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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5flv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NKX2-5 and TBX5 bound to the Nppa promoter region | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development ...: / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development / atrial cardiac muscle cell development / ventricular cardiac myofibril assembly / atrioventricular node cell development / embryonic heart tube left/right pattern formation / positive regulation of cardioblast differentiation / atrial cardiac muscle tissue development / atrioventricular node development / ventricular cardiac muscle cell development / regulation of cardiac muscle cell proliferation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of heart contraction / cardiac ventricle morphogenesis / negative regulation of myotube differentiation / circulatory system development / cardiac conduction system development / endoderm development / pharyngeal system development / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / heart trabecula formation / adult heart development / embryonic heart tube development / cardiac muscle tissue development / cardiac muscle cell development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / sarcomere organization / cardiac muscle cell proliferation / tongue development / DNA-binding transcription activator activity / ventricular septum morphogenesis / heart contraction / heart looping / outflow tract morphogenesis / thyroid gland development / 造血 / transcription factor binding / regulation of cardiac conduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of cardiac muscle contraction / 脈管形成 / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / spleen development / positive regulation of neuron differentiation / デオキシリボ核酸 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.005 Å | ||||||
データ登録者 | Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Mueller, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2016 タイトル: Complex Interdependence Regulates Heterotypic Transcription Factor Distribution and Coordinates Cardiogenesis. 著者: Luna-Zurita, L. / Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Kaynak, B.L. / Thomas, S. / Baudin, F. / Samee, M.A.H. / He, D. / Small, E.M. / Mileikovsky, M. / Nagy, A. / Holloway, A.K. / Pollard, K.S. / ...著者: Luna-Zurita, L. / Stirnimann, C.U. / Glatt, S. / Kaynak, B.L. / Thomas, S. / Baudin, F. / Samee, M.A.H. / He, D. / Small, E.M. / Mileikovsky, M. / Nagy, A. / Holloway, A.K. / Pollard, K.S. / Muller, C.W. / Bruneau, B.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5flv.cif.gz | 484.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5flv.ent.gz | 395.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5flv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2x6vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32947.793 Da / 分子数: 4 断片: DNA BINDING DOMAINS OF TBX5 AND NKX2-5, UNP RESIDUES 134-197 AND 51-251 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P42582 #2: DNA鎖 | 分子量: 6693.327 Da / 分子数: 4 / 断片: SENSE STRAND - NPPA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) #3: DNA鎖 | 分子量: 6809.431 Da / 分子数: 4 / 断片: ANTISENSE STRAND - NPPA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) #4: 化合物 | 配列の詳細 | PROTEIN FUSION OF MNKX2-5(AA134-197,UNIPROT-P42582)AND MTBX5(AA51-251, UNIPROT-P70326) USING A ...PROTEIN FUSION OF MNKX2-5(AA134-197,UNIPROT-P42582)AND MTBX5(AA51-251, UNIPROT-P70326) USING A 15SER LINKER AND ALL CYSTEINE RESIDUES MUTATED TO SERINE RESIDUES MUTATION CYS TO SER | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1M HEPES PH7.5 0.1 M KBR, 0.2M NA-ACETATE AND 20 % PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97488 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97488 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.57 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 31026 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2X6V 解像度: 3.005→19.966 Å / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.005→19.966 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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