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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりましたEMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。 これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。 関連情報 :
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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞+
2020年8月12日: 新型コロナ情報+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ新型コロナウイルスの構造データ
国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。 関連情報 : /
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2019年7月5日: テキストデータのダウンロードテキストデータのダウンロード
EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。
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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更EMDBのIDの桁数の変更
EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。 EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。 関連情報 : /
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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料+
2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しましたこの分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました
Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法（いわゆるクライオ電顕法）を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。 Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。 Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。 外部リンク :
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2017年7月12日: PDB大規模アップデート+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込みOmokage検索で絞り込み
Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。
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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見新しくなったEM Navigatorと万見
EM Navigatorと万見を刷新しました
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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見新しいEM Navigatorと万見
これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。 関連情報 : / /
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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりましたOmokage検索が速くなりました
データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。 これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください! 関連情報 :
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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーのプレゼンテーション(PDFファイル)+
2015年12月4日: Omokage検索の論文がオンライン出版されましたOmokage検索の論文がオンライン出版されました
Omokage search: shape similarity search service for biomolecular structures in both the PDB and EMDB. Suzuki Hirofumi, Kawabata Takeshi, and Nakamura Haruki, Bioinformatics. (2015) btv614
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2015年11月28日: SASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりましたSASBDBの登録モデルもOmokage検索で探せるようになりました
Omokage検索のデータベースにSASBDBの登録モデルを追加しました。 SASBDBは、小角散乱の実験データを扱うデータバンクです。 SASBDBモデルを検索クエリとして利用できます。 検索結果の中にSASBDBモデルが含まれるようになります。 関連情報 : / /
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2014年12月10日: PDBの分割登録エントリが、単独のエントリに置き換えられましたPDBの分割登録エントリが、単独のエントリに置き換えられました
原子数や鎖数の都合で単一の構造を複数に分割し登録されていたデータは廃止になり、それらをひとつに統合したエントリ（これまでは「巨大構造」として別途公開されていた）が公式のデータになります。 EM Navigatorでは、多数のリボソームと数件のウイルスのデータが置き換わりました。 外部リンク :
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2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索新規サービス: Omokage検索
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2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ「統計情報ページ」の公開を開始しましたEM Navigatorの新ページ「統計情報ページ」の公開を開始しました
EMN統計情報
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2013年1月16日: 新しいEMDBヘッダ形式への対応新しいEMDBヘッダ形式への対応
EMDBエントリのヘッダファイル（XML形式の付随情報データ、マップデータそのものではない）の形式が、バージョン1.9に更新されました。 EM Navigatorのコンテンツもそれに対応したものに変更しました。詳細ページの上部のバーなど、これまで"aggregation state"（集合状態）による色分けをされていた部分が、"method"（3次元再構成の手法）による色分けとなります。 外部リンク :
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wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します
