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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5njn | ||||||
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タイトル | Roll out the beta-barrel: structure and mechanism of Pac13, a unique nucleoside dehydratase | ||||||
要素 | Putative cupin_2 domain-containing isomerase | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Pac13 Cupin Pacidamycin | ||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / Putative cupin_2 domain-containing isomerase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Michailidou, F. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Goss, R.J.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins. 著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5njn.cif.gz | 35.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5njn.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5njn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) 遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: E2EKP5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 20% w/v PEG8K, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→57.85 Å / Num. obs: 19005 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.5 % / Biso Wilson estimate: 14.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 29.8 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1384 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→57.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.321 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.674 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→57.85 Å
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拘束条件 |
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