wwPDB登记系统：简介
想要了解更多信息，请参照 wwPDB: Deposition Tutorial （英语）
登记系统的简介
目录
- 录像教程
- 逐步教程
请对新数据登记系统以及本教程提出意见和建议。如在数据登记过程中遇到任何问题，请联系：
- deposit-help@mail.wwpdb.org
- PDBj 咨询表格 （根据需要，可能转发wwPDB）
录像教程
X射线晶体学结构登记：坐标文件以及实验数据文件的上传，结构验证，信息提交
配体检索：坐标文件中所包含配体的匹配检索并确认
配体信息：新配体的化学结构以及相关信息的输入
指南：wwPDB 登记・注释（D&A）系统
坐标登记:
- 登记入口 https://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition 登记系统首页提供两种选择，左侧的版块为已有登记账号和密码入口，右侧版块为新设账号入口。开设新账号时，为提供更好支持服务，请选择登记人所在国。 填写完毕后请点击Start Deposition，系统会将新账号和密码以电子邮件发送给登记人（登记人可自行选择密码，或采用系统任意生成的密码）。
- 登记人可使用新账号和密码登录系统。登录后，页面上部将显示登记账号。 请点击页面左侧导航目录中File Upload选项，上传坐标文件和结构因子文件。文件上传后，请在下拉菜单中指定正确的文件格式。
- 上传完成后，系统将对所上传的文件进行验证。验证完成后将以电子邮件通知登记人。登记人可从导航目录最下方Download & View > View Reports获取验证报告。
- 着重推荐登记人仔细确认Upload Summary Page，该页面可确认所有已上传文件。
-
数据输入时请使用左侧导航目录进行页面切换。
- 黄色图标表示该文件夹含有相关子目录，点击该图标可以打开或者关闭子目录。
- 白色图标表示该页面含有有强制性项目。红色显示为强制性项目。对于任意项目，也建议尽量提供完全信息。
- 绿色圆圈表示该页面的所有强制性项目已经提交完成。
- 可对所有页面上的已输入数据进行再度确认，重新编辑。
- 带有警告条文的红色框架内的数据必须在正式提交前完成编辑。
- 带有警告条文的黄色框架，表示框架内的数据超过标准范围，提请登记人的注意。
-
系统对强制性项目进行自动检测，左侧的导航目录上端的2条条形图显示了数据提交的进度。
- Submit---该条显示了强制性项目的提交完成率。点击该条将显示未完成强制性项目。
- Data Supplied---该条显示所有数据的提交完成率。
- 登记人可在Macromolecules页面查看序列信息。该页面显示高分子相关信息，以及登记人提交的样品序列和坐标文件中的氨基酸序列对比结果。如有不匹配，登记人必须修改样品序列或者坐标文件。
- 登记人可从左侧导航目录中选择Ligands确认配体的信息。该页显示就坐标文件中所含配体在CCD（chemical component dictionary）已发布化合物中搜索结果。如有完全一致的结果，则无需更多工作。如有相似结果，则将作为候补提起登记人确认。 如无法在CCD中找到与坐标文件中配体一致的化合物，该配体将作为新化合物由编辑人员登入CCD。登记人可指定该化合物的3文字代码，并提供SMILES或者InChI代码，或者2D化学结构图。登记人亦可提供Refinement Monomer Library文件。
- 登记完成之前，可用Replacement Upload功能更换坐标以及实验数据文件。
- 与wwPDB之间的交流全部通过通信版块实行。该板块保存所有相关消息。
- 登记人必须在登记前确认并同意Summary & conditions中记载的所有条款。
- 登记人必须在Validation Reports页面确认数据验证报告。
- 在完成所有的强制性项目（包括文件上传，以及导航目录中所有圆圈都为绿色）后，Submit条将显示100%，即可提交数据完成登记。
- 登记人可从Communication页面确认并下载PDB编辑人员发送的处理完毕的数据文件和验证报告。
NMR结构的登记
登记开始页
开始登记时，登记人首先需选择为决定结构采用的实验方法。
与原子坐标同时登记NMR数据， 选定实验方法「Solution NMR」或者「Solid-state NMR」后，系统将自动勾选PDB编码和BMRB编码选项。请直接按「Start deposition」，即可开始登记。
无原子坐标的NMR数据登记， 选定实验方法「Solution NMR」或者「Solid-state NMR」之后，请取消PDB编码的选项，只保留勾选BMRB编码选项。此时页面下部将显示「Deposit NMR data at BMRB」和「Deposit NMR data at PDBj-BMRB」按钮。单击按钮，页面自动跳转到BMRB或者PDBj－BMRB。请注意BMRB登记完成后，如需登记其相关原子坐标文件数据，则需另行进行PDB登记。
