+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xk0 | ||||||
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Title | Albumin-dexamethasone complex | ||||||
Components | Albumin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Drug transport / ESA / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equus caballus (horse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Iucrj / Year: 2020 Title: Molecular determinants of vascular transport of dexamethasone in COVID-19 therapy. Authors: Shabalin, I.G. / Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Brzezinski, D. / Grabowski, M. / Cooper, D.R. / Panasiuk, M. / Chruszcz, M. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xk0.cif.gz | 255.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xk0.ent.gz | 205.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xk0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xk0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3v08S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 65784.086 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Equus caballus (horse) / References: UniProt: P35747 |
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-Non-polymers , 5 types, 235 molecules
#2: Chemical | ChemComp-DEX / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-FLC / | ||
#4: Chemical | ChemComp-MYR / | ||
#5: Chemical | ChemComp-UNX / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Prior to crystallization, 15 mg/ml protein was incubated with dexamethasone powder (10-fold molar excess) for 60 min at room temperature, and the mixture with the powder in suspension was ...Details: Prior to crystallization, 15 mg/ml protein was incubated with dexamethasone powder (10-fold molar excess) for 60 min at room temperature, and the mixture with the powder in suspension was used for crystallization. 1 ul of this mixture was mixed with 1 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against the well solution in 15-Well hanging drop crystallization plate (Qiagen, EasyXtal). 1:1 mixture of Paratone N and mineral oil was used as a cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 6, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 28870 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.886 / Net I/av σ(I): 15.3 / Net I/σ(I): 8.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3V08 Resolution: 2.4→47.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 20.237 / SU ML: 0.244 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.634 / ESU R Free: 0.298 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.13 Å2 / Biso mean: 56.799 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→47.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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