PDB-5fwh: N-terminal FHA domain from EssC a component of the bacterial Type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fwh

タイトル

N-terminal FHA domain from EssC a component of the bacterial Type VII secretion apparatus

要素

ESSC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

ATPASE (ATPアーゼ) / ESX-1 /

FORKHEAD-ASSOCIATED DOMAIN / FTSK/SPOIIIE

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity /

DNA binding /

ATP binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Zoltner, M. / Ng, W.M.A.V. / Money, J.J. / Fyfe, P.K. / Kneuper, H. / Palmer, T. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Essc: Domain Structures Inform on the Elusive Translocation Channel in the Type Vii Secretion System.
著者: Zoltner, M. / Ng, W.M.A.V. / Money, J.J. / Fyfe, P.K. / Kneuper, H. / Palmer, T. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2016年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fwh.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fwh.ent.gz	69.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fv0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e3u-d 1a0o-3 1ffw-2 1ffs-1 6tpr-d 5u0k-5 1i6a-d 2l1w-d 2yn1-d 2g3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESSC

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.792, 49.887, 94.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ESSC 分子量: 22260.387 Da / 分子数: 1 / 断片: FHA DOMAIN, RESIDUES 1-198 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア) プラスミド: PET27B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4IKE7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 1-196 ONLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→29.5 Å / Num. obs: 12092 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.06→47.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 18.873 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31307	574	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23725	-	-	-
obs	0.24097	11479	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	0	20	1514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.999	1.964	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.651	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.622	24.93	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.633	15	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.124	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.855	3.969	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.857	3.966	747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.359	5.921	928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.356	5.925	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.185	4.399	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.183	4.402	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.699	6.428	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.077	31.346	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.077	31.329	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.057→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	40	-
R_work	0.323	746	-
obs	-	-	90.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2284	0.1687	-1.7892	1.2899	-1.8806	3.005	0.3716	0.147	-0.2765	-0.1542	-0.0132	0.2865	0.1842	-0.0103	-0.3584	0.1921	0.0307	0.029	0.0166	-0.0326	0.2432	34.175	-0.637	65.455
2	1.5233	-0.6726	-0.6701	0.5488	1.1149	6.2005	0.055	-0.0397	-0.0457	0.0598	-0.1397	0.0858	-0.2987	-0.2391	0.0847	0.13	-0.0951	0.0236	0.1098	-0.0418	0.1685	32.227	4.055	68.332
3	1.6201	-1.3066	1.0208	1.5625	0.8502	6.8644	-0.1688	0.1557	-0.0076	0.1527	-0.002	0.0738	-0.107	0.311	0.1708	0.0213	-0.0068	-0.0026	0.082	0.0192	0.1811	41.512	-0.685	48.08

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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