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- EMDB-12037: Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12037
タイトルUbiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1
マップデータTS1 SCF SKP2- Composite map
試料
  • 複合体: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
    • 複合体: NEDD8-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードubiquitin / ubiquitin ligase / E3 ligase / F-box protein / RBR ligase / Cullin-RING-Ligase / CRL / SCF / NEDD8 / Post-translational modification / ubiquitylation / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR/eIFalpha signaling / cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / ubiquitin-like protein transferase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cell cycle phase transition / ubiquitin-protein transferase activator activity ...PKR/eIFalpha signaling / cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / ubiquitin-like protein transferase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cell cycle phase transition / ubiquitin-protein transferase activator activity / RBR-type E3 ubiquitin transferase / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cellular response to cell-matrix adhesion / F-box domain binding / cyclin A2-CDK1 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of cell cycle G1/S phase transition / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / PcG protein complex / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / G2/M DNA replication checkpoint / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of beige fat cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to camptothecin / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / cullin-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to chemical stress / RHO GTPases activate CIT / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / male pronucleus / nuclear export / female pronucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of protein autoubiquitination / negative regulation of mitotic cell cycle / protein K11-linked ubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / epithelial cell apoptotic process / protein neddylation / cellular response to cocaine / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to glucagon / ubiquitin ligase activator activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / NEDD8 ligase activity / protein K27-linked ubiquitination / : / negative regulation of response to oxidative stress / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / VCB complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / molecular function inhibitor activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of DNA biosynthetic process / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cellular response to lithium ion / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to steroid hormone stimulus / SCF ubiquitin ligase complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / regulation of heterochromatin organization / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / negative regulation of type I interferon production / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / RSV-host interactions / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Lewy body / Prolactin receptor signaling / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of mitophagy / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily ...: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / IBR domain, a half RING-finger domain / Nedd8-like ubiquitin / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / : / F-box domain / : / Cyclin, C-terminal domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / S-phase kinase-associated protein 1-like / Cyclin, N-terminal / SKP1 component, POZ domain / Cyclin, N-terminal domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Cyclin-like superfamily / : / Ring finger / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 ...Polyubiquitin-C / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Horn-Ghetko D / Prabu JR / Schulman BA
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8Activate ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF-RBR E3-E3 super-assembly.
著者: Daniel Horn-Ghetko / David T Krist / J Rajan Prabu / Kheewoong Baek / Monique P C Mulder / Maren Klügel / Daniel C Scott / Huib Ovaa / Gary Kleiger / Brenda A Schulman /
要旨: E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather ...E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather than functioning individually, many neddylated cullin-RING E3 ligases (CRLs) and RBR-type E3 ligases in the ARIH family-which together account for nearly half of all ubiquitin ligases in humans-form E3-E3 super-assemblies. Here, by studying CRLs in the SKP1-CUL1-F-box (SCF) family, we show how neddylated SCF ligases and ARIH1 (an RBR-type E3 ligase) co-evolved to ubiquitylate diverse substrates presented on various F-box proteins. We developed activity-based chemical probes that enabled cryo-electron microscopy visualization of steps in E3-E3 ubiquitylation, initiating with ubiquitin linked to the E2 enzyme UBE2L3, then transferred to the catalytic cysteine of ARIH1, and culminating in ubiquitin linkage to a substrate bound to the SCF E3 ligase. The E3-E3 mechanism places the ubiquitin-linked active site of ARIH1 adjacent to substrates bound to F-box proteins (for example, substrates with folded structures or limited length) that are incompatible with previously described conventional RING E3-only mechanisms. The versatile E3-E3 super-assembly may therefore underlie widespread ubiquitylation.
履歴
登録2020年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b5l
  • 表面レベル: 7.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12037.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TS1 SCF SKP2- Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.42 / ムービー #1: 7.42
最小 - 最大-20.064717999999999 - 43.279834999999999
平均 (標準偏差)0.004247232 (±0.8619735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-20.06543.2800.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH...

全体名称: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
要素
  • 複合体: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
    • 複合体: NEDD8-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
      • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-C
      • タンパク質・ペプチド: NEDD8
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-A2
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
    • 複合体: Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
      • タンパク質・ペプチド: Cullin-1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 5-azanylpentan-2-one

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超分子 #1: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH...

超分子名称: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
分子量理論値: 300 KDa

+
超分子 #2: NEDD8-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transit...

