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- PDB-6u4x: Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with ibuprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u4x
タイトルCrystal structure of Equine Serum Albumin complex with ibuprofen
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Albumin (アルブミン) / Ibuprofen / NSAID (非ステロイド性抗炎症薬) / SA / ESA / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Unknown ligand / アルブミン
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Steen, E.H. / Shabalin, I.G. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Albumin-Based Transport of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs in Mammalian Blood Plasma.
著者: Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,14123
ポリマ－65,7681
非ポリマー1,37322
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.232, 95.232, 141.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin /


分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

-
非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID / (S)-イブプロフェン / Dexibuprofen


分子量: 206.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細According to the NCBI database, the mutation R584A is characteristic for Equus ferus przewalskii, a ...According to the NCBI database, the mutation R584A is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from central Asia (accession code: XP_008524663.1)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 ul of 36 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.4 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...詳細: 1 ul of 36 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.4 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Ibuprofen powder was added to the crystallization drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 34270 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.945 / Net I/av σ(I): 21.82 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.296.61.1171.1316610.6750.4271.2020.85197
2.29-2.337.50.97816690.7820.361.0460.85798.5
2.33-2.388.61.01117420.8450.3541.0740.86999.7
2.38-2.429.90.92616750.8910.3070.9770.892100
2.42-2.4810.80.85216990.9220.2710.8950.875100
2.48-2.5311.20.79717290.9290.2490.8350.895100
2.53-2.611.40.70617120.9490.2180.7390.907100
2.6-2.6711.50.54917210.9660.1690.5740.918100
2.67-2.7511.40.44517150.9730.1370.4650.926100
2.75-2.8311.50.36916980.9780.1140.3860.893100
2.83-2.9411.50.28117430.9850.0870.2940.913100
2.94-3.0511.50.19617020.9920.0610.2060.932100
3.05-3.1911.50.14717020.9950.0450.1540.911100
3.19-3.3611.40.11317150.9960.0350.1180.949100
3.36-3.5711.40.0917140.9970.0280.0941.041100
3.57-3.8511.40.08217250.9970.0250.0861.208100
3.85-4.2311.30.07617200.9970.0230.0791.39100
4.23-4.8511.20.06117290.9980.0190.0641.191100
4.85-6.1110.04617380.9980.0140.0480.756100
6.1-5011.10.03617610.9990.0110.0380.60799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ収集
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5v0v

5v0v


解像度: 2.25→47.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2267 / WRfactor Rwork: 0.1854 / FOM work R set: 0.8135 / SU B: 15.326 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.3615 / SU Rfree: 0.2421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 1507 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.1934 27866 85.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.78 Å2 / Biso mean: 43.97 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4568 0 100 266 4934
Biso mean--56.58 39.52 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.6516474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1391.58610280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1035583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15723.648233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78315850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4841520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02923
LS精密化 シェル解像度: 2.253→2.312 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 47 -
Rwork0.263 846 -
all-893 -
obs--34.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37721.97411.48916.87011.60873.0711-0.07460.12130.4454-0.3904-0.03470.3275-0.3757-0.12480.10930.1136-0.0280.00880.1070.04580.099448.24443.01273.425
26.14870.81012.50563.4441.35338.1716-0.04750.64050.3297-0.4668-0.00040.064-0.161-0.02620.04790.19120.00970.05050.18230.07180.174133.93244.23271.085
33.74970.3243-0.83062.6255-0.51833.124-0.06560.5249-0.1815-0.67410.0273-0.30670.17540.2010.03830.2716-0.05690.01620.1667-0.00030.082548.97825.73364.507
41.42531.0777-0.25764.147-0.81680.98090.0813-0.15510.03460.2108-0.0124-0.15210.0560.225-0.0690.1267-0.0506-0.0740.14850.00750.052848.16416.64289.479
53.33870.9274-0.14483.5898-1.63675.378-0.1719-0.2718-0.04220.38720.07330.3528-0.2226-0.14460.09850.15060.025-0.0040.06420.01480.089733.8122.47192.347
61.6084-0.6107-0.68882.77080.74653.7478-0.0079-0.08820.0274-0.0049-0.09820.03070.1083-0.12260.1060.0646-0.0203-0.02730.0581-0.00960.022734.5495.27766.142
73.06571.1442-0.93212.34020.64156.80970.08270.11270.0185-0.4469-0.0152-0.0279-0.5837-0.1689-0.06750.22120.05220.01290.0281-0.01980.05334.8643.52644.125
88.718510.5221-5.495221.5299-8.88394.06810.03860.193-0.053-0.25690.06380.13220.0601-0.0834-0.10250.30620.0056-0.03130.1707-0.03160.256529.446-1.65337.762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4A209 - 318
5X-RAY DIFFRACTION5A319 - 385
6X-RAY DIFFRACTION6A386 - 498
7X-RAY DIFFRACTION7A499 - 566
8X-RAY DIFFRACTION8A567 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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