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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ej9 | ||||||
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タイトル | Alternative crystal structure of mouse Cryptochrome 2 in complex with TH301 compound | ||||||
要素 | Cryptochrome-2クリプトクロム | ||||||
キーワード | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRY / CRY2 (クリプトクロム) / cryptochrome (クリプトクロム) / PHR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding ...regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding / response to activity / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / 概日リズム / protein import into nucleus / glucose homeostasis / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, S.A. / Hirota, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation. 著者: Miller, S. / Srivastava, A. / Nagai, Y. / Aikawa, Y. / Tama, F. / Hirota, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ej9.cif.gz | 449.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ej9.ent.gz | 304.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ej9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ej9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ej9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58847.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2, Kiaa0658 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9R194 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.0, 0.35 M NaCl, 18% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→57.7 Å / Num. obs: 33745 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 38.52 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4832 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KX8 解像度: 2.6→53.02 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7735 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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