PDB-4w9u: Crystal Structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella meli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w9u

タイトル

Crystal Structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella melitensis

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

アシルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / NIAID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ /

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w9u.cif.gz	562.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w9u.ent.gz	464 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6u76-1 6uug-1 5xde-d 4zxv-d 3d6b-d 4zyj-d 5xdc-d 3gnc-d 3eom-d 3ii9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrabA.00027.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.020, 106.660, 99.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ARG	ARG	chain A	A	A	3 - 394	4 - 395
2	ARG	ARG	chain B	B	B	3 - 394	4 - 395
3	ALA	ALA	chain C	C	C	4 - 394	5 - 395
4	ALA	ALA	chain D	D	D	4 - 394	5 - 395

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 43370.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YPZ4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG(D2): 30% PEG-400, 100mM HEPES free acid/ NaOH, 200mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 63306 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.31 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 13.88 / Num. measured all: 288458

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46		4.6	0.892	0.557	2.51	21649	4672	4665	0.629	99.9
2.46-2.53			0.92	0.469	2.97	21109	4567	4552	0.53	99.7
2.53-2.6			0.94	0.396	3.49	20670	4463	4452	0.447	99.8
2.6-2.68			0.951	0.333	4.11	20023	4345	4320	0.377	99.4
2.68-2.77			0.965	0.284	4.82	19133	4131	4121	0.321	99.8
2.77-2.87			0.975	0.239	5.78	18807	4066	4051	0.27	99.6
2.87-2.98			0.983	0.179	7.75	18158	3933	3913	0.202	99.5
2.98-3.1			0.989	0.152	9.19	17292	3762	3745	0.172	99.5
3.1-3.24			0.993	0.115	11.41	16725	3618	3612	0.13	99.8
3.24-3.39			0.995	0.089	14.73	15789	3451	3438	0.1	99.6
3.39-3.58			0.996	0.075	17.53	14881	3310	3286	0.085	99.3
3.58-3.79			0.996	0.062	21.56	12827	3108	3008	0.071	96.8
3.79-4.06			0.998	0.049	25.38	12359	2926	2858	0.056	97.7
4.06-4.38			0.998	0.04	29.41	12067	2717	2696	0.046	99.2
4.38-4.8			0.998	0.038	30.86	11297	2544	2529	0.043	99.4
4.8-5.37			0.998	0.039	30.05	10059	2285	2270	0.045	99.3
5.37-6.2			0.998	0.041	28.04	8600	2006	2000	0.047	99.7
6.2-7.59			0.999	0.033	33.45	7835	1723	1719	0.037	99.8
7.59-10.73			0.999	0.024	41.35	5974	1336	1329	0.027	99.5
	10.73		0.999	0.024	42.12	3204	756	742	0.027	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: dev_1769)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→47.23 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2393	2806	4.97 %	Random selection
R_work	0.1797	53617	-	-
obs	0.1827	56423	88.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.23 Å² / B_iso mean: 43.9655 Å² / B_iso min: 12.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→47.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10940	0	24	330	11294
B_iso mean	-	-	52.42	36.16	-
残基数	-	-	-	-	1478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	15107
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1980
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.181	3972

