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- EMDB-10236: Dunaliella Photosystem I Supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10236
タイトルDunaliella Photosystem I Supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 20種
キーワードmembrane complex / photosystem I / dunaliella / light harvesting / excitation transfer / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site ...Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Nelson N / Caspy I
資金援助 イスラエル, ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
European Research Council (ERC)723991 ベルギー
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex.
著者: Ido Caspy / Tirupathi Malavath / Daniel Klaiman / Maria Fadeeva / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson /
要旨: Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained ...Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained for the complexes that were isolated from various organisms, ranging from cyanobacteria to plants. These complexes are all evolutionarily linked. In this paper, the researchers have uncovered the increased complexity of PSI in a single organism demonstrated by the coexistance of two distinct PSI compositions. The Large Dunaliella PSI contains eight additional subunits, six in PSI core and two light harvesting complexes. Two additional chlorophyll a molecules pertinent for efficient excitation energy transfer in state II transition were identified in PsaL and PsaO. Short distances between these newly identified chlorophylls correspond with fast excitation transfer rates previously reported during state II transition. The apparent PSI conformations could be a coping mechanism for the high salinity.
履歴
登録2019年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0247
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  • 原子モデル: PDB-6sl5
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10236.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0247 / ムービー #1: 0.0247
最小 - 最大-0.07073394 - 0.15494287
平均 (標準偏差)0.00016259018 (±0.005252027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.120384.120384.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0710.1550.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10236_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10236_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex

全体名称: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
要素
  • 複合体: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: PsaH
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca4
    • タンパク質・ペプチド: Lhca5
    • タンパク質・ペプチド: Lhca6
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: octadecanal
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: Tripalmitoylglycerol
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
  • リガンド: [(2~{R})-1-nonanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z})-heptadeca-5,8-dienoate

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超分子 #1: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex

超分子名称: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 81.877352 KDa
配列文字列: KVKIAVDRNP VETNFEKWAK PGHFSRALAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDN HTSDLEEISR KVFSAHFGQL GIILIWLSGM YFHGARFSN YEGWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY STAIGGLVLA A ACFFAGWF ...文字列:
KVKIAVDRNP VETNFEKWAK PGHFSRALAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDN HTSDLEEISR KVFSAHFGQL GIILIWLSGM YFHGARFSN YEGWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY STAIGGLVLA A ACFFAGWF HYHKAAPKLE WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQIH VSLPVNKLLD AGVDPKEIPL PHEFLLNQSI IA DLYPSFS KGLAPFFTLN WAEYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFLVA GHQYRTNWGI GHSIKDILES HKG PFTGNG HAGLYEILTT SWHAQLAINL ALFGSLSIIV AHHMYAMPPY PYLATDYGTQ LSLFTHHMWI GGFCVVGAGA HAAI FMVRD YDPTNNYNNL LDRVIRHRDA IISHLNWVSI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW IQNTH FTAP QLTAPNALAA TSLTWGGDVV AVGGKVAMMP IALGTSDFLV HHIHAFTIHV TVLILLKGVL FARSSRLIPD KANLGF RFP CDGPGRGGTC QVSAWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVTD SGVSHITGGN FAQSANTING WLRDFLW AQ SSQVIQSYGS ALSAYGLMFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLRVAPSI QPRALSITQG RAVGVAHY L LGGIATTWSF FLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 81.671438 KDa
配列文字列: TKLFPKFSQG LAQDPSTRRI WYGLATAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVTDP IHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIATSGV YQWWYTIGLR SNQELYVSSV FLALVSAVFL FAGWLHLQPN F QPSLSWFK ...文字列:
TKLFPKFSQG LAQDPSTRRI WYGLATAHDF ESHDGMTEEN LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEQWVTDP IHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIATSGV YQWWYTIGLR SNQELYVSSV FLALVSAVFL FAGWLHLQPN F QPSLSWFK DAESRLNHHL AGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PESRGQHVGW DNFLSVLPHP QGLTPFWSGN WAAYAQNPDT AS HAFGTAD GSGTAILTFL GGFHPQTQSL WLSDMAHHHL AIAVLFIVAG HMYRTNFGIG HRLEAILEAH TPPAGGLGAG HKG LFHTVN NSLHFQLGLA LASVGTITSL VAQHMYSLPP YAYLAVDFTT QASLYTHHQY IAGFIMCGAF AHGAIFFIRD YDPE QNKGN VLARVLDHKE AIISHLSWVS LFLGFHTLGL YVHNDVVQAF GTPEKQILIE PVFAQWIQAA QGKSLYGFDL LLASS SSPA YSAGQSLWLP GWLEAINNNQ NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAYD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHLTLWQG NVSQFDESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWTFLFG HLVYATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE KTPLANLVYW KDKPVALSIV QARLVGLAHF SVGYIFTY A AFLIASTAGR FG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 8.71709 KDa
配列文字列:
AHVVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKAAQMAS SPRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGN ESTRSLGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 16.214705 KDa
配列文字列:
PWKQPELDPD TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWESP KEQIFEMPTG GAAIMRKGPN LLKFARKEQC MALTTQLRSK FRQTPCFYR VYADGKVQYL HPKDGVYPEK VNAGRVGVNQ NMRSIGKNVD PIKVVKFTGS APFEI

