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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dfx | ||||||
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タイトル | Structure of the parental state of GAF3 from Slr1393 of Synechocystis sp. PCC6803 (in vivo assembled protein/chromophore) | ||||||
要素 | Histidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cyanobacteriochrome / phycocyanobilin chromophore / photochromicity / bilin-binding GAF domain / phytochrome-related protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, X.-L. / Zhao, K.-H. / Gaertner, W. / Hoeppner, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Structural elements regulating the photochromicity in a cyanobacteriochrome 著者: Xu, X.-L. / Hoeppner, A. / Wiebeler, C. / Zhao, K.-H. / Schapiro, I. / Gaertner, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dfx.cif.gz | 51 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dfx.ent.gz | 37.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dfx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24856.637 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 441-597 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 遺伝子: slr1393 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73184, histidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.02 M Tris pH 7.0, 0.1 M sodium chloride, 7.7 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97916 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.96 Å / Num. obs: 22947 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 6.52 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 5.42 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.063 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.946 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.96 Å
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拘束条件 |
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