+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ked | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p) | ||||||
Components | CofilinADF/Cofilin family | ||||||
Keywords | Actin Binding Protein / Actin Depolymerization Factor | ||||||
Function / homology | Function and homology information actin cortical patch / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin filament organization / nuclear matrix / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.901 Å | ||||||
Authors | Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p) Authors: Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ked.cif.gz | 119.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ked.ent.gz | 94.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ked.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ked ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ked | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15803.492 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R135D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: COF1, YLL050C, L0596 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q03048 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 0.9791 |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 50075 / % possible obs: 94.68 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 2.9 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.84 Å2 / Rsym value: 0.049 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.901→27.427 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / Phase error: 21.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→27.427 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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