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万見
- EMDB-2529: Single particle electron microscopy of the human mitochondrial tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2529
タイトルSingle particle electron microscopy of the human mitochondrial transcription initiation complex
マップデータReconstruction of the human mitochondrial transcription initiation complex
試料
  • 試料: Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA
  • タンパク質・ペプチド: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor A, mitochondrial
キーワードhuman mitochondrial transcription / POLRMT / TFAM / TFB2M
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / mitochondrial transcription / rRNA methylation / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / mitochondrial transcription / rRNA methylation / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / ミトコンドリアマトリックス / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain ...Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor A, mitochondrial / Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Yakubovskaya E / Guja KE / Eng ET / Choi WS / Mejia E / Beglov B / Lukin M / Kozakov D / Garcia-Diaz M
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2014
タイトル: Organization of the human mitochondrial transcription initiation complex.
著者: Elena Yakubovskaya / Kip E Guja / Edward T Eng / Woo Suk Choi / Edison Mejia / Dmitri Beglov / Mark Lukin / Dima Kozakov / Miguel Garcia-Diaz /
要旨: Initiation of transcription in human mitochondria involves two factors, TFAM and TFB2M, in addition to the mitochondrial RNA polymerase, POLRMT. We have investigated the organization of the human ...Initiation of transcription in human mitochondria involves two factors, TFAM and TFB2M, in addition to the mitochondrial RNA polymerase, POLRMT. We have investigated the organization of the human mitochondrial transcription initiation complex on the light-strand promoter (LSP) through solution X-ray scattering, electron microscopy (EM) and biochemical studies. Our EM results demonstrate a compact organization of the initiation complex, suggesting that protein-protein interactions might help mediate initiation. We demonstrate that, in the absence of DNA, only POLRMT and TFAM form a stable interaction, albeit one with low affinity. This is consistent with the expected transient nature of the interactions necessary for initiation and implies that the promoter DNA acts as a scaffold that enables formation of the full initiation complex. Docking of known crystal structures into our EM maps results in a model for transcriptional initiation that strongly correlates with new and existing biochemical observations. Our results reveal the organization of TFAM, POLRMT and TFB2M around the LSP and represent the first structural characterization of the entire mitochondrial transcriptional initiation complex.
履歴
登録2013年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年1月29日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.61
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.61
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2529.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2529.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 284.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the human mitochondrial transcription initiation complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 4.77 / ムービー #1: 4.61
最小 - 最大-2.27669072 - 6.27684975
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-6-6-6
サイズ424242
Spacing424242
セルA=B=C: 142.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.43.43.4
M x/y/z424242
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z142.800142.800142.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-6-6-6
NC/NR/NS424242
D min/max/mean-2.2776.277-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA

全体名称: Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA
要素
  • 試料: Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA
  • タンパク質・ペプチド: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor A, mitochondrial

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超分子 #1000: Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA

超分子名称: Quaternary complex of POLRMT, TFAM, TFB2M and LSP DNA
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The complex also has a DNA, that has a mitochondrial light strand promoter sequence
集合状態: one POLRMT one TFB2M and one TFAM TFAM) / Number unique components: 3
分子量実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa / 手法: Gel filtration, electrophoresis

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分子 #1: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

分子名称: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFB2M / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 39 KDa / 理論値: 39 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

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分子 #2: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

分子名称: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFB2M / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 39 KDa / 理論値: 39 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

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分子 #3: Transcription factor A, mitochondrial

分子名称: Transcription factor A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFAM / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 29 KDa / 理論値: 29 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Transcription factor A, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM KCl,20mM,HEPES, 10mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed complex were washed 2 times in buffer and then floated on 1% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 88249 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification at each new area of the grid
日付2013年10月21日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 200
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: EMAN2 protocol each particle
最終 2次元分類クラス数: 15
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 12453
詳細Reference free classes were divided into two subsets, based on particle size, and two initial models were generated from each subset. One model had a visibly elongated shape, whereas the other was more compact. We utilized both models as starting points for parallel refinement, as implemented in EMAN MULTIREFINE routine

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3spa


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, SITUS
詳細3 proteins were fitted separately by manual docking and then refine with SITUS and in-home program.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4gs5


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, SITUS
詳細3 proteins were fitted separately by manual docking and then refine with SITUS and in-home program.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3tq6


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, SITUS
詳細3 proteins were fitted separately by manual docking and then refine with SITUS and in-home program.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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