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- PDB-6tv1: ATPase domain D3 of the EssC coupling protein from S. aureus USA300 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tv1
タイトルATPase domain D3 of the EssC coupling protein from S. aureus USA300
要素EssC protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ATPase Domain (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane => GO:0016020 / DNA binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Firmicutes EssC, N-terminal / Firmicutes EssC, C-terminal / DNA transporter / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / SMAD/FHA domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VII secretion system protein EssC
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mietrach, N.A. / Geibel, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Elite Network of BavariaN-BM-2013-246 ドイツ
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2020
タイトル: Substrate Interaction with the EssC Coupling Protein of the Type VIIb Secretion System.
著者: Mietrach, N. / Damian-Aparicio, D. / Mielich-Suss, B. / Lopez, D. / Geibel, S.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EssC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2902
ポリマ－27,1981
非ポリマー921
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.030, 91.030, 124.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1693-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EssC protein


分子量: 27198.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAUSA300_0283 / プラスミド: pet16b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Bl21 star / 参照: UniProt: A0A0H2XEV3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: octahedral
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1,4-1,8 M ammonium citrate / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.751 Å / Num. obs: 57937 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04526 / Rpim(I) all: 0.01575 / Rrim(I) all: 0.04807 / Net I/σ(I): 25.71
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 4176 / CC1/2: 0.539 / Rpim(I) all: 0.5333 / Rrim(I) all: 1.743 / % possible all: 98.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.751 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1724 2897 5 %
Rwork0.1528 --
obs0.1538 57937 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.2 Å2 / Biso mean: 38.5522 Å2 / Biso min: 21.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→19.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 6 97 1963
Biso mean--45.94 48.76 -
残基数----228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7002-1.72810.36341330.3389251197
1.7281-1.75790.31751370.27822604100
1.7579-1.78980.26081360.24212583100
1.7898-1.82420.24631360.19742584100
1.8242-1.86140.21221350.18012579100
1.8614-1.90190.19831380.16012608100
1.9019-1.94610.20021350.14512579100
1.9461-1.99470.16611360.13752574100
1.9947-2.04860.1621360.1342593100
2.0486-2.10880.16141380.12962623100
2.1088-2.17680.14741370.10882603100
2.1768-2.25450.15071370.10872600100
2.2545-2.34460.13291390.10952629100
2.3446-2.45110.15641370.12312614100
2.4511-2.58010.19191370.13852611100
2.5801-2.74130.16411380.14672637100
2.7413-2.95240.16821400.14942643100
2.9524-3.24830.17551390.1522652100
3.2483-3.71560.15561400.14652655100
3.7156-4.6710.16951430.14192717100
4.671-19.7510.17551500.1937284199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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