRAD LDAKLVAENI ARQLEGRVSF RRAQKQAIQR TMRAGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEHYS ...文字列:
MGQKVHPIGM RIGVIRDWDS KWYAEKDYAD FLHEDLRIRD YVAKRLSDAS VSRVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKN LNELTQKRVH INIVEIKRAD LDAKLVAENI ARQLEGRVSF RRAQKQAIQR TMRAGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEHYS EGTVPLHTLR ADIDYAWEEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKKNNVEGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 22.773992 KDa
配列文字列: MARYTGPSWK VSRRLGISLS GTGKELERRP YAPGQHGPTQ RKKISEYGLQ QAEKQKLRHM YGLTERQFKN TFNKAGKLRG KHGENFMIL LEQRLDNIVY RLGLARTRRA ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYQVSVGQVI SVREKSAKNS AIAESLEVSS F VPEYVTFD ...文字列:
MARYTGPSWK VSRRLGISLS GTGKELERRP YAPGQHGPTQ RKKISEYGLQ QAEKQKLRHM YGLTERQFKN TFNKAGKLRG KHGENFMIL LEQRLDNIVY RLGLARTRRA ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYQVSVGQVI SVREKSAKNS AIAESLEVSS F VPEYVTFD AEKLTGSLNR LPERSELAAE INEAFIVEFY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 17.482166 KDa
配列文字列:
MPEQIDGNKL DLEERVVTIN RVAKVVKGGR RFRFTALVVV GDKNGHVGFG TGKAQEVPDA IRKAVEDAKK NMVLVPTVDT TIPHTVVGH FGGGEILLKP ASAGSGVTAG GPVRAVLELA GVADVSSKSL GSNTPINMVR ATIDGIKQLK NAEDVAKLRG K TVEELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 11.52609 KDa
配列文字列:
MARKYEIMYI IRPNIEEDEK KAVVERFDGI LTENGAEIIE SKEWGKRRLA YEINDYRDGF YHIVKLNADK ADSINEFDRL AKISDDIIR HMVIKEEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 17.848816 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVTRLINKM MVDGKRGKSQ AILYSAFDII AQETGKDPME VFEQAMKNIM PLLEVKARRV GGANYQVPI EVRADRRSTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEVR VAREIMDAAN NTGASVKKRE DTHKMADANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 14.667118 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADF LTRIRNANMV KHDKLELPAS KIKKEIAEIL KREGFIRDVE YIEDDNAGTI RVFLKYGATG ERVITGLKRI SKPGLRVYA KSTEVPKVLN GLGIAIVSTS QGVLTDKEAR AKQVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 14.397641 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGDGKIVI NNRDWEDYIP FAALREVIKQ PLVATETLGN YDVLVNVHGG GYTGQAGAIR HGVARALLQ VAPEYRPALK SAGLLTRDSR MKERKKPGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 11.703661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSIYT VLRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDSLMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.812904 KDa
配列文字列:
MARKTNTRKR RVKKNIESGI AHIRSTFNNT IVMITDTHGN ALAWSSAGSL GFKGSRKSTP FAAQMAAESA AKSAQEHGLK TLEVTVKGP GSGREAAIRA LQAAGLEVTA IKDVTPVPHN GCRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 15.216778 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRQSKIKKST SPALNKGLNS FKRELTDVNS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL SNGIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLIRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VENRGQSRSK YGTKKPKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 13.738979 KDa
配列文字列:
MARIAGVDVP REKRIVISLT YIYGIGKQTA KEVLAEAGVS EDTRTRDLTE EELGKIREIL DRIKVEGDLR REVNLNIKRL IEIGSYRGM RHRRGLPVRG QNTKNNARTR KGPSKTVAGK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 7.164716 KDa
配列文字列:
MAKKSMIAKQ KRTPKYAVQA YTRCERCGRP HSVIRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.656375 KDa
配列文字列:
MALTQERKNE IIAEYRVHDT DTGSPEVQIA VLTAEINSLN EHVRVHKKDH HSYRGLMKMV GHRRNLLTYL RKKDVQRYRE LIKRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.386158 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRI GSKKKPFYRI VVADSRFPRD GRSIETIGTY NPLLDPVEVK IDEEATLKWM HNGAKPSDTV RNLLSREGIM EKFHNQKLG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.057699 KDa
配列文字列:
MADRNQRKVY TGRVVSDKMD KTITVVVETY KKHGLYGKRV KYSKKFKAHD ENNIAKTGDV VRISETRPLS ATKHFRLLEV VEEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 9.119831 KDa
配列文字列:
MAGGRRGGRR RKKVCYFTSN GITHIDYKDV ELLKKFVSER GKILPRRVTG TSAKYQRKLT VAIKRSRQMA LLPFVAEEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 10.498116 KDa
配列文字列:
MGRSLKKGPF VDDHLMKKVE AAAESEKKQV IKTWSRRSTI FPTFVGQTIA VYDGRKHVPV YVQEDMVGHK LGEFAPTRTY RGHAGDDKK TKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 9.189573 KDa
配列文字列:
MPNIKSAIKR VKTAETRNSR NASQRSAMRT AIKKFDEAAA NNADNAKDLY VEASKKLDSA VSKGLIHKNN AARNKSRLAA KLAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 9.27436 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYR PVVFVDTSTD FKFLSGSTKS SSETIKWEDG NEYPLLRVEI SSDSHPFYTG KQKHATADGR VDRFNKKYGL K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #2: tRNA-fMet

