+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p00 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | RebH Variant 8F, Tryptamine 6-halogenase | ||||||||||||
Components | Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH | ||||||||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / halogenase / oxidoreductase / flavin / directed evolution | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Lechevalieria aerocolonigenes (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.249 Å | ||||||||||||
Authors | Andorfer, M.C. / Sukumar, N. / Lewis, J.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structural and Computational Analysis of Laboratory-Evolved Halogenases Reveals Molecular Details of Site-Selectivity Authors: Andorfer, M.A. / Yang, S. / He, C.Q. / Evans, D. / Girlich, A.M. / Vergara-Coll, J. / Sukumar, N. / Houk, K.N. / Lewis, J.C. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p00.cif.gz | 237.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6p00.ent.gz | 185.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p00.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/6p00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/6p00 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6p2vC 7ju0C 2oalS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 62573.250 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: I52M, S110P, S130L, N166S, L380F, S448P, Y455W, F465L, N470S, Q494R, R509Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lechevalieria aerocolonigenes (bacteria) Gene: rebH, rbmJ / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8KHZ8, tryptophan 7-halogenase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.45 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.3M Na/K phosphate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 81936 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 281688 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OAL Resolution: 2.249→31.168 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.48 Å2 / Biso mean: 45.2456 Å2 / Biso min: 21.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.249→31.168 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
|