PDB-3n7p: Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n7p

タイトル

Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a Class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism

要素

Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
Receptor activity-modifying protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

GPCR (Gタンパク質共役受容体) /

class B GPCR /

antagonist (受容体拮抗薬) /

olcegepant /

telcagepant /

migraine (片頭痛)

機能・相同性

機能・相同性情報

calcitonin gene-related peptide binding /

CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway /

adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus /

adrenomedullin receptor activity /

adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ter Haar, E.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Ectodomain Complex of the CGRP Receptor, a Class-B GPCR, Reveals the Site of Drug Antagonism.
著者: Ter Haar, E. / Koth, C.M. / Abdul-Manan, N. / Swenson, L. / Coll, J.T. / Lippke, J.A. / Lepre, C.A. / Garcia-Guzman, M. / Moore, J.M.

履歴

登録	2010年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n7p.cif.gz	287.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n7p.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n7rC 3n7sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tir-d 4ked-d 5gnd-d 4j12-d 4fz5-d 1aue-d 1yq5-d 3hlz-2 2nlg-d 1ckl-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

B: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

C: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

D: Receptor activity-modifying protein 1

E: Receptor activity-modifying protein 1

F: Receptor activity-modifying protein 1

J: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

R: Receptor activity-modifying protein 1

ヘテロ分子

99.8 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

R: Receptor activity-modifying protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

D: Receptor activity-modifying protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

F: Receptor activity-modifying protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Receptor activity-modifying protein 1

J: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.000, 118.000, 225.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor 分子量: 13572.389 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCRL, CALRL_HUMAN, CGRPR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q16602
#2: タンパク質	Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1 分子量: 11002.491 Da / 分子数: 4 / 断片: Extra-cellular domain residues 26-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1, RAMP1_HUMAN / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O60894
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1-1.3M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, 60-80mM MES pH 6.5, 10mM Tris pH8.5 and 200mM sodium nitrate. The crystals were transfered to 2.1M NaMalonate (pH 7.0) prior to freezing in liquid ...詳細: 1-1.3M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, 60-80mM MES pH 6.5, 10mM Tris pH8.5 and 200mM sodium nitrate. The crystals were transfered to 2.1M NaMalonate (pH 7.0) prior to freezing in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.31 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1-1.3M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, 60-80mM MES pH 6.5, 10mM Tris pH8.5 and 200mM sodium nitrate. The crystals were transfered to 2.1M NaMalonate (pH 7.0) prior to freezing in liquid ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	5.0.2	1	0.9804
シンクロトロン	ALS	5.0.2	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年9月29日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年9月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9804	1
2	1	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 39158 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2.8-2.9	2.4	0.319	36
2.9-3.02	2.6	0.287	54.2
3.02-3.15	2.8	0.264	79.8
3.15-3.32	3.3	0.215	96.7
3.32-3.53	3.6	0.157	98.8
3.53-3.8	3.6	0.108	98.1
3.8-4.18	3.6	0.076	97.8
4.18-4.79	3.5	0.058	96.8
4.79-6.03	3.3	0.051	95.8
6.03-50	3.5	0.037	93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.9.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化

精密化

解像度: 2.8→27.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8721 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2408	1845	4.96 %	RANDOM
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2151	37201	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.5692 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.5692 Å²	0 Å²
3-	-	-	31.1385 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.532 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→27.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5324	0	80	53	5457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	5654	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	7758	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1772	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		132	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		871	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5654	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.44
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.29
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		724	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		6	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		20	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6195	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3524	48	4.75 %
R_work	0.2832	962	-
all	0.2864	1010	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6612	-1.6642	2.0276	0.56	-2.1814	5.6756	0.001	-0.5805	-0.0558	0.2539	0.0899	-0.2256	-0.2206	0.1078	-0.0909	-0.2245	-0.0422	-0.1209	0.1687	0.0039	-0.1986	62.1708	45.9357	36.8736
2	5.2767	-0.9099	-2.091	3.2685	2.1534	6.2873	0.032	-0.6011	0.281	0.2819	0.0827	0.1838	0.0056	-0.1084	-0.1147	-0.3007	-0.0676	0.0067	0.1283	-0.0157	-0.2726	37.8551	56.9652	36.0082
3	-2.176	1.6252	-1.6568	2.6687	2.1399	1.1743	0.0763	-0.216	0.101	0.0873	-0.0185	-0.097	-0.1785	-0.0796	-0.0578	-0.1034	-0.2417	0.0937	0.1397	-0.1214	-0.1565	21.6673	78.0336	65.4585
4	4.3164	-1.199	-0.2973	2.0217	0.2375	3.4957	0.1822	-0.0641	-0.0738	-0.2127	0.0716	-0.1937	0.208	0.5965	-0.2538	-0.2767	-0.0485	-0.0664	0.1183	-0.0253	-0.1948	63.0695	46.92	19.4082
5	3.8769	-0.0624	0.3342	3.9242	0.4331	5.3816	0.1698	0.1744	-0.217	-0.5185	-0.0844	-0.2045	-0.0412	0.5619	-0.0854	-0.0648	0.2336	0.0824	0.0164	-0.1108	-0.2963	62.5751	44.7246	-19.914
6	3.1537	0.9955	0.0658	2.8985	3.3734	3.1946	0.0101	0.0769	0.3221	-0.0013	-0.0772	-0.0933	-0.3593	0.0192	0.0671	-0.1769	-0.2456	0.1125	0.1716	-0.1105	-0.0212	32.5675	79.2559	51.4906
7	3.8759	0.9153	-1.0364	2.1049	-0.1892	6.1248	0.145	0.3438	-0.1027	-0.2331	-0.1185	-0.2343	-0.3006	0.3627	-0.0265	-0.1306	0.0334	-0.0174	-0.0781	-0.035	-0.2262	55.2822	52.5889	-4.3181
8	4.501	-1.3576	-0.2251	0.3731	-0.0605	2.3128	0.363	-0.1304	0.087	-0.2296	-0.0139	-0.0091	-0.1533	-0.4593	-0.3491	-0.2135	-0.0535	-0.0376	0.0441	0.0117	-0.1397	37.1227	53.8072	18.885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A29-A128 }	A	29 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B31-B129 }	B	31 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C35-C57 C66-C75 C\|81-C91 C101-C124 }	C	35 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C35-C57 C66-C75 C\|81-C91 C101-C124 }	C	66 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C35-C57 C66-C75 C\|81-C91 C101-C124 }	C	81 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C35-C57 C66-C75 C\|81-C91 C101-C124 }	C	101 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D27-D116 }	D	27 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E27-E105 }	E	27 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F27-F105 }	F	27 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{ J32-J128 }	J	32 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	8	{ R27-R117 }	R	27 - 117

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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