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-解説 (1)
-万見 (Yorodumi)
幾万の構造データを、幾万の視点から
![](../emnavi/img/about_ym.jpg)
URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/quick.php
- 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
- EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。
関連情報:EMDB /
PDB /
SASBDB /
3つのデータバンクの比較 /
万見検索 /
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 /
万見文献 /
Jmol/JSmol /
機能・相同性情報 /
新しいEM Navigatorと万見の変更点
-関連する文書
-EMDB
Electron Microscopy Data Bank、 3DEMのためのデータバンク
![](../emnavi/img/emdb.jpg)
URL: https://www.ebi.ac.uk/emdb/
関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) /
PDB /
3つのデータバンクの比較
外部リンク:The Electron Microscopy Data Bank - EBI /
EMDataResource
-PDB
-SASBDB
-3つのデータバンクの比較
万見とOmokageではこれらのデータベスの横断検索が可能です
解析手法 | 主データ | 構造データのフォーマット | 付随データのフォーマット | |
---|---|---|---|---|
PDB | 多種 | 原子モデル | PDBx/mmCIF, etc. | PDBx/mmCIF, etc. |
EMDB | 3DEM | 3次元マップ | CCP4マップ | EMDB XML |
SASBDB | SAS (小角散乱) | SASプロファイル +/- 3次元構造 | PDB + sasCIF | テキスト + sasCIF |
関連情報:EMDB /
PDB /
SASBDB /
Covid-19情報 /
万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記 /
実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ
-万見検索
EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索
![](../emnavi/img/about_ysearch.jpg)
URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/ysearch.php
関連情報:EMDB /
PDB /
SASBDB /
3つのデータバンクの比較 /
EMN検索 /
万見 (Yorodumi) /
実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ /
機能・相同性情報 /
新しいEM Navigatorと万見の変更点
-2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見
新しいEM Navigatorと万見
- これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
- 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。
関連情報:新しいEM Navigatorと万見の変更点 /
EM Navigator /
万見 (Yorodumi)
-万見文献
EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース
![](../emnavi/img/about_pap.jpg)
URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/pap.php
- EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
- Pubmedのデータを利用しています
関連情報:EMDB /
PDB /
SASBDB /
万見 (Yorodumi) /
EMN文献 /
新しいEM Navigatorと万見の変更点
-Jmol/JSmol
オープンソースの3次元化学構造ビューア
- マウス・タッチ操作
X-Y回転 X-Y移動 拡大・縮小 マウス操作 左ボタンドラッグ [Ctrl] + 右ボタンドラッグ 中ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転 タッチ操作 1本指 2本指 ピンチ(つまむ動作) - Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック
関連情報:Molmil /
万見 (Yorodumi)
外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
-機能・相同性情報
関連データベースから収集した分子機能・ドメイン・相同性などの情報
- 万見と万見検索では、構造データの機能の理解や類似構造データの検索に役立つように、分子機能や相同性に関するデータベースの情報を表示・活用しています。
- EMDBのヘッダXML、PDBx/mmcif、sasCIFの公式のデータに含まれるEC、EMBL、GeneBank、GO、InterPro、UniProtなどの情報に加えて、PDBMLplus経由、EMDB-PDBフィッティングデータ経由、UniProt経由で収集された、Pfam、PROSITE、Reactome、UniProtKBなどの情報が整理されています。
カテゴリ データベース名・定義名 分子機能 Gene ontology, Enzyme Commission number, Reactome, etc. ドメイン・相同性 CATH, InterPro, SMART, etc. 構成要素 UniProt, GenBank, PDB chemical component, etc.
関連情報:F&H 検索 /
PDBML-plusからの情報 /
万見検索 /
万見 (Yorodumi) /
F&H 検索
-新しいEM Navigatorと万見の変更点
新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)
- 変更点
- ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
- EM Navigatorの個別のデータエントリのページ(旧版の「詳細ページ」)は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
- 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
- 新しい機能
- 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
- 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
- その他新しいページ (引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
- 旧版のページも、当面は継続します。
関連情報:EM Navigator /
万見 (Yorodumi) /
SurfView /
Molmil /
ムービービューア /
EMN文献 /
万見文献 /
万見検索 /
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見