分子名称: tRNA-fMet / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 24.788754 KDa
配列文字列:
GCGGGGUGGA GCAGUCUGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGU AGGUUCAAAU CCUGCCCCCG CAACCCA

+
分子 #3: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 3.783178 KDa
配列文字列:
GAGGU(N)(N)(N)(N)(N) (N)AUG

+
分子 #4: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 949.689812 KDa
配列文字列: UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAAGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAC GUAAGCGUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAC UAUCUUUAGU CGGAUAGUAU CCUUACGUGA A UACAUAGC ...文字列:
UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAAGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAC GUAAGCGUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAC UAUCUUUAGU CGGAUAGUAU CCUUACGUGA A UACAUAGC GUGAGGAAGG CAGACCCAGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CUGGAGGAAG AGAAAGAAAA AUCGAUUUCC UG AGUAGCG GCGAGCGAAA CGGAAAGAGC CCAAACCAAG AAGCUUGCUU CUUGGGGUUG UAGGACACUC UAUACGGAGU UAC AAAAGA AAGUUAUAAA UGAAGCGGUC UGGAAAGGCC CGCCAAAGAC GGUAACAGCC CGGUAGUUGA AAUGGCUUUC CCUC CAGAG UGGAUCCUGA GUACGGCGGA ACACGUGAAA UUCCGUCGGA AUCCGGGAGG ACCAUCUCCC AAGGCUAAAU ACUCC CUAG UGACCGAUAG UGAACCAGUA CCGUGAGGGA AAGGUGAAAA GCACCCCGGA AGGGGAGUGA AACAGUUCCU GAAACC GUG UGCCUACAAG UAGUUAGAGC CCGUUAAUGG GUGAUAGCGU GCCUUUUGUA GAAUGAACCG GCGAGUUACG AUUUGUU GC AAGGUUAAGC GGAAAAAGCG GAGCCGUAGC GAAAGCGAGU CUGAAUAGGG CGCAUAAGUA ACAGGUCGUA GACCCGAA A CCAGGUGAUC UACCCAUGUC CAGGAUGAAG GUAAGGUAAU ACUUACUGGA GGUCCGAACC CACGCACGUU GAAAAGUGC GGGGAUGAGG UGUGGGUAGC GGAGAAAUUC CAAUCGAACU UGGAGAUAGC UGGUUCUCUC CGAAAUAGCU UUAGGGCUAG CCUCGAGGU AAAGAGUCAU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG ACUAGGGGCC CUUCUCGGGU UACCGAAUUC AGAUAAACUC C GAAUGCCA UGUACUUAUA CUCGGGAGUC AGACUGCGAG UGAUAAGAUC CGUAGUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACCAC CA GUUAAGG UCCCCAAAUA UAUGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGGGUUGC UUAGACAACC AGGAUGUUGG CUUAGAAGCA GCC ACCAUU GAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUGGUCGAG UGACCCCGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACAUAUUAC CGAA ACUGU GGAUGAACCU CUUUAGAGGU UCGUGGUAGG AGAGCGUUCU AAGGGCGGUG AAGUCAGACC GGAAGGACUG GUGGA GCGC UUAGAAGUGA GAAUGCCGGU AUGAGUAGCG AAAGAAGGGU GAGAAUCCCU UCCACCGAAU AUCUAAGGUU UCCUGA GGA AGGCUCGUCC GCUCAGGGUU AGUCGGGACC UAAGCCGAGG CCGAUAGGCG UAGGCGAUGG ACAACAGGUA GAGAUUC CU GUACCAGUGC UAAUUGUUUA ACCGAUGGGG UGACACAGAA GGAUAGGGAA UCGCACGAAU GGAAAUGUGC GUCCAAGC A GUGAGUGUGA GAAGUAGGCA AAUCCGCUUC UCGCGAAGCA UGAGCUGUGA UGGGGAAGGA AAUUAAGUAC GGAAGUUCC UGAUUUCACG CUGUCAAGAA AAGCCUCUAG GAAGAGUAGU ACUGCCCGUA CCGCAAACCG ACACAGGUAG AUGAGGAGAG AAUCCUAAG GUGAGCGAGA GAACUCUCGU UAAGGAACUC GGCAAAAUGA CCCCGUAACU UCGGGAGAAG GGGUGCUCUA U UAGGGUGC AAGCCCGAGA GAGCCGCAGU GAAUAGGCCC AGGCGACUGU UUAGCAAAAA CACAGGUCUC UGCAAAACCG UA AGGUGAC GUAUAGGGGC UGACGCCUGC CCGGUGCUGG AAGGUUAAGA GGAGUGCUUA GCUUCGGCGA AGGUACGAAU UGA AGCCCC AGUAAACGGC GGCCGUAACU AUAACGGUCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCCGC ACGA AAGGC GCAACGAUCU GGGCACUGUC UCAACGAGAG ACUCGGUGAA AUUAUAGUAC CUGUGAAGAU GCAGGUUACC CGCGA CAGG ACGGAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAA CCUGAUAUGG AAUGUUUGUA CCGCUUGUAC AGGAUAGGUA GGAGCC GAA GAGACGUGUG CGCUAGCAUA CGAGGAGGCA AUGGUGGGAU ACUACCCUGG CUGUAUGACC AUUCUAACCC GCCACGC UU AGCGCGUGGG GAGACAGUGU CAGGUGGGCA GUUUGACUGG GGCGGUCGCC UCCUAAAGAG UAACGGAGGC GCCCAAAG G UUCCCUCAGA AUGGAUGGAA AUCAUUCGCA GAGUGUAAAG GCACAAGGGA GCUUGACUGC GAGACUGACA AGUCGAGCA GGGACGAAAG UCGGGCUUAG UGAUCCGGUG GUUCCGCAUG GAAGGGCCAU CGCUCAACGG AUAAAAGCUA CCCCGGGGAU AACAGGCUU AUCUCCCCCA AGAGUCCACA UCGACGGGGA GGUUUGGCAC CUCGAUGUCG GCUCGUCGCA UCCUGGGGCU G UAGUCGGU CCCAAGGGUU GGGCUGUUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUCA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GU CCCUAUC CGUCGCGGGC GCAGGAAAUU UGAGAGGAGC UGUCCUUAGU ACGAGAGGAC CGGGAUGGAC ACACCGCUGG UGU ACCAGU UGUUCCGCCA GGAGCAUCGC UGGGUAGCUA UGUGUGGCAG GGAUAAACGC UGAAAGCAUC UAAGCGUGAA GCCC CCCUC AAGAUGAGAU UUCCCAUUUC UUCGGAAAGU AAGAUCCCUG AAAGAUGAUC AGGUAGAUAG GUUUGGAGUG GAAGU GUAG CGAUACAUGG AGCGGACAAA UACUAAUCGA UCGAGGACUU AACC

