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- PDB-6iao: Structure of Cytochrome P450 BM3 M11 mutant in complex with DTT a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iao
タイトルStructure of Cytochrome P450 BM3 M11 mutant in complex with DTT at resolution 2.16A
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome P450 BM3 / mutant M11 / DTT
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / 代謝 / FMN binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Mirza, O. / Rafiq, M. / Frydenvang, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of Cytochrome P450 BM3 mutant M11 in complex with dithiothreitol.
著者: Frydenvang, K. / Verkade-Vreeker, M.C.A. / Dohmen, F. / Commandeur, J.N.M. / Rafiq, M. / Mirza, O. / Jorgensen, F.S. / Geerke, D.P.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,80439
ポリマ－229,2784
非ポリマー4,52735
水22,4291245
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,10722
ポリマ－114,6392
非ポリマー2,46820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,69817
ポリマ－114,6392
非ポリマー2,05915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)377.933, 59.937, 95.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 57319.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / プラスミド: PET-28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, 非特異的モノオキシゲナーゼ, NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ

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非ポリマー , 6種, 1280分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG4000, 0.25 M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.0, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→188.019 Å / Num. obs: 114389 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.155 / Rsym value: 0.139 / Net I/av σ(I): 4.2 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.16-2.283.90.7270.9162540.4040.8370.72797.6
2.28-2.415.20.5071.4157210.2410.5630.507100
2.41-2.585.30.3671.8148540.1720.4060.367100
2.58-2.795.30.2712.4138040.1270.2990.271100
2.79-3.055.30.1713.7127280.080.190.171100
3.05-3.425.30.1095.9115730.0510.120.109100
3.42-3.945.30.075.6101890.0330.0770.07100
3.94-4.835.30.04614.486680.0210.050.046100
4.83-6.835.30.04913.467730.0230.0540.049100
6.83-47.88850.03213.438250.0160.0360.03299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.83 Å47.88 Å
Translation4.83 Å47.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DGI

