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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3016
タイトルCryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)
マップデータReconstruction of the native conformation of the E.coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)
試料
  • 試料: Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).
  • タンパク質・ペプチド: alpha-2-macroglobulinΑ2-マクログロブリン
キーワードalpha-2-macroglobulin (Α2-マクログロブリン) / ECAM / peptidase inhibitor (プロテアーゼ阻害剤 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / protein homodimerization activity / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Alpha-2-macroglobulin, bacteria / Alpha-2-macroglobulin, MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG5 domain / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG6 domain / : / : / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Bacterial macroglobulin domain 6 ...Alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Alpha-2-macroglobulin, bacteria / Alpha-2-macroglobulin, MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG5 domain / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG6 domain / : / : / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Bacterial macroglobulin domain 6 / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG5 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial alpha-2 macroglobulin MG2 domain / A2MG, CUB domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Α2-マクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Garcia Ferrer I / Arede P / Gomez Blanco J / Luque D / Duquerroy S / Caston JR / Goulas T / Gomis Ruth FX
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structural and functional insights into Escherichia coli α2-macroglobulin endopeptidase snap-trap inhibition.
著者: Irene Garcia-Ferrer / Pedro Arêde / Josué Gómez-Blanco / Daniel Luque / Stephane Duquerroy / José R Castón / Theodoros Goulas / F Xavier Gomis-Rüth /
要旨: The survival of commensal bacteria requires them to evade host peptidases. Gram-negative bacteria from the human gut microbiome encode a relative of the human endopeptidase inhibitor, α2- ...The survival of commensal bacteria requires them to evade host peptidases. Gram-negative bacteria from the human gut microbiome encode a relative of the human endopeptidase inhibitor, α2-macroglobulin (α2M). Escherichia coli α2M (ECAM) is a ∼ 180-kDa multidomain membrane-anchored pan-peptidase inhibitor, which is cleaved by host endopeptidases in an accessible bait region. Structural studies by electron microscopy and crystallography reveal that this cleavage causes major structural rearrangement of more than half the 13-domain structure from a native to a compact induced form. It also exposes a reactive thioester bond, which covalently traps the peptidase. Subsequently, peptidase-laden ECAM is shed from the membrane and may dimerize. Trapped peptidases are still active except against very large substrates, so inhibition potentially prevents damage of large cell envelope components, but not host digestion. Mechanistically, these results document a novel monomeric "snap trap."
履歴
登録2015年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月10日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年8月12日-
現状2015年8月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a42
  • 表面レベル: 2.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3016imag...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3016.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the native conformation of the E.coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.73 / ムービー #1: 2.73
最小 - 最大-2.12648892 - 6.36878967
平均 (標準偏差)0.06237672 (±0.65793127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.54.54.5
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.000315.000315.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-2.1266.3690.062

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).

全体名称: Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).
要素
  • 試料: Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).
  • タンパク質・ペプチド: alpha-2-macroglobulinΑ2-マクログロブリン

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超分子 #1000: Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).

超分子名称: Native conformation of the E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM).
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 180 KDa / 理論値: 180 KDa / 手法: Size exclusion chromatography.

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分子 #1: alpha-2-macroglobulin

分子名称: alpha-2-macroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ECAM
詳細: The expressed and purified sample contained the sequence GPM-A40 to P1653.
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: Periplasm
分子量実験値: 180 KDa / 理論値: 180 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pCRI8b
配列UniProtKB: Α2-マクログロブリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCL, 75mM NaCl
グリッド詳細: Glow discharged carbon coated Cu/Rh 300 mesh Quantifoil R 1.2/1.3um grids.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
手法: Blotted for 1min before plunging with 5ul purified sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 84269 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2014年6月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 130

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 2次元分類クラス数: 64
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP3, EMAN2 / 使用した粒子像数: 46842
詳細The XMIPP automatic picking routine was used to select particles.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4u48

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An homology model based on the experimental coordinates of native ECAM fragments (PDB codes: 4ZJG, 4ZIU, 4ZJH) induced iECAM (PDB code: 4ZIQ) and the coordinates of native Salmonella enterica serovar typhimurium alpha-2-macroglobulin (PDB code: 4U48) was fitted as a rigid body into the density. Several rounds of manual flexible fitting for MG0-NIE domains were performed to improve the fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5a42:
Cryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4zjg

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An homology model based on the experimental coordinates of native ECAM fragments (PDB codes: 4ZJG, 4ZIU, 4ZJH) induced iECAM (PDB code: 4ZIQ) and the coordinates of native Salmonella enterica serovar typhimurium alpha-2-macroglobulin (PDB code: 4U48) was fitted as a rigid body into the density. Several rounds of manual flexible fitting for MG0-NIE domains were performed to improve the fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5a42:
Cryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4ziu

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An homology model based on the experimental coordinates of native ECAM fragments (PDB codes: 4ZJG, 4ZIU, 4ZJH) induced iECAM (PDB code: 4ZIQ) and the coordinates of native Salmonella enterica serovar typhimurium alpha-2-macroglobulin (PDB code: 4U48) was fitted as a rigid body into the density. Several rounds of manual flexible fitting for MG0-NIE domains were performed to improve the fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5a42:
Cryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4zjh

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An homology model based on the experimental coordinates of native ECAM fragments (PDB codes: 4ZJG, 4ZIU, 4ZJH) induced iECAM (PDB code: 4ZIQ) and the coordinates of native Salmonella enterica serovar typhimurium alpha-2-macroglobulin (PDB code: 4U48) was fitted as a rigid body into the density. Several rounds of manual flexible fitting for MG0-NIE domains were performed to improve the fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5a42:
Cryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)

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原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

4ziq

ソフトウェア名称: Chimera
詳細An homology model based on the experimental coordinates of native ECAM fragments (PDB codes: 4ZJG, 4ZIU, 4ZJH) induced iECAM (PDB code: 4ZIQ) and the coordinates of native Salmonella enterica serovar typhimurium alpha-2-macroglobulin (PDB code: 4U48) was fitted as a rigid body into the density. Several rounds of manual flexible fitting for MG0-NIE domains were performed to improve the fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5a42:
Cryo-EM single particle 3D reconstruction of the native conformation of E. coli alpha-2-macroglobulin (ECAM)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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