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Yorodumi- PDB-6u4r: Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with ketoprofen -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u4r | ||||||
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Title | Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with ketoprofen | ||||||
Components | Serum albumin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Albumin / Ketoprofen / NSAID / SA / ESA / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equus caballus (horse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Czub, M.P. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Albumin-Based Transport of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs in Mammalian Blood Plasma. Authors: Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u4r.cif.gz | 251.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u4r.ent.gz | 202.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u4r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5v0vSC 6ci6C 6u4xC 6u5aC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 65768.086 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Equus caballus (horse) / References: UniProt: P35747 |
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-Non-polymers , 6 types, 220 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-KNA / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-UNL / | Mass: 182.218 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Sequence details | According to the NCBI database, this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare ...According to the NCBI database, this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from central Asia (accession code: XP_008524663.1) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 1 ul of 35 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...Details: 1 ul of 35 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 3mM ketoprofen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 26761 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.948 / Net I/av σ(I): 17.33 / Net I/σ(I): 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5V0V Resolution: 2.45→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.1745 / FOM work R set: 0.8255 / SU B: 19.166 / SU ML: 0.216 / SU R Cruickshank DPI: 0.6035 / SU Rfree: 0.2813 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.281 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.36 Å2 / Biso mean: 48.509 Å2 / Biso min: 12.53 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→47.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.453→2.517 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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