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Yorodumi- PDB-5flv: Crystal structure of NKX2-5 and TBX5 bound to the Nppa promoter region -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5flv | ||||||
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Title | Crystal structure of NKX2-5 and TBX5 bound to the Nppa promoter region | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development ...: / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development / atrial cardiac muscle cell development / ventricular cardiac myofibril assembly / atrioventricular node cell development / embryonic heart tube left/right pattern formation / positive regulation of cardioblast differentiation / atrial cardiac muscle tissue development / atrioventricular node development / ventricular cardiac muscle cell development / regulation of cardiac muscle cell proliferation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of heart contraction / cardiac ventricle morphogenesis / negative regulation of myotube differentiation / circulatory system development / cardiac conduction system development / endoderm development / pharyngeal system development / cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of sodium ion transport / outflow tract septum morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / heart trabecula formation / adult heart development / embryonic heart tube development / cardiac muscle tissue development / cardiac muscle cell development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / sarcomere organization / cardiac muscle cell proliferation / tongue development / DNA-binding transcription activator activity / ventricular septum morphogenesis / heart contraction / heart looping / outflow tract morphogenesis / thyroid gland development / hemopoiesis / transcription factor binding / regulation of cardiac conduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of cardiac muscle contraction / vasculogenesis / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / spleen development / positive regulation of neuron differentiation / protein-DNA complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | MUS MUSCULUS (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.005 Å | ||||||
Authors | Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Mueller, C.W. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2016 Title: Complex Interdependence Regulates Heterotypic Transcription Factor Distribution and Coordinates Cardiogenesis. Authors: Luna-Zurita, L. / Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Kaynak, B.L. / Thomas, S. / Baudin, F. / Samee, M.A.H. / He, D. / Small, E.M. / Mileikovsky, M. / Nagy, A. / Holloway, A.K. / Pollard, K.S. / ...Authors: Luna-Zurita, L. / Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Kaynak, B.L. / Thomas, S. / Baudin, F. / Samee, M.A.H. / He, D. / Small, E.M. / Mileikovsky, M. / Nagy, A. / Holloway, A.K. / Pollard, K.S. / Muller, C.W. / Bruneau, B.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5flv.cif.gz | 484.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5flv.ent.gz | 395.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5flv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2x6vS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 32947.793 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: DNA BINDING DOMAINS OF TBX5 AND NKX2-5, UNP RESIDUES 134-197 AND 51-251 Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MUS MUSCULUS (house mouse) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): GOLD / References: UniProt: P42582 #2: DNA chain | Mass: 6693.327 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SENSE STRAND - NPPA / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) MUS MUSCULUS (house mouse) #3: DNA chain | Mass: 6809.431 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ANTISENSE STRAND - NPPA / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) MUS MUSCULUS (house mouse) #4: Chemical | Sequence details | PROTEIN FUSION OF MNKX2-5(AA134-197,UNIPROT-P42582)AND MTBX5(AA51-251, UNIPROT-P70326) USING A ...PROTEIN FUSION OF MNKX2-5(AA134-197,UNIPROT-P42582)AND MTBX5(AA51-251, UNIPROT-P70326) USING A 15SER LINKER AND ALL CYSTEINE RESIDUES MUTATED TO SERINE RESIDUES MUTATION CYS TO SER | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.53 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.1M HEPES PH7.5 0.1 M KBR, 0.2M NA-ACETATE AND 20 % PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.97488 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97488 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.57 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 31026 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.08 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 91.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2X6V Resolution: 3.005→19.966 Å / σ(F): 1.37 / Phase error: 38.18 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.005→19.966 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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