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Yorodumi- PDB-2yj7: Crystal structure of a hyperstable protein from the Precambrian period -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yj7 | ||||||
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Title | Crystal structure of a hyperstable protein from the Precambrian period | ||||||
Components | LPBCA THIOREDOXIN | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Ingles, A. / Ibarra, B. / Garcia-Ruiz, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2013 Title: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years Authors: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yj7.cif.gz | 109.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yj7.ent.gz | 84.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yj7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yj7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yn1C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 4ba7C 2trxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12005.885 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #2: Chemical | ChemComp-NA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 33 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.5 / Details: 30% PEG 1500., pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.9334 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 15, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→48.45 Å / Num. obs: 21198 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.74 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2TRX Resolution: 1.65→48.449 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Phase error: 21.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.61 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.542 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→48.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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