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万見文書
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解説 (1)

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/quick.php

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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関連する文書

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EMDB

Electron Microscopy Data Bank、 3DEMのためのデータバンク

URL: https://www.ebi.ac.uk/emdb/

関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / PDB / 3つのデータバンクの比較

外部リンク:The Electron Microscopy Data Bank - EBI / EMDataResource

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PDB

蛋白質構造データバンク(PDB) - タンパク質や核酸、それらの複合体の3次元構造のための唯一のデータベース

URL: https://wwPDB.org/

関連情報:PDBj / EMDB

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SASBDB

生体試料小角散乱データバンク - 小角散乱のデータと立体構造モデルのデータバンク

URL: http://www.sasbdb.org/

  • EMBLのBioSAXSにより運営
  • 2014年に設立

関連情報:3つのデータバンクの比較

外部リンク:Valentini E, Kikhney AG, Previtali G, Jeffries CM, Svergun DI. SASBDB, a repository for biological small-angle scattering data. Nucleic Acids Res. 2015 Jan 28;43:D357-63.

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3つのデータバンクの比較

万見とOmokageではこれらのデータベスの横断検索が可能です

解析手法主データ構造データのフォーマット付随データのフォーマット
PDB多種原子モデルPDBx/mmCIF, etc.PDBx/mmCIF, etc.
EMDB3DEM3次元マップCCP4マップEMDB XML
SASBDBSAS (小角散乱)SASプロファイル
+/- 3次元構造		PDB + sasCIFテキスト + sasCIF

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / Covid-19情報 / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記 / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ

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万見検索

EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/ysearch.php

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / EMN検索 / 万見 (Yorodumi) / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報:新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/pap.php

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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Jmol/JSmol

オープンソースの3次元化学構造ビューア

  • マウス・タッチ操作
    X-Y回転X-Y移動拡大・縮小
    マウス操作左ボタンドラッグ[Ctrl] + 右ボタンドラッグ中ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転
    タッチ操作1本指2本指ピンチ（つまむ動作）
  • Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック

関連情報:Molmil / 万見 (Yorodumi)

外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

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機能・相同性情報

関連データベースから収集した分子機能・ドメイン・相同性などの情報

  • 万見と万見検索では、構造データの機能の理解や類似構造データの検索に役立つように、分子機能や相同性に関するデータベースの情報を表示・活用しています。
  • EMDBのヘッダXML、PDBx/mmcif、sasCIFの公式のデータに含まれるEC、EMBL、GeneBank、GO、InterPro、UniProtなどの情報に加えて、PDBMLplus経由、EMDB-PDBフィッティングデータ経由、UniProt経由で収集された、Pfam、PROSITE、Reactome、UniProtKBなどの情報が整理されています。
    カテゴリデータベース名・定義名
    分子機能Gene ontology, Enzyme Commission number, Reactome, etc.
    ドメイン・相同性CATH, InterPro, SMART, etc.
    構成要素UniProt, GenBank, PDB chemical component, etc.

関連情報:F&H 検索 / PDBML-plusからの情報 / 万見検索 / 万見 (Yorodumi) / F&H 検索

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新しいEM Navigatorと万見の変更点

新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)

  • 変更点
    • ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
    • EM Navigatorの個別のデータエントリのページ（旧版の「詳細ページ」）は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
    • 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
  • 新しい機能
    • 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
    • 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
    • その他新しいページ （引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
  • 旧版のページも、当面は継続します。

関連情報:EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / SurfView / Molmil / ムービービューア / EMN文献 / 万見文献 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

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