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 7.297158 KDa
配列文字列:
EIGPKRGSLV KVLRPESYWY NQVGKVVSVD QSGIRYPVVV RFENQNYAGV STNNYALDEI EEVK

+
分子 #6: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 18.115789 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYNKLERK ELKVLDKRLK QYEPGSAPYL ALQATKERTE NRFKTYAKQG LLCGNDGLPH LISDPGLALR FNHAGEVFI TFGFLYVAGY IGHVGRQYII LSKEDAKPTD KEIILDVPLA LKLAFQGWAW PLASIQELRN GSLLEKDENI T VS

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.614362 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVVGLGWAI FTSGLLIEIN RFFPDPLVFS F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #8: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 10.928419 KDa
配列文字列:
LEPAVAIGGS TVSFLALGRF VFLPYQRRRT EMEVGPGRLG PKTTGDTFFD RLQKPASFVE TKSKDPSGFG GWHAALGHVF GYFLLACSS LQDAGQVIAH WG

+
分子 #9: PsaH

分子名称: PsaH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 10.012247 KDa
配列文字列:
KYFDVQDLEN TTGAWDLYGV DEMKRYPGLQ EEFFQRATDA VSRREALNGF VALSAGVASI ALFGKGASTL ELPIGTKGPR MEKTENGKG GIL

+
分子 #10: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.236944 KDa
配列文字列:
ATEGYPFVPP DWAPALFVPL TGLVLPAVGM AWAFTYIQK

+
分子 #11: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 8.191218 KDa
配列文字列:
GQSGSVRAIM VSSIGACLFA SRFGLAPSVR KNATAAGTDL EKSVHAAGDD PGAGFTATDV LAMGAAGHAI GVGEWLAQLA RGGV

+
分子 #12: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 16.189839 KDa
配列文字列:
QQVIQPLNGD PFVGMLETPV TSAPIVANYL SNLPAYRTGV APNLRGVEIG LAHGFLLAGP FIKLGPLRDV PGTAEVVGCM SAALVLILA LCLSLYGNAA FQNQPSMGKK TLSGRPLPQD PLMSEEGWAK FAAGFTVGGL SGVAWAYILT QVCLGR

+
分子 #13: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 9.635004 KDa
配列文字列:
LRVDPIVPAI SFVGWTLPSN IGTSALNGQS LFGAFYESIG QNLAHWPTGF ALDDKFWLYM VTWHTGLFIV MLLGQVGFKG RTEDYF

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 21.30523 KDa
配列文字列: QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG ...文字列:
QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG KPILAALGDH LSSPFFNNFA TNGVSVPGV

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Lhca2

分子名称: Lhca2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 22.813822 KDa
配列文字列: DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM ...文字列:
DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM LAFVGFIAQH HATHKSPIDN LLDHVADPFH VTFATNGVSI

