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- PDB-2aeo: Crystal structure of cisplatinated bovine Cu,Zn superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aeo
タイトルCrystal structure of cisplatinated bovine Cu,Zn superoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cisplatin (シスプラチン) / platinum (白金) / SOD / cu / zn SOD / metal based drugs / cancer (悪性腫瘍) / protein (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity ...neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / glutathione metabolic process / ovarian follicle development / 着床 / reactive oxygen species metabolic process / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / response to organic substance / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / 血圧 / ペルオキシソーム / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
シスプラチン / COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Calderone, V. / Casini, A. / Mangani, S. / Messori, L. / Orioli, P.L.
引用
ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2006
タイトル: Structural investigation of cisplatin-protein interactions: selective platination of His19 in a cuprozinc superoxide dismutase.
著者: Calderone, V. / Casini, A. / Mangani, S. / Messori, L. / Orioli, P.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystallographic determination of reduced bovine superoxide dismutase at pH 5.0 and of anion binding to its active site
著者: Ferraroni, M. / Rypniewski, W.R. / Bruni, B. / Orioli, P. / Mangani, S.
#2: ジャーナル: Chem.Rev. / 年: 1999
タイトル: Structure, Recognition, and Processing of Cisplatin-DNA Adducts
著者: Jamieson, E.R. / Lippard, S.J.
履歴
登録2005年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年7月23日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0058
ポリマ－31,1472
非ポリマー8586
水5,170287
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,00916
ポリマ－62,2934
非ポリマー1,71612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)47.207, 50.920, 146.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains two molecules which correspond to a physiological dimer.

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / cisplatin


分子量: 15573.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P00442, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum / シスプラチン


分子量: 300.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM Tris HCl, 18% PEG 4000, 20% 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCED ULTRA / 波長: 1.5418
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日 / 詳細: Enhance ultra, graded multilayer
放射モノクロメーター: Graded Multi layer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→147.44 Å / Num. all: 32303 / Num. obs: 32303 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3880 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SXS

1sxs


解像度: 1.8→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 2.972 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23601 2921 9 %RANDOM
Rwork0.20243 ---
all0.20545 29382 --
obs0.20545 29382 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.49 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 10 287 2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.953006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4855300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99725.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55715358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.34158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.51510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14622354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2223767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4374.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.11736
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 142 -
Rwork0.318 1558 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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