3dgi


解像度: 2.16→47.177 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 5743 5.02 %
Rwork0.1589 --
obs0.1611 114358 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 26.7173 Å2 / Biso min: 3.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→47.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14450 0 270 1256 15976
Biso mean--29.52 27.25 -
残基数----1807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.16-2.18460.27891760.24763280345692
2.1846-2.21030.27611960.23153542373898
2.2103-2.23720.32011990.232335593758100
2.2372-2.26550.2841810.244836103791100
2.2655-2.29530.26861910.196136283819100
2.2953-2.32680.24472000.184636123812100
2.3268-2.360.22461960.175935773773100
2.36-2.39530.23551840.174736593843100
2.3953-2.43270.21621910.175835693760100
2.4327-2.47260.24491850.171136043789100
2.4726-2.51520.22012110.162936393850100
2.5152-2.56090.20961780.170435963774100
2.5609-2.61020.25251690.174436753844100
2.6102-2.66350.23771800.173735683748100
2.6635-2.72140.23071910.169136483839100
2.7214-2.78470.2081760.161836083784100
2.7847-2.85430.21041790.159336573836100
2.8543-2.93150.20722070.163135763783100
2.9315-3.01770.20331970.162336483845100
3.0177-3.11510.19561920.174936233815100
3.1151-3.22640.22362070.161636183825100
3.2264-3.35550.20691770.154936553832100
3.3555-3.50820.18711760.145336663842100
3.5082-3.69310.1931800.139636433823100
3.6931-3.92440.1661950.131936403835100
3.9244-4.22720.14982020.1236613863100
4.2272-4.65230.13361980.110436773875100
4.6523-5.32470.15032110.120336653876100
5.3247-6.70550.1981910.153337243915100
6.7055-47.1880.18362270.163537884015100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86620.5047-0.24851.9913-0.59221.9947-0.0162-0.0414-0.3924-0.0212-0.02180.07560.3447-0.160.00690.1629-0.00390.01060.1167-0.00560.169256.7841-14.3089-16.9209
21.9073-0.42410.93580.795-0.43361.60720.04270.1884-0.1188-0.1049-0.0207-0.07730.10540.2333-0.01750.15060.02530.0430.1508-0.01570.107472.5687-5.5964-27.5946
33.8573-0.81822.30981.8124-0.67074.6537-0.1553-0.06210.23930.00190.0833-0.0911-0.2469-0.23770.06490.1147-0.0060.05240.10390.00760.0961.76919.6377-25.0352
40.6979-0.1734-0.67511.2583-0.26592.38440.0692-0.0706-0.0343-0.0013-0.0220.0791-0.0318-0.054-0.03840.0890.0059-0.00610.1617-0.01990.2166-6.415325.177582.657
52.3091-1.376-0.0693.3977-0.19330.7048-0.0781-0.12760.10710.18020.12060.0463-0.13060.0139-0.01630.13750.00690.00810.13490.00670.133820.339917.447670.837
62.4184-0.2049-0.11833.7072-0.3951.25970.060.16870.39640.0037-0.0407-0.372-0.23940.16990.02640.14730.0254-0.00380.1745-0.00270.201322.636524.331366.3845
72.0621-1.1776-0.53171.11060.34740.50530.02940.1288-0.4292-0.052-0.13110.33860.0956-0.11940.07950.1473-0.0186-0.02920.1427-0.03350.27075.04198.932769.1318
82.02590.5060.47780.8969-0.04670.6398-0.11550.14870.2106-0.09320.09130.2385-0.0307-0.0698-0.00320.1631-0.0264-0.00530.14720.01630.170916.10844.8314114.4876
92.9488-0.0579-0.01282.39770.34712.02630.06070.1199-0.2863-0.0110.08350.15920.2219-0.4412-0.06870.1932-0.0365-0.03750.270.00170.255416.659428.9726120.9105
101.59420.55510.4981.1029-0.00420.9098-0.10720.04960.3684-0.04760.0790.2919-0.1928-0.05710.05090.1650.0014-0.00850.12760.01590.238219.261155.1719118.0613
113.8354-0.22722.39951.13250.53475.10880.15680.2314-0.0482-0.0418-0.02960.09850.1740.073-0.11250.1787-0.04610.0090.05590.03190.149434.811949.694112.5764
122.0871.26770.70722.32511.16992.2210.0662-0.0648-0.1730.0679-0.0241-0.22350.23210.1177-0.02870.13780.0181-0.00010.10590.03880.135181.00273.295827.3385
133.2785-0.7003-1.24450.73380.27021.11920.0262-0.18960.15810.03470.0227-0.1674-0.08720.163-0.04920.14-0.0232-0.02510.08540.01030.089474.44430.833128.6554
140.2595-0.5855-0.29440.95220.64530.9021-0.02330.1303-0.1218-0.07980.01190.0170.0234-0.05110.02730.1526-0.0195-0.01640.1816-0.02230.177163.205526.01919.7195
151.55850.5088-0.92042.1592-1.03911.87020.0292-0.00330.1491-0.0647-0.0789-0.2822-0.10150.15850.01980.125-0.0226-0.00540.13-0.00630.135374.624433.017226.3115
161.4974-0.769-0.64441.15680.23760.8671-0.114-0.3114-0.00690.24210.0928-0.10080.02690.13340.02170.1759-0.0131-0.03780.20330.01250.099173.161718.771442.2174
172.8465-1.8913-1.63723.05762.16532.94270.0666-0.0253-0.10370.0598-0.06920.1666-0.0563-0.17320.01060.1308-0.0197-0.0040.14560.05630.098355.375818.878236.8105
181.893-0.75650.5471.9740.30863.7043-0.1314-0.46370.15620.25050.244-0.2537-0.32290.3314-0.05090.1694-0.00960.00360.2978-0.0760.168382.98553.5588-4.9135
191.7666-0.02470.39880.5638-0.10730.86020.0219-0.0665-0.19250.03620.02270.02070.10610.0103-0.03680.14110.02460.02450.0923-0.00530.110262.9655-8.4225-17.0571
203.64351.4432.67641.12051.64043.31410.1233-0.40670.02370.2295-0.13520.07440.1191-0.22930.07590.17390.01130.01920.16540.01550.148856.9805-3.4015-1.6912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 225 through 282 )B225 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 283 through 424 )B283 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 425 through 456 )B425 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid -5 through 72 )C-5 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 73 through 205 )C73 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 206 through 281 )C206 - 281
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 282 through 457 )C282 - 457
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 4 through 171 )D4 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 172 through 250 )D172 - 250
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 251 through 424 )D251 - 424
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 425 through 458 )D425 - 458
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 3 through 72 )A3 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 73 through 132 )A73 - 132
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 133 through 225 )A133 - 225
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 226 through 281 )A226 - 281
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 282 through 424 )A282 - 424
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 425 through 457 )A425 - 457
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 5 through 36 )B5 - 36
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 37 through 171 )B37 - 171
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 172 through 224 )B172 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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