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 24.58591 KDa
配列文字列: SKDFLYVGSD AAALKYLDGT LPGDYGFDPL GLLDPTVSNG QGAGGFVNPR WLQYSEVIHA RWAMLGAAGC IAPEILGKAG VIPAETAVD WFRTGVIPPA GVYKDFWADP FTLFFIEVVA IQFAELKRLQ DYKNPGSQSR QYFLGLEGLF KGSDNPAYPG G PFFNFANF ...文字列:
SKDFLYVGSD AAALKYLDGT LPGDYGFDPL GLLDPTVSNG QGAGGFVNPR WLQYSEVIHA RWAMLGAAGC IAPEILGKAG VIPAETAVD WFRTGVIPPA GVYKDFWADP FTLFFIEVVA IQFAELKRLQ DYKNPGSQSR QYFLGLEGLF KGSDNPAYPG G PFFNFANF GKTEAEMKKL KLNEIKNGRL AMLAMFGYGA QAVITGDGPF DNLLAHLADP TGANLITNLG

+
分子 #17: Lhca4

分子名称: Lhca4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 23.131031 KDa
配列文字列: DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF ...文字列:
DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF LGFASTAAVN GQGPIESLQT HLADPFHVTF ATNGVSIPHF TEF

+
分子 #18: Lhca5

分子名称: Lhca5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 21.676771 KDa
配列文字列: LPAIPLADVQ SLSYLDGHLP GDMGFDPLHL GSGVLSQDWL RYAEVVHGRW AMLGVVGCLT PEALAMRGTI PPERGVEDNQ TLLIIEIAV FSFLESKRYE GYKKTGEGGF INSYPFDPVG LNSPKHAVNE LQQNGRLAML AFLGFASTAA VNGQGPIESL Q THIADPAH ...文字列:
LPAIPLADVQ SLSYLDGHLP GDMGFDPLHL GSGVLSQDWL RYAEVVHGRW AMLGVVGCLT PEALAMRGTI PPERGVEDNQ TLLIIEIAV FSFLESKRYE GYKKTGEGGF INSYPFDPVG LNSPKHAVNE LQQNGRLAML AFLGFASTAA VNGQGPIESL Q THIADPAH NNVFTSSVGK ESCVFVAVLS ILPMLIEANK ALGK

+
分子 #19: Lhca6

分子名称: Lhca6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 19.559611 KDa
配列文字列:
LPDVIPPPHL NGTLPGDSFD PLGLGLNEER LKWSVTMGKT NCRWAMMAVT GIMGQELLGV PVKWFEAGAA EYDLPVQAQV PILFLVMGF LETKRFQGFR ESGFINSYPF DPVGLNSPKH ATKEVKNGRL AMVAFVGFAV QALVTRTQPI EGLQKHLADP F GKNITYYL THTPEVIAGT

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 172 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #22: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #23: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #24: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 31 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #25: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #26: octadecanal

分子名称: octadecanal / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: OCD
分子量理論値: 268.478 Da
Chemical component information

ChemComp-OCD:
octadecanal / オクタデカナ-ル

+
分子 #27: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #29: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #30: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #32: Tripalmitoylglycerol

分子名称: Tripalmitoylglycerol / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: 4RF
分子量理論値: 807.32 Da
Chemical component information

ChemComp-4RF:
Tripalmitoylglycerol / トリパルミチン

+
分子 #33: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 9 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #34: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 9 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #35: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 6 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #36: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 13 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #37: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 3 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #38: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S...

分子名称: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: LMK
分子量理論値: 773.241 Da
Chemical component information

ChemComp-LMK:
trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium

+
分子 #39: [(2~{R})-1-nonanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3...

分子名称: [(2~{R})-1-nonanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z})-heptadeca-5,8-dienoate
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: P3H
分子量理論値: 722.841 Da
Chemical component information

ChemComp-P3H:
[(2~{R})-1-nonanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (5~{Z},8~{Z})-heptadeca-5,8-dienoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 2.5 sec blotting before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4306 / 平均電子線量: 42.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 720711
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rhz


詳細: Minimal dunaliella salina photosystem I complex
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 189006
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 12 / 平均メンバー数/クラス: 27366 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 83
得られたモデル

PDB-6sl5:
Dunaliella Photosystem I Supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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