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- PDB-7c53: Crystal Structure of SARS-CoV-2 HR1 motif in complex with pan-CoV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c53
タイトルCrystal Structure of SARS-CoV-2 HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1
要素Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 HR1 / pan-CoVs inhibitor / EK1 peptide / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.278 Å
データ登録者Zhu, Y. / Yang, X. / Sun, F.
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2021
タイトル: Structural and functional basis for pan-CoV fusion inhibitors against SARS-CoV-2 and its variants with preclinical evaluation.
著者: Xia, S. / Lan, Q. / Zhu, Y. / Wang, C. / Xu, W. / Li, Y. / Wang, L. / Jiao, F. / Zhou, J. / Hua, C. / Wang, Q. / Cai, X. / Wu, Y. / Gao, J. / Liu, H. / Sun, G. / Munch, J. / Kirchhoff, F. / ...著者: Xia, S. / Lan, Q. / Zhu, Y. / Wang, C. / Xu, W. / Li, Y. / Wang, L. / Jiao, F. / Zhou, J. / Hua, C. / Wang, Q. / Cai, X. / Wu, Y. / Gao, J. / Liu, H. / Sun, G. / Munch, J. / Kirchhoff, F. / Yuan, Z. / Xie, Y. / Sun, F. / Jiang, S. / Lu, L.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
B: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
C: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
D: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
E: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
F: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0418
ポリマ－69,9606
非ポリマー802
水2,810156
1
A: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
B: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
C: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9803
ポリマ－34,9803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
2
D: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
E: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
F: Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0605
ポリマ－34,9803
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.815, 138.141, 71.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1108-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...
21(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...
31(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...
12(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...
22(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...
32(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A912 - 917
121(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A919 - 956
131(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A912 - 1036
141(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A965 - 969
151(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A1005 - 1019
161(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A1021 - 1023
171(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A1025 - 1027
181(chain A and (resid 912 through 917 or resid 919...A1029 - 1032
211(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B912 - 917
221(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B919 - 956
231(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B911 - 1035
241(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B965 - 969
251(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B1005 - 1019
261(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B1021 - 1023
271(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B1025 - 1027
281(chain B and (resid 912 through 917 or resid 919...B1029 - 1032
311(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D912 - 917
321(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D919 - 956
331(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D958 - 963
341(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D965 - 969
351(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D1005 - 1019
361(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D1021 - 1023
371(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D1025 - 1027
381(chain D and (resid 912 through 917 or resid 919...D1029 - 1032
112(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C913 - 917
122(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C919 - 953
132(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C955 - 963
142(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C100
152(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C1007 - 1016
162(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C10 - 1016
172(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C1018 - 1023
182(chain C and (resid 913 through 917 or resid 919...C1025 - 1034
212(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E913 - 917
222(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E919 - 953
232(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E955 - 963
242(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E100
252(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E1007 - 1016
262(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E10 - 1016
272(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E1018 - 1023
282(chain E and (resid 913 through 917 or resid 919...E1025 - 1034
312(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F913 - 917
322(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F919 - 953
332(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F955 - 963
342(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F100
352(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F1007 - 1016
362(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F10 - 1016
372(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F1018 - 1023
382(chain F and (resid 913 through 917 or resid 919...F1025 - 1034

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein S2',pan-CoVs inhibitor EK1


分子量: 11660.062 Da / 分子数: 6 / 断片: HR1 motif / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of SARS-CoV-2 HR1 motif (UNP residues 910-975) and pan-CoVs inhibitor EK1 (residues 976-1036)
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% MPD, 0.1 M Na Acetate pH 5.0, 0.02 M Calcium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.278→48.057 Å / Num. obs: 30691 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.12
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / Num. unique obs: 9427 / CC1/2: 0.502

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZVM

5zvm


解像度: 2.278→48.057 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1492 4.86 %
Rwork0.1951 29199 -
obs0.1974 30691 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.12 Å2 / Biso mean: 46.7751 Å2 / Biso min: 18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.278→48.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 2 156 4504
Biso mean--90.05 45.09 -
残基数----551
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A648X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
12B648X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
13D648X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
21C657X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
22E657X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
23F657X-RAY DIFFRACTION6.859TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.278-2.35120.3571370.2894260499
2.3512-2.43520.31161210.23862636100
2.4352-2.53270.27881490.24142619100
2.5327-2.6480.30251310.2162614100
2.648-2.78760.27061510.19832606100
2.7876-2.96220.27121360.20492630100
2.9622-3.19090.27021410.20422644100
3.1909-3.51190.25771120.18542685100
3.5119-4.01980.23091120.17352700100
4.0198-5.06370.1831480.15712678100
5.0637-48.0570.21521540.20292783100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23930.40851.01270.83860.30881.67630.11110.0025-0.1340.0237-0.042-0.14220.2013-0.0211-0.06640.27110.02670.04750.25330.0360.2296-35.0949-27.9111-20.9213
22.3707-0.04391.19590.620.38941.77580.0241-0.25460.03860.0945-0.0579-0.06750.0969-0.14360.05740.2918-0.00480.03970.21430.04220.2019-40.9983-23.6677-13.0601
33.26590.47181.27030.9595-0.00281.3228-0.09210.23520.47940.0511-0.0809-0.1421-0.0970.20140.17540.23830.01560.02130.20220.06190.3184-37.5577-17.4306-20.6699
40.9211-0.45940.66573.3535-2.11682.7129-0.1594-0.2340.11820.61770.2337-0.0809-0.4384-0.1374-0.03780.25870.00010.02310.3257-0.06950.2584-21.885-25.4198-31.3416
51.7807-1.52140.81931.905-0.83441.20770.0373-0.00280.121-0.157-0.0614-0.34910.19250.06150.06350.2926-0.0321-0.00810.2627-0.02560.2489-16.5322-29.264-39.3747
61.1596-0.32760.30742.5058-1.09011.320.0615-0.0954-0.0827-0.13590.14410.25210.1528-0.1786-0.22470.2082-0.039-0.00130.2451-0.00270.2153-26.8671-30.9153-38.7961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 912 through 1036)A912 - 1036
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 911 through 1035)B911 - 1035
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 911 through 1035)C911 - 1035
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 912 through 1033)D912 - 1033
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 911 through 1035)E911 - 1035
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 912 through 1035)F912 - 1035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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