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6561	X-RAY DIFFRACTION	7.987	TORSIONAL
1	2	B	6561	X-RAY DIFFRACTION	7.987	TORSIONAL
1	3	C	6561	X-RAY DIFFRACTION	7.987	TORSIONAL
1	4	D	6561	X-RAY DIFFRACTION	7.987	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4001-2.4414	0.3501	113	0.2711	2323	2436	77
2.4414-2.4858	0.3231	128	0.2614	2320	2448	77
2.4858-2.5337	0.3253	137	0.2398	2375	2512	79
2.5337-2.5854	0.2711	107	0.2303	2405	2512	80
2.5854-2.6416	0.3004	132	0.2216	2458	2590	81
2.6416-2.703	0.3074	135	0.2213	2450	2585	82
2.703-2.7706	0.2754	133	0.2189	2461	2594	82
2.7706-2.8455	0.2973	152	0.2239	2503	2655	83
2.8455-2.9292	0.351	132	0.2133	2606	2738	86
2.9292-3.0238	0.2655	147	0.2051	2615	2762	87
3.0238-3.1318	0.2685	144	0.2037	2703	2847	89
3.1318-3.2572	0.2525	130	0.1962	2827	2957	93
3.2572-3.4054	0.2603	140	0.1933	2879	3019	95
3.4054-3.5849	0.2338	146	0.1866	2896	3042	96
3.5849-3.8094	0.2418	173	0.1682	2814	2987	94
3.8094-4.1033	0.1966	142	0.1434	2904	3046	95
4.1033-4.516	0.183	154	0.1255	2958	3112	97
4.516-5.1688	0.1868	135	0.137	3018	3153	99
5.1688-6.5094	0.2166	162	0.1729	3009	3171	99
6.5094-47.2396	0.1908	164	0.1616	3093	3257	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2099	1.289	0.8508	2.5247	0.7782	3.8549	-0.2137	-0.3819	0.2184	0.2584	0.1843	-0.3391	-0.3066	-0.3493	-0.0723	0.3207	0.0572	0.0105	0.2345	-0.0844	0.3972	20.0493	72.0982	49.8983
2	2.6854	0.7424	0.0589	2.6381	-0.3474	3.6062	0.3048	-0.2842	-0.2497	0.7425	0.033	-0.5347	0.229	0.4286	-0.1904	0.4832	0.0739	-0.2176	0.3604	-0.1402	0.5015	30.1257	62.6882	59.3029
3	1.9345	-0.5561	1.0875	0.3444	0.0798	1.6486	0.2791	-0.3337	-0.5093	0.6034	0.1753	-0.6029	0.1521	0.0167	-0.2074	0.6125	0.0717	-0.2393	0.4373	-0.0892	0.465	28.3027	54.2831	60.1929
4	1.4195	0.4293	0.62	0.6867	0.4064	1.8005	0.2727	-0.5032	-0.8882	0.4625	-0.1303	-0.8357	0.3513	0.0424	-0.262	0.9512	0.0821	-0.4453	0.5639	-0.0094	0.6877	33.0464	44.185	68.0078
5	0.4317	-0.6019	-0.1884	1.0282	0.604	0.7081	0.0006	-0.5681	-0.5313	0.3662	0.2026	0.2182	0.9256	-0.1265	-0.2176	1.3362	0.1323	-0.6771	0.465	0.2384	0.8512	27.9818	38.2526	70.4875
6	2.8799	0.7682	-0.1321	0.2145	-0.2095	1.8253	0.0104	-0.2752	-1.0301	0.3658	0.2123	-0.7423	0.9366	-0.0001	-0.2236	0.9728	0.2075	-0.5521	0.5556	0.12	0.8281	35.5043	40.967	68.2798
7	1.3469	0.0225	0.3594	1.4405	-1.0442	3.1409	0.1557	-0.2011	-0.0798	0.2387	-0.0204	-0.3279	0.1432	0.5888	-0.1305	0.3904	0.0264	-0.0758	0.2693	-0.12	0.4049	23.8986	58.229	46.1936
8	0.6295	0.0493	-0.6698	1.3311	-0.0555	2.5253	-0.0156	-0.0062	-0.0342	0.0346	0.0856	-0.2333	0.1298	0.053	-0.1132	0.2959	0.0095	-0.0656	0.2788	-0.0728	0.3234	18.5082	59.0005	39.6192
9	3.814	0.0037	-0.2927	2.0975	-2.9437	7.3513	0.4924	0.3949	0.0695	-0.3733	0.3605	-0.3854	1.2742	0.2002	-0.2951	0.4183	0.1989	-0.1224	0.6444	-0.2968	0.5117	31.7651	54.7053	39.3853
10	2.272	1.2002	-2.4606	7.8094	-0.6916	6.1574	0.0253	-0.1981	-0.413	-0.1327	-0.0823	-0.7296	-0.3681	0.1223	0.0033	0.4544	0.0108	-0.0777	0.2417	0.0091	0.3165	12.9931	38.8252	47.6213
11	1.7348	-0.6569	0.6956	1.5112	-0.7349	1.3976	-0.0578	-0.2405	-0.053	0.2718	0.1085	0.2321	-0.1505	-0.2507	-0.0871	0.2657	0.0233	0.0845	0.3592	-0.0025	0.2919	-12.1184	64.908	40.622
12	3.7793	0.9999	0.1904	5.4314	-0.0593	3.491	-0.0873	0.3042	0.2515	-0.1581	0.1184	-0.1161	-0.3772	-0.1425	-0.0157	0.2749	0.0267	0.054	0.3135	0.0488	0.2908	-13.4811	79.0499	20.5288
13	1.1547	-0.3478	-0.0836	1.4062	-0.3121	0.3456	0.0491	-0.0023	-0.1047	-0.052	0.0431	0.1043	0.028	-0.1116	-0.0977	0.2116	-0.0027	0.0176	0.2946	-0.0054	0.2418	1.5724	53.8345	36.5533
14	3.1338	-0.1508	0.2063	3.18	0.8604	2.4342	-0.1169	0.0537	-0.0586	-0.3783	0.1067	0.2065	-0.1015	0.0387	-0.1372	0.4362	0.03	0.0242	0.2189	-0.0235	0.3705	12.2467	69.422	25.2105
15	2.8629	2.1931	1.2846	3.2064	-0.0373	0.9151	0.1896	0.153	-0.0518	-0.4013	-0.0271	0.2807	0.2298	-0.061	-0.0398	0.4497	0.009	-0.1463	0.2738	-0.0399	0.3028	5.8151	33.6382	0.6855
