PDB-4po5: Crystal structure of allophycocyanin B from Synechocystis PCC 6803

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4po5

タイトル

Crystal structure of allophycocyanin B from Synechocystis PCC 6803

要素

Allophycocyanin beta chain
Allophycocyanin subunit alpha-B

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) / alpha-helical phycobiliprotein / light harvesting /

phycocyanobilin (フィコシアノビリン) / methylation on Asn71 in ApcB subunit /

phycobilisome (フィコビリソーム)

機能・相同性

機能・相同性情報

フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane /

光合成
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Pang, P.P. / Dong, L.L. / Sun, Y.F. / Zeng, X.L. / Ding, W.L. / Scheer, H. / Yang, X. / Zhao, K.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2014
タイトル: The structure of allophycocyanin B from Synechocystis PCC 6803 reveals the structural basis for the extreme redshift of the terminal emitter in phycobilisomes.
著者: Pan Pan Peng / Liang Liang Dong / Ya Fang Sun / Xiao Li Zeng / Wen Long Ding / Hugo Scheer / Xiaojing Yang / Kai Hong Zhao /

要旨: Allophycocyanin B (AP-B) is one of the two terminal emitters in phycobilisomes, the unique light-harvesting complexes of cyanobacteria and red algae. Its low excitation-energy level and the ...

履歴

登録	2014年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4po5.cif.gz	426.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4po5.ent.gz	354 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4po5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4po5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4po5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b33S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f0u-d 3dbj-4 5tjf-1 1all-2 1on7-2 4rmp-1 3dbj-1 6hrn-1 5ook-1 4z8k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Allophycocyanin subunit alpha-B

B: Allophycocyanin beta chain

C: Allophycocyanin subunit alpha-B

D: Allophycocyanin beta chain

E: Allophycocyanin subunit alpha-B

F: Allophycocyanin beta chain

ヘテロ分子

114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Allophycocyanin subunit alpha-B

B: Allophycocyanin beta chain

C: Allophycocyanin subunit alpha-B

D: Allophycocyanin beta chain

E: Allophycocyanin subunit alpha-B

F: Allophycocyanin beta chain

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
909 kDa, 48 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.293, 184.293, 260.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Allophycocyanin subunit alpha-B / 分子量: 18769.273 Da / 分子数: 3 / 断片: ApcD subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: Synechocystis PCC 6803 / 参照: UniProt: P72870
#2: タンパク質	Allophycocyanin beta chain 分子量: 17245.629 Da / 分子数: 3 / 断片: ApcB subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: Synechocystis PCC 6803 / 参照: UniProt: Q01952
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate (pH 6.5) and 30% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日
放射	モノクロメーター: diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 222743 / Num. obs: 219625 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1610)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B33

1b33

解像度: 1.751→32.579 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1937	11049	5.03 %	5% reflection from each resolution shell are selected for cross validation.
R_work	0.1703	-	-	-
obs	0.1714	219453	98.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→32.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7440	0	363	1198	9001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.507	11203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.169	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.751-1.7709	0.3122	370	0.3032	6726	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7709-1.7917	0.3094	352	0.2794	6775	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7917-1.8136	0.2814	352	0.2629	6784	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8136-1.8365	0.2789	341	0.2468	6820	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8365-1.8607	0.2558	326	0.2356	6881	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8607-1.8862	0.2379	378	0.221	6855	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8862-1.9131	0.2281	373	0.2168	6917	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9131-1.9417	0.2341	372	0.2227	6913	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9417-1.972	0.2382	371	0.2175	6917	X-RAY DIFFRACTION	99
1.972-2.0044	0.2181	377	0.1991	6929	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0044-2.0389	0.2071	383	0.1805	6900	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0389-2.076	0.1857	378	0.1792	6954	X-RAY DIFFRACTION	99
2.076-2.1159	0.2158	373	0.1798	6956	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1159-2.1591	0.2151	392	0.1766	6939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1591-2.206	0.1931	340	0.1678	6985	X-RAY DIFFRACTION	99
2.206-2.2573	0.1826	381	0.1652	6949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2573-2.3138	0.1847	417	0.1654	6961	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3138-2.3763	0.2035	346	0.1648	6992	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3763-2.4462	0.1824	361	0.1621	6988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4462-2.5251	0.1929	362	0.1703	7060	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5251-2.6153	0.2179	389	0.1723	6933	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6153-2.72	0.223	382	0.1805	6971	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.8437	0.1958	364	0.1891	7041	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8437-2.9936	0.2175	359	0.1924	7001	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9936-3.181	0.2169	375	0.1918	7017	X-RAY DIFFRACTION	99
3.181-3.4263	0.2038	366	0.1718	6993	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4263-3.7707	0.1799	325	0.1481	7057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7707-4.3152	0.1373	398	0.1245	7021	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3152-5.4327	0.1423	382	0.1232	7029	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4327-32.5843	0.1696	364	0.1538	7140	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0166	-0.4218	0.2023	0.2712	0.0923	0.429	0.0068	-0.1086	-0.5266	0.0308	0.0018	0.1353	0.0808	-0.046	-0.0159	0.1584	0.0134	-0.0042	0.1368	0.0241	0.2303	14.853	34.6743	68.0086
2	3.1486	-1.1185	1.5439	0.4266	-0.5365	1.3431	-0.037	0.015	0.081	-0.003	-0.0377	-0.1217	-0.0198	0.1417	0.0787	0.1222	-0.0401	0.0152	0.1798	0.0021	0.1965	-15.9211	51.5721	63.211
3	1.795	1.2717	-1.6981	1.6384	-1.4065	2.1379	-0.1654	0.3029	0.0342	-0.2569	0.2043	0.0575	0.1438	-0.233	-0.0062	0.1633	-0.0465	-0.0165	0.2039	0.002	0.1554	-38.0272	57.9857	35.0133
4	3.2847	0.6697	-1.3345	0.6285	-0.3426	0.5397	0.0225	-0.2182	-0.0739	0.0691	0.0005	0.0548	0.021	-0.0103	-0.0295	0.2014	-0.004	0.0115	0.1974	0.0326	0.1131	-10.8221	78.3491	25.3225
5	1.0495	-0.8093	1.5493	1.5283	-1.6009	3.0259	0.1017	0.1631	-0.0147	-0.1288	-0.1448	-0.1248	0.286	0.3824	0.0165	0.1821	0.0402	0.024	0.2133	0.008	0.1358	23.2668	72.7848	14.053
6	0.1825	0.3553	-0.134	1.6443	-1.9406	2.8926	-0.0018	0.1145	0.085	0.0025	0.0606	0.0979	-0.105	-0.1202	-0.055	0.1467	0.0457	-0.024	0.1718	0.0177	0.1885	26.7286	62.5771	47.7989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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