关于文件上传
必须上传以下文件
- 原子坐标文件
- 结构限制条件
- 化学位移
建议上传以下文件
- 峰值列表
所上传文件的验证
对上传文件就以下的项目进行验证：
- 验证文件的整合性以确认各模型具有相同化学特性（相同原子）。
- 验证化学位移值。
- 验证化学位移文件以及相应坐标文件中原子名是否一致。
如有发现需要警告或错误报告，将作如下提示：
警告信息∶ 有关上传文件的警告将显示在「File format validation for model coordinates and data files」窗口。主要内容包括超过容许值域的化学位移值。登记人可由此确认并（或）进行适当修正。
错误信息∶ 文件上传过程中发生的错误将显示在下述2处：(1)点击「File upload」页的「Populate」或「Repopulate」按钮后出现的对话窗（红色的齿轮之后），(2)登记界面的「Upload Summary」页。错误信息中主要强调必须修改的原子命名。如有错误提示，则必须修改并重新上传文件以完成登记。
登记界面的有关NMR数据的输入
有关NMR数据输入，请从左侧导航面版的顶部开始依次向下进行，因为有些数据被输入后将自动成为后面项目的引用或参考。
具体而言，在「NMR experiments」项和「NMR software」中所有必要项目完成之前，无法完成「chemical shift connection」页。因为chemical shift connection页面中，用于同定化学位移的数据和其他的NMR项的信息（例如化学位移文件名，参照化学位移，NMR的试料和条件，NMR实验，软件等）互相对应。
并且，如果上传了NMR峰值列表，则需同时输入「spectral peak list」有关数据。
电子显微镜法数据的登记
关于文件上传
必须上传以下文件
- 三维重构模型，和该模型的体素级，推荐轮廓度
- 2. 模型的二维图像（500x500像素，jpg, png等形式）
- 半数据集（用于FSC计算的两个独立的半数据集）
- 其他模型图
- FSC曲线
- 层线数据
高分子三维重构模型数据的登记
登记人可提供样品的序列信息以及相关UniProt或GenBank参照数据。单纯三维重构模型的数据（无原子坐标）的序列信息的提供与否是任意的。
电子显微镜实验的样品信息
电子显微镜实验中所使用的样本的生物来源等信息请按等级划分。具体案例如下：
-
试料全体： 核糖体
-
子成分： 50S核糖体大亚基サブコンポーネント
- 子成分： 5S rRNA
- 子成分： 23S rRNA
- 子成分： SeC6
- 子成分： 50S核糖体蛋白质L4
-
子成分： 30S核糖体小亚基
- 子成分： 16S rRNA
- 子成分： eIF2
- 子成分： 30S核糖体蛋白质S1
- 子成分： 30S核糖体蛋白质S2
-
子成分： 50S核糖体大亚基サブコンポーネント
注意∶可以根据需要追加或者删除子成分。但是一旦删除一个子成分，其下方子成分将被全部删除（上例中如果删除b，i, ii, iii, iv会同时被删除）。
实验信息
有关“EM experiment”包括5个项目。各项目内的数据与其它项目相互链接，也可返回样品信息页面。登记时，请先完成全部样品信息（包括子成分）的输入之后进入 "EM experiment"页面。有关实验信息，也推荐由上至下依次输入。
以下为各项目的详细内容。请注意所有必要项目全部完成后方可提交登记。
- Specimen preparation 主要记述有关样品的冷冻，染色，包埋，负染色，以及载网及其预处理方法，晶体形成的详细等内容。
- Microscopy 主要记述收集实验数据所采用电子显微镜的各种信息，比如射线源和试料容器，能量过滤器等。还包括显微镜的设定和成像处理时采用的各种参数（倍率，散焦，图像匹配等）。如果有数个成像记录，请单击“Microscopy”页面下部的"+"按钮。
- Image recording 主要记述成像记录所使用的检测器等信息，比如检测器的物理特性和图像收集方法。也包括数据处理的时间（采集过程中还是采集后），图像数等等。
- Reconstruction 主要记述由二维投影像到三维重构模型的流程，颗粒挑选，二维图像匹配，分类以及平均，取向计算，投影匹配以及三维模型建立。如有复数的重构流程，亦可在此记述。
- Fitting interpretation 主要记述将既存原子坐标或从头计算的模型定位到三维模型的密度图的有关信息。可单击页面下部的"+"按钮添加复数校正案例，每个案例亦可有多个原始模型。同时也记述有关最后模型的生成所使用的精密化软件等详细信息。