16	1.8217	0.5728	0.6336	1.6732	0.3074	0.9164	0.2681	-0.3453	-0.4729	-0.0742	0.0441	0.3006	0.5876	-0.4658	-0.1265	0.5176	-0.1784	-0.178	0.4506	0.0749	0.5921	-4.3446	18.704	12.4992
17	0.0409	-0.3464	0.0234	3.3343	-0.4157	0.8844	0.1713	-0.6511	-0.7531	0.5933	0.0135	0.6357	0.4059	-0.8281	-0.3206	0.5853	-0.2638	-0.1768	0.5471	0.3152	0.8197	-8.0281	13.8598	18.0505
18	1.2753	0.3262	0.3228	3.1802	0.2849	2.0562	0.1955	-0.5465	-0.7088	0.624	-0.0759	0.4375	0.9532	-0.7308	-0.2858	0.7191	-0.2669	-0.1418	0.6139	0.228	0.8148	-7.2104	11.9486	18.0567
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21	6.6294	-0.1669	-1.8446	4.5674	1.2558	3.2975	0.2066	0.0926	0.2232	-0.0202	-0.1222	0.2607	0.0325	-0.1954	-0.0875	0.2989	-0.044	-0.0412	0.209	0.0158	0.3863	12.8676	27.7747	30.3937
22	2.2808	0.9319	-0.7806	1.4489	-0.6242	1.3783	0.0317	0.0605	-0.4226	-0.2477	-0.0073	-0.3215	0.2632	0.1764	-0.0063	0.2944	0.0782	-0.0125	0.2643	-0.0617	0.3702	44.4491	37.4386	13.1802
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24	4.1641	-0.191	1.8958	3.2563	-1.9331	5.9811	-0.0951	0.1724	0.2158	-0.0546	0.0894	0.1048	-0.1395	-0.2034	0.1606	0.2418	0.0653	0.0492	0.3233	-0.0418	0.2781	50.5125	60.1044	7.4946
25	3.4759	1.1883	0.5403	3.9731	-0.4074	3.998	0.0153	-0.1351	-0.0515	0.1023	-0.2044	0.0949	-0.3256	0.086	0.2054	0.206	0.0547	0.0652	0.266	-0.0191	0.3034	53.7192	59.1186	11.6907
26	0.818	0.1451	-0.226	1.0391	-0.7597	1.8598	0.0925	-0.0262	-0.0549	-0.0077	0.0213	0.0018	0.1091	0.1845	-0.0388	0.2382	0.0115	-0.0326	0.2198	-0.0299	0.3067	28.5704	39.5154	22.2499
27	9.5538	1.5713	-4.3203	3.9535	0.0633	9.5368	0.3129	-0.9945	0.422	0.3469	0.3406	-0.6428	-0.1806	0.6655	-0.5771	0.2709	0.0031	-0.0368	0.3851	-0.1186	0.4532	35.4408	45.0376	31.4055
28	9.2503	-0.9153	4.0014	6.3233	-0.5582	2.7005	0.2916	0.2545	0.171	-0.5497	0.0102	-0.6021	0.02	0.7754	-0.166	0.339	0.014	0.0753	0.2926	-0.0385	0.3858	24.9472	58.6274	12.3568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 35 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 90 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 116 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 177 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 198 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 241 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 242 through 277 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 278 through 347 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 348 through 371 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 372 through 394 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 129 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 130 through 241 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 242 through 371 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 372 through 394 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 4 through 90 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 91 through 177 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 178 through 218 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 219 through 242 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 243 through 347 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 348 through 371 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 372 through 394 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 4 through 129 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 130 through 167 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 168 through 198 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 199 through 242 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 243 through 347 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 348 through 371 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 372 through 394 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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