超分子名称: NEDD8-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#7, #9-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

超分子名称: Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Cullin-1

分子名称: Cullin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.800367 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSTRSQNPH GLKQIGLDQI WDDLRAGIQQ VYTRQSMAKS RYMELYTHVY NYCTSVHQSN QARGAGVPPS KSKKGQTPGG AQFVGLELY KRLKEFLKNY LTNLLKDGED LMDESVLKFY TQQWEDYRFS SKVLNGICAY LNRHWVRREC DEGRKGIYEI Y SLALVTWR ...文字列:
MSSTRSQNPH GLKQIGLDQI WDDLRAGIQQ VYTRQSMAKS RYMELYTHVY NYCTSVHQSN QARGAGVPPS KSKKGQTPGG AQFVGLELY KRLKEFLKNY LTNLLKDGED LMDESVLKFY TQQWEDYRFS SKVLNGICAY LNRHWVRREC DEGRKGIYEI Y SLALVTWR DCLFRPLNKQ VTNAVLKLIE KERNGETINT RLISGVVQSY VELGLNEDDA FAKGPTLTVY KESFESQFLA DT ERFYTRE STEFLQQNPV TEYMKKAEAR LLEEQRRVQV YLHESTQDEL ARKCEQVLIE KHLEIFHTEF QNLLDADKNE DLG RMYNLV SRIQDGLGEL KKLLETHIHN QGLAAIEKCG EAALNDPKMY VQTVLDVHKK YNALVMSAFN NDAGFVAALD KACG RFINN NAVTKMAQSS SKSPELLARY CDSLLKKSSK NPEEAELEDT LNQVMVVFKY IEDKDVFQKF YAKMLAKRLV HQNSA SDDA EASMISKLKQ ACGFEYTSKL QRMFQDIGVS KDLNEQFKKH LTNSEPLDLD FSIQVLSSGS WPFQQSCTFA LPSELE RSY QRFTAFYASR HSGRKLTWLY QLSKGELVTN CFKNRYTLQA STFQMAILLQ YNTEDAYTVQ QLTDSTQIKM DILAQVL QI LLKSKLLVLE DENANVDEVE LKPDTLIKLY LGYKNKKLRV NINVPMKTEQ KQEQETTHKN IEEDRKLLIQ AAIVRIMK M RKVLKHQQLL GEVLTQLSSR FKPRVPVIKK CIDILIEKEY LERVDGEKDT YSYLA

UniProtKB: Cullin-1

+
分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RBR-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.197777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSDEGYNYE FDEDEECSEE DSGAEEEEDE DDDEPDDDTL DLGEVELVEP GLGVGGERDG LLCGETGGGG GSALGPGGGG GGGGGGGGG GPGHEQEEDY RYEVLTAEQI LQHMVECIRE VNEVIQNPAT ITRILLSHFN WDKEKLMERY FDGNLEKLFA E CHVINPSK ...文字列:
MDSDEGYNYE FDEDEECSEE DSGAEEEEDE DDDEPDDDTL DLGEVELVEP GLGVGGERDG LLCGETGGGG GSALGPGGGG GGGGGGGGG GPGHEQEEDY RYEVLTAEQI LQHMVECIRE VNEVIQNPAT ITRILLSHFN WDKEKLMERY FDGNLEKLFA E CHVINPSK KSRTRQMNTR SSAQDMPCQI CYLNYPNSYF TGLECGHKFC MQCWSEYLTT KIMEEGMGQT ISCPAHGCDI LV DDNTVMR LITDSKVKLK YQHLITNSFV ECNRLLKWCP APDCHHVVKV QYPDAKPVRC KCGRQFCFNC GENWHDPVKC KWL KKWIKK CDDDSETSNW IAANTKECPK CHVTIEKDGG CNHMVCRNQN CKAEFCWVCL GPWEPHGSAW YNCNRYNEDD AKAA RDAQE RSRAALQRYL FYCNRYMNHM QSLRFEHKLY AQVKQKMEEM QQHNMSWIEV QFLKKAVDVL CQCRATLMYT YVFAF YLKK NNQSIIFENN QADLENATEV LSGYLERDIS QDSLQDIKQK VQDKYRYCES RRRVLLQHVH EGYEKDLWEY IED

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

+
分子 #3: S-phase kinase-associated protein 2

分子名称: S-phase kinase-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.817785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHRKHLQEIP DLSSNVATSF TWGWDSSKTS ELLSGMGVSA LEKEEPDSEN IPQELLSNLG HPESPPRKRL KSKGSDKDFV IVRRPKLNR ENFPGVSWDS LPDELLLGIF SCLCLPELLK VSGVCKRWYR LASDESLWQT LDLTGKNLHP DVTGRLLSQG V IAFRCPRS ...文字列:
MHRKHLQEIP DLSSNVATSF TWGWDSSKTS ELLSGMGVSA LEKEEPDSEN IPQELLSNLG HPESPPRKRL KSKGSDKDFV IVRRPKLNR ENFPGVSWDS LPDELLLGIF SCLCLPELLK VSGVCKRWYR LASDESLWQT LDLTGKNLHP DVTGRLLSQG V IAFRCPRS FMDQPLAEHF SPFRVQHMDL SNSVIEVSTL HGILSQCSKL QNLSLEGLRL SDPIVNTLAK NSNLVRLNLS GC SGFSEFA LQTLLSSCSR LDELNLSWCF DFTEKHVQVA VAHVSETITQ LNLSGYRKNL QKSDLSTLVR RCPNLVHLDL SDS VMLKND CFQEFFQLNY LQHLSLSRCY DIIPETLLEL GEIPTLKTLQ VFGIVPDGTL QLLKEALPHL QINCSHFTTI ARPT IGNKK NQEIWGIKCR LTLQKPSCL

