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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ed6 | |||||||||
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タイトル | crystal structure of human Hint1 H114A mutant complexing with ATP | |||||||||
要素 | Histidine triad nucleotide-binding protein 1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / nucleotide binding (ヌクレオチド) / regulation of transcription (転写 (生物学)) / signal transduction (シグナル伝達) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide catabolic process / adenylylsulfatase activity / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / sulfur compound metabolic process / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of calcium-mediated signaling ...purine ribonucleotide catabolic process / adenylylsulfatase activity / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / sulfur compound metabolic process / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / 細胞骨格 / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, J. / Fang, P. / Guo, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Second messenger Ap4A polymerizes target protein HINT1 to transduce signals in Fc epsilon RI-activated mast cells. 著者: Yu, J. / Liu, Z. / Liang, Y. / Luo, F. / Zhang, J. / Tian, C. / Motzik, A. / Zheng, M. / Kang, J. / Zhong, G. / Liu, C. / Fang, P. / Guo, M. / Razin, E. / Wang, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ed6.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ed6.ent.gz | 87.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ed6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5ed6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5ed6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ed3C 6j53C 6j58C 6j5sC 6j5zC 6j64C 6j65C 4eqeS 5ecb 5ecz 5ed5 5efl 5efp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13957.096 Da / 分子数: 2 / 変異: H114A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-AMP / | #3: 化合物 | ChemComp-EPE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.52→32.161 Å / Num. obs: 35261 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 30.071 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 224835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EQE 解像度: 1.52→32.161 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.54 Å2 / Biso mean: 17.2514 Å2 / Biso min: 7.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.52→32.161 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.1859 Å / Origin y: 1.0106 Å / Origin z: 16.3277 Å
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精密化 TLSグループ |
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