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Yorodumi- PDB-6iao: Structure of Cytochrome P450 BM3 M11 mutant in complex with DTT a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6iao | ||||||
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Title | Structure of Cytochrome P450 BM3 M11 mutant in complex with DTT at resolution 2.16A | ||||||
Components | Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 BM3 / mutant M11 / DTT | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / FMN binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus megaterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.16 Å | ||||||
Authors | Mirza, O. / Rafiq, M. / Frydenvang, K. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2019 Title: Structural analysis of Cytochrome P450 BM3 mutant M11 in complex with dithiothreitol. Authors: Frydenvang, K. / Verkade-Vreeker, M.C.A. / Dohmen, F. / Commandeur, J.N.M. / Rafiq, M. / Mirza, O. / Jorgensen, F.S. / Geerke, D.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6iao.cif.gz | 758.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6iao.ent.gz | 626 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6iao.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iao | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3dgiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 57319.395 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus megaterium (bacteria) / Gene: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / Plasmid: PET-28A(+) / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 1280 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-DTT / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 18% PEG4000, 0.25 M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.0, 10 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.16→188.019 Å / Num. obs: 114389 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.155 / Rsym value: 0.139 / Net I/av σ(I): 4.2 / Net I/σ(I): 13.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3DGI Resolution: 2.16→47.177 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 26.7173 Å2 / Biso min: 3.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.16→47.177 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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