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Yorodumi- PDB-2yn1: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yn1 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma- Proteobacteria Common Ancestor (LGPCA) from the Precambrian Period | |||||||||
Components | LGPCA THIOREDOXIN | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ALPHA BETA / ELECTRON TRANSPORT / ANCESTRAL RECONSTRUCTED PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / TRIETHYLENE GLYCOL Function and homology information | |||||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | |||||||||
Authors | Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | |||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2013 Title: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years Authors: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yn1.cif.gz | 152.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yn1.ent.gz | 124.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yn1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yj7C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 4ba7C 2trxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11724.506 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: counter-diffusion / pH: 3 Details: COUNTER-DIFFUSION TECHNIQUE. 30% PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NA CITRATE, PH 8.50, 277K. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.976 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→34.09 Å / Num. obs: 43308 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 12.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.47 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.35 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2TRX Resolution: 1.3→34.089 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→34.089 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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