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- PDB-1cfb: CRYSTAL STRUCTURE OF TANDEM TYPE III FIBRONECTIN DOMAINS FROM DRO... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1cfb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TANDEM TYPE III FIBRONECTIN DOMAINS FROM DROSOPHILA NEUROGLIAN AT 2.0 ANGSTROMS
要素DROSOPHILA NEUROGLIAN
キーワードNEURAL ADHESION MOLECULE
機能・相同性
機能・相同性情報


pleated septate junction / melanotic encapsulation of foreign target / central complex development / regulation of tube size, open tracheal system / imaginal disc morphogenesis / regulation of female receptivity / cell adhesion involved in heart morphogenesis / septate junction / septate junction assembly / establishment of glial blood-brain barrier ...pleated septate junction / melanotic encapsulation of foreign target / central complex development / regulation of tube size, open tracheal system / imaginal disc morphogenesis / regulation of female receptivity / cell adhesion involved in heart morphogenesis / septate junction / septate junction assembly / establishment of glial blood-brain barrier / nerve maturation / photoreceptor cell axon guidance / mushroom body development / female courtship behavior / male courtship behavior / axon ensheathment / neuron cell-cell adhesion / axon extension / motor neuron axon guidance / dendrite morphogenesis / plasma membrane => GO:0005886 / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / 軸索誘導 / filopodium / synapse organization / 細胞接着 / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / calcium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Neurofascin/L1/NrCAM, C-terminal domain / Bravo-like intracellular region / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Neurofascin/L1/NrCAM, C-terminal domain / Bravo-like intracellular region / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huber, A.H. / Wang, Y.E. / Bieber, A.J. / Bjorkman, P.J.
引用
ジャーナル: Neuron / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of tandem type III fibronectin domains from Drosophila neuroglian at 2.0 A.
著者: Huber, A.H. / Wang, Y.M. / Bieber, A.J. / Bjorkman, P.J.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1989
タイトル: Drosophila Neuroglian: A Member of the Immunoglobulin Superfamily with Extensive Homology to the Vertebrate Neural Adhesion Molecule L1
著者: Bieber, A.J. / Snow, P.M. / Hortsch, M. / Patel, N.H. / Jacobs, J.R. / Traquina, Z.R. / Schilling, J. / Goodman, C.S.
履歴
登録1994年8月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS SEVERAL "CLASSIC" AND "WIDE" BETA-BULGES AS DESCRIBED BY J.S. ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS SEVERAL "CLASSIC" AND "WIDE" BETA-BULGES AS DESCRIBED BY J.S.RICHARDSON, E.D.GETZOFF AND D.C.RICHARDSON IN "THE BETA-BULGE: A COMMON SMALL UNIT OF NONREPETITIVE PROTEIN STRUCTURE, "PROC.NATL.ACAD.SCI. USA, VOL. 75, PP. 2574 - 2578, 1978 RESIDUES TYPE OF BETA-BULGE THR 621, GLY 622 CLASSIC LEU 645, HIS 646 CLASSIC ALA 663, TYR 664 CLASSIC GLU 665, LYS 666 WIDE ASN 719, VAL 720 WIDE ASN 746, PHE 747 WIDE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DROSOPHILA NEUROGLIAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8085
ポリマ－23,0431
非ポリマー7654
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DROSOPHILA NEUROGLIAN
ヘテロ分子

A: DROSOPHILA NEUROGLIAN
ヘテロ分子

A: DROSOPHILA NEUROGLIAN
ヘテロ分子

A: DROSOPHILA NEUROGLIAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,23220
ポリマ－92,1744
非ポリマー3,05916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
Buried area7910 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.800, 241.800, 241.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Atom site foot note1: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SOME POORLY DEFINED SIDE CHAIN ATOMS: LYS 629, LYS 693, GLU 726, LYS 754 AND LYS 789. THESE ATOMS WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT AND HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.00 ...1: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SOME POORLY DEFINED SIDE CHAIN ATOMS: LYS 629, LYS 693, GLU 726, LYS 754 AND LYS 789. THESE ATOMS WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT AND HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.00 AND A B VALUE OF 99.99 IN THIS ENTRY.
2: THIS STRUCTURE CONTAINS SEVERAL "CLASSIC" AND "WIDE" BETA-BULGES AS DESCRIBED BY J.S.RICHARDSON, E.D.GETZOFF AND D.C.RICHARDSON IN "THE BETA-BULGE: A COMMON SMALL UNIT OF NONREPETITIVE PROTEIN ...2: THIS STRUCTURE CONTAINS SEVERAL "CLASSIC" AND "WIDE" BETA-BULGES AS DESCRIBED BY J.S.RICHARDSON, E.D.GETZOFF AND D.C.RICHARDSON IN "THE BETA-BULGE: A COMMON SMALL UNIT OF NONREPETITIVE PROTEIN STRUCTURE, "PROC.NATL.ACAD.SCI. USA, VOL. 75, PP. 2574 - 2578, 1978. RESIDUES TYPE OF BETA-BULGE THR 621, GLY 622 CLASSIC LEU 645, HIS 646 CLASSIC ALA 663, TYR 664 CLASSIC GLU 665, LYS 666 WIDE ASN 719, VAL 720 WIDE ASN 746, PHE 747 WIDE

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DROSOPHILA NEUROGLIAN


分子量: 23043.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株: S2 / 遺伝子: POTENTIAL / 参照: UniProt: P20241

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 239分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AT LEAST TWO OF THE PROTEIN'S THREE POTENTIAL N-LINKED GLYCOSYLATION SITES ARE UTILIZED. ELECTRON ...AT LEAST TWO OF THE PROTEIN'S THREE POTENTIAL N-LINKED GLYCOSYLATION SITES ARE UTILIZED. ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR TWO N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE RESIDUES ATTACHED TO ASN 652 AND ONE N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE RESIDUE ATTACHED TO ASN 683. THESE RESIDUES WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.75 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.6 Mammonium sulfate1reservoir
2150 mM1reservoirLi2SO4
3100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 45766 / Num. measured all: 355936 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→5 Å
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SOME POORLY DEFINED SIDE CHAIN ATOMS: LYS 629, LYS 693, GLU 726, LYS 754 AND LYS 789. THESE ATOMS WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT AND HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SOME POORLY DEFINED SIDE CHAIN ATOMS: LYS 629, LYS 693, GLU 726, LYS 754 AND LYS 789. THESE ATOMS WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT AND HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.00 AND A B VALUE OF 99.99 IN THIS ENTRY.
Rfactor反射数
Rwork0.202 -
obs0.202 45766
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 48 237 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / Rfactor all: 0.202 / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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