PDB-6s1w: Crystal structure of dimeric M-PMV protease D26N mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s1w

タイトル

Crystal structure of dimeric M-PMV protease D26N mutant

要素

Gag-Pro-Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Mason-Pfizer Monkey Virus / M-PMV /

retrovirus (レトロウイルス科) /

retropepsin /

aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) /

dimerization / flap structure / apo

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase /

dUTP diphosphatase activity /

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ /

リボヌクレアーゼH / RNA stem-loop binding / DNA integration /

逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency /

RNA-directed DNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain /

dUTPase-like /

dUTPase ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Wosicki, S. / Gilski, M. / Jaskolski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Comparison of a retroviral protease in monomeric and dimeric states.
著者: Wosicki, S. / Gilski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s1w.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s1w.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s1uSC 6s1vC 1az5 1bai 1ivp 2fmb 2rsp 3hvp 3liy 3slz 3sqf 4fiv 4hvp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c6c-d 4ej8-d 1hhp-1 5b18-1 3n6t-d 6f8h-2 5u0k-4 4z50-2 6dfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.7575322 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/repod.7575322

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (12) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Gag-Pro-Pol polyprotein

A: Gag-Pro-Pol polyprotein

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.987, 29.571, 85.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

#1: タンパク質	Gag-Pro-Pol polyprotein / Pr180 分子量: 12963.964 Da / 分子数: 2 / 変異: D26N; ENGINEERED MUTATION / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modeled because of poor electron density. 由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) 遺伝子: gag-pro-pol / プラスミド: pBPS13ATG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, ...参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Gag-Pro-Pol polyprotein / Pr180

分子量: 12963.964 Da / 分子数: 2 / 変異: D26N; ENGINEERED MUTATION / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modeled because of poor electron density.
由来: (組換発現)

Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / プラスミド: pBPS13ATG
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, ...

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.17 % / 解説: plate
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein solution: 4.1 mg/mL protein, 5 mM TCEP, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate buffer, 15% propan-2-ol, 5 mM TCEP;

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→48.91 Å / Num. obs: 17123 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.62 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 8.24
反射シェル	解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2594 / CC_1/2: 0.521 / R_rim(I) all: 0.737 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0232	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S1U, chain A

6s1u

解像度: 1.98→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 13.585 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.178 / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26063	1000	5.8 %	RANDOM
R_work	0.19956	-	-	-
obs	0.20313	16122	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.18 Å²	0 Å²	0.22 Å²
2-	-	-2.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1648	0	0	129	1777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.839	1.644	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.58	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.13	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.09	24.795	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.612	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.287	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.826	2.301	834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.809	2.298	833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.988	3.415	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.991	3.42	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.977	2.51	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.976	2.514	900
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.085	3.696	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.31	26.745	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.257	26.331	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2886 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

解像度: 1.984→2.035 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	64	-
R_work	0.36	1033	-
obs	-	-	88.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7409	4.0124	3.8193	5.6675	4.1914	3.2397	0.0949	-0.0292	-0.261	0.5366	0.048	-0.1438	0.3941	0.0719	-0.1429	0.1637	0.0804	-0.0318	0.1458	0.027	0.0659	22.8383	-5.5346	21.6498
2	1.3595	-0.3074	-2.1318	0.7839	0.288	6.4781	0.063	0.1607	-0.2023	0.0122	-0.2436	0.0603	0.1906	-0.3066	0.1805	0.177	0.0023	0.0192	0.1197	0.0001	0.0586	12.5942	-4.4991	33.4251
3	2.1945	1.4045	-1.0635	2.0299	-1.2242	4.8748	-0.0169	0.189	-0.1405	0.0367	-0.1239	0.098	0.0271	-0.2757	0.1408	0.1374	-0.0178	0.0125	0.1342	-0.0412	0.0598	7.4886	-1.1603	28.1903
4	0.211	-1.1556	0.4228	7.9406	-2.189	0.8759	-0.0587	-0.1012	-0.0127	0.2502	0.0397	0.2764	-0.0873	-0.2595	0.019	0.0986	0.0123	0.0316	0.2314	-0.0748	0.091	-2.023	1.9231	37.5496
5	7.9437	-2.3677	0.3284	1.7221	0.2186	0.9927	-0.1702	0.0778	-0.0299	0.2671	-0.0063	0.0873	0.013	0.0082	0.1766	0.1192	-0.0304	0.0413	0.0802	-0.0125	0.0484	10.169	3.7953	37.4268
6	1.2685	0.8345	-0.7064	0.7585	-0.0501	1.6117	0.0127	-0.0762	0.0982	0.0019	0.0436	0.0601	-0.045	0.0007	-0.0563	0.2321	0.0054	-0.0118	0.1628	-0.0088	0.0102	12.1777	2.9732	27.3093
7	11.4191	-2.7231	-2.0989	2.613	1.4209	3.3414	0.081	0.1012	-0.1183	-0.0141	0.0221	-0.0419	-0.1632	0.1139	-0.1031	0.1259	-0.0397	0.0002	0.0287	-0.0099	0.0329	21.5983	10.3697	20.6616
8	1.4918	0.4458	0.1115	2.4455	-0.2372	2.5295	0.051	0.0473	0.1309	0.0746	-0.0356	0.0672	-0.137	-0.1119	-0.0155	0.0121	0.01	0.0168	0.1673	0.0145	0.0791	13.5316	6.4008	4.4817
9	3.0247	3.9132	0.6571	5.3178	-0.401	7.1516	0.2385	-0.32	0.1396	0.2837	-0.3647	0.228	0.2029	-0.6861	0.1262	0.023	-0.0477	0.0092	0.27	-0.0874	0.1877	1.4819	-3.4553	7.2845
10	9.5497	3.9598	2.7234	3.2836	2.2688	1.5746	-0.0938	0.1442	-0.0253	-0.1114	0.1036	-0.0366	-0.0806	0.0501	-0.0097	0.0339	0.0068	0.0037	0.1264	0.0151	0.087	21.8727	1.3603	0.9387
11	1.714	-1.1977	0.7432	0.9326	-0.3246	2.5797	-0.0593	0.0087	-0.153	0.0909	0.0768	0.153	-0.0215	-0.0207	-0.0175	0.0695	-0.0048	0.0446	0.1751	0.0053	0.0919	13.382	1.7054	8.6623
12	3.568	-0.4799	4.6892	1.0797	-2.6918	10.4639	-0.1866	-0.0927	-0.1726	0.0198	-0.0965	-0.2333	-0.1341	0.2336	0.283	0.1429	0.099	0.0373	0.1812	-0.0031	0.1135	25.9622	0.7088	23.1317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	59 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	80 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	10 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	46 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	64 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	80 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	103 - 108

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)