+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ns7 | ||||||
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Title | Crystal structure of murine caspase-11 | ||||||
Components | Caspase-11Caspase 11 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / inflammation / enzyme / caspase / pyroptosis | ||||||
Function / homology | Function and homology information caspase-11 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / Pyroptosis / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / NLRP1 inflammasome complex / NOD1/2 Signaling Pathway / CARD domain binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis ...caspase-11 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / Pyroptosis / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / NLRP1 inflammasome complex / NOD1/2 Signaling Pathway / CARD domain binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / pyroptotic inflammatory response / protein maturation / protein autoprocessing / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of interleukin-1 beta production / actin filament organization / lipopolysaccharide binding / positive regulation of inflammatory response / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / neuronal cell body / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of murine caspase-11 Authors: Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ns7.cif.gz | 407.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ns7.ent.gz | 336.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ns7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6ns7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/6ns7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3e4cS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32353.969 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P70343, caspase-11 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 25mM Bis-Tris, 0.2M ammonium sulfate, and 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→47.93 Å / Num. obs: 86796 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10.62 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.486 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 14012 / CC1/2: 0.765 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3e4c Resolution: 2.4→47.927 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→47.927 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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