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 2

+
分子 #4: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

分子名称: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.968261 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSHKQIYYSD KYDDEEFEYR HVMLPKDIAK LVPKTHLMSE SEWRNLGVQQ SQGWVHYMIH EPEPHILLFR RPL

UniProtKB: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

+
分子 #5: S-phase kinase-associated protein 1

分子名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.679965 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPSIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

+
分子 #6: Polyubiquitin-C

分子名称: Polyubiquitin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.519778 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

+
分子 #7: NEDD8

分子名称: NEDD8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.573978 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLIKVKTLTG KEIEIDIEPT DKVERIKERV EEKEGIPPQQ QRLIYSGKQM NDEKTAADYK ILGGSVLHLV LALRGG

UniProtKB: Ubiquitin-like protein NEDD8

+
分子 #8: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.289977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

+
分子 #9: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.825459 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAASRRLMKE LEEIRKAGMK NFRNIQVDEA NLLTWQGLIV PDNPPYDKGA FRIEINFPAE YPFKPPKITF KTKIYHPNID EKGQVCLPV ISAENWKPAT KTDQVIQSLI ALVNDPQPEH PLRADLAEEY SKDRKKFAKN AEEFTKKYGE KRPVD

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

+
分子 #10: Cyclin-dependent kinase 2

分子名称: Cyclin-dependent kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.056469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO) ...文字列:
MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWY RAPEILLGCK YYSTAVDIWS LGCIFAEMVT RRALFPGDSE IDQLFRIFRT LGTPDEVVWP GVTSMPD YK PSFPKWARQD FSKVVPPLDE DGRSLLSQML HYDPNKRISA KAALAHPFFQ DVTKPVPHLR L

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2

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分子 #11: Cyclin-A2

分子名称: Cyclin-A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.609574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTRAAL AVLKSGNPRG LAQQQRPKTR RVAPLKDLPV NDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK IEREDALAFN SAISLPGPRK PLVPLDYPMD GSFESPHTMD M SIILEDEK ...文字列:
MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTRAAL AVLKSGNPRG LAQQQRPKTR RVAPLKDLPV NDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK IEREDALAFN SAISLPGPRK PLVPLDYPMD GSFESPHTMD M SIILEDEK PVSVNEVPDY HEDIHTYLRE MEVKCKPKVG YMKKQPDITN SMRAILVDWL VEVGEEYKLQ NETLHLAVNY ID RFLSSMS VLRGKLQLVG TAAMLLASKF EEIYPPEVAE FVYITDDTYT KKQVLRMEHL VLKVLTFDLA APTVNQFLTQ YFL HQQPAN CKVESLAMFL GELSLIDADP YLKYLPSVIA GAAFHLALYT VTGQSWPESL IRKTGYTLES LKPCLMDLHQ TYLK APQHA QQSIREKYKN SKYHGVSLLN PPETLNL

UniProtKB: Cyclin-A2

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分子 #12: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

分子名称: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: misaligned sequence / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.188303 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNVRVSNGS PSLERMDARQ AEHPKPSACR NLFGPVDHEE LTRDLEKHCR DMEEASQRKW NFDFQNHKPL EGKYEWQEVE KGSLPEFYY RPPRPPKGAC KVPAQESQDV SGSRPAAPLI GAPANSEDTH LVDPKTDPSD SQTGLAEQCA GIRKRPATDD S STQNKRAN ...文字列:
MSNVRVSNGS PSLERMDARQ AEHPKPSACR NLFGPVDHEE LTRDLEKHCR DMEEASQRKW NFDFQNHKPL EGKYEWQEVE KGSLPEFYY RPPRPPKGAC KVPAQESQDV SGSRPAAPLI GAPANSEDTH LVDPKTDPSD SQTGLAEQCA GIRKRPATDD S STQNKRAN RTEENVSDGS PNAGSVEQ(TPO)P KKPGLRRRQT

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

+
分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #14: 5-azanylpentan-2-one

分子名称: 5-azanylpentan-2-one / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: SY8
分子量理論値: 101.147 Da
Chemical component information

ChemComp-SY8:
5-azanylpentan-2-one

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 623409
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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