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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fv0 | ||||||
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タイトル | The cytoplasmic domain of EssC | ||||||
要素 | ESX secretion system protein EccC | ||||||
キーワード | SECRETION (分泌) / ESX-1 / P-LOOP CONTAINING DOMAIN / FTSK/SPOIIIE / PROTEIN SECRETION / ATPASE (ATPアーゼ) / TYPE VII | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.91 Å | ||||||
データ登録者 | Zoltner, M. / Ng, W.M.A.V. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016 タイトル: EssC: domain structures inform on the elusive translocation channel in the Type VII secretion system. 著者: Zoltner, M. / Ng, W.M. / Money, J.J. / Fyfe, P.K. / Kneuper, H. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fv0.cif.gz | 398.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fv0.ent.gz | 329.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fv0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9388, -0.16, -0.305), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58886.328 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 966-1479 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 遺伝子: eccC, essC, GTNG_0419 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A4IKE7 #2: 化合物 | ChemComp-ONA / | #3: 化合物 | ChemComp-1PE / | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.2, 0.2M CALCIUM ACETATE, 20% (W/V) PEG300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→29.63 Å / Num. obs: 29986 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.07 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.91→122.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 43.416 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→122.75 Å
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拘束条件 |
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