+
分子 #5: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
分子量理論値: 499.378531 KDa
配列文字列: GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CCUAAUACAU GCAAGUCGAA CGAACGGAGG AAGAGCUUGC UCUUCCAAU GUUAGUGGCG GACGGGUGAG UAACACGUGG GCAACCUGCC UGUAAGUUGG GGAUAACUCC GGGAAACCGG G GCUAAUAC ...文字列:
GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CCUAAUACAU GCAAGUCGAA CGAACGGAGG AAGAGCUUGC UCUUCCAAU GUUAGUGGCG GACGGGUGAG UAACACGUGG GCAACCUGCC UGUAAGUUGG GGAUAACUCC GGGAAACCGG G GCUAAUAC CGAAUGAUAA AGUGUGGCGC AUGCCACGCU UUUGAAAGAU GGUUUCGGCU AUCGCUUACA GAUGGGCCCG CG GUGCAUU AGCUAGUUGG UAGGGUAAUG GCCUACCAAG GCAACGAUGC AUAGCCGACC UGAGAGGGUG AUCGGCCACA CUG GGACUG AGACACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUAGGGAA UCUUCCGCAA UGGACGAAAG UCUGACGGAG CAAC GCCGC GUGUAUGAAG AAGGUUUUCG GAUCGUAAAG UACUGUUGUU AGAGAAGAAC AAGGAUAAGA GUAACUGCUU GUCCC UUGA CGGUAUCUAA CCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAGCGUU GUCCGG AUU UAUUGGGCGU AAAGCGCGCG CAGGCGGUCU UUUAAGUCUG AUGUGAAAGC CCCCGGCUUA ACCGGGGAGG GUCAUUG GA AACUGGAAGA CUGGAGUGCA GAAGAGGAGA GUGGAAUUCC ACGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAUAUGUG GAGGAACA C CAGUGGCGAA GGCGACUCUC UGGUCUGUAA CUGACGCUGA GGCGCGAAAG CGUGGGGAGC AAACAGGAUU AGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA AGUGUUAGGG GGUUUCCGCC CCUUAGUGCU GCAGCUAACG CAUUAAGCAC UCCGCCUGG GGAGUACGAC CGCAAGGUUG AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU U AAUUCGAA GCAACGCGAA GAACCUUACC AGGUCUUGAC AUCCUUUGAC CACUCUGGAG ACAGAGCUUU CCCUUCGGGG AC AAAGUGA CAGGUGGUGC AUGGUUGUCG UCAGCUCGUG UCGUGAGAUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGCGCAACCC UUG AUUUUA GUUGCCAGCA UUUAGUUGGG CACUCUAAAG UGACUGCCGG UGCAAGCCGG AGGAAGGUGG GGAUGACGUC AAAU CAUCA UGCCCCUUAU GACCUGGGCU ACACACGUGC UACAAUGGAU AGUACAAAGG GUCGCGAAGC CGCGAGGUGG AGCUA AUCC CAUAAAACUA UUCUCAGUUC GGAUUGUAGG CUGCAACUCG CCUACAUGAA GCCGGAAUCG CUAGUAAUCG UGGAUC AGC AUGCCACGGU GAAUACGUUC CCGGGCCUUG UACACACCGC CCGUCACACC ACGAGAGUUU GUAACACCCG AAGUCGG UA GGGUAACCUU UAUGGAGCCA GCCGCCGAAG GUGGGACAGA UAAUUGGGGU GAAGUCGUAA CAAGGUAGCC GUAUCGGA A GGUGCGGCUG GAUCACCUCC U

GENBANK: GENBANK: CP023861.1

+
分子 #32: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-E (バクテリア)
分子量理論値: 36.692707 KDa
配列文字列:
CUGGUAGUUA UGGCGAGAAG GUCACACCCG UUCCCAUCCC GAACACGGUA GUUAAGCUUC UCUGCGCCAA UGGUAGUUGG GGGCUUCCC CCUGCGAGAG UAGGUCGCUG CCGGG

+
分子 #53: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #54: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 143 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #55: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 2 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE

+
分子 #56: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 21 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #57: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 26.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: -1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 83340
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by RELION using 70S particles from 2D classification.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45548
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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