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Yorodumi- PDB-6u76: Structure of methanesulfinate monooxygenase MsuC from Pseudomonas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u76 | ||||||
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Title | Structure of methanesulfinate monooxygenase MsuC from Pseudomonas fluorescens. | ||||||
Components | methanesulfinate monooxygenase | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / two-component flavin-dependent monooxygenase / methyl sulfur assimilation / dimethylsulfide / global sulfur cycle | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens Pf0-1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Soule, J. / Gnann, A.D. / Parker, M.J. / McKenna, K.C. / Nguyen, S.V. / Phan, N.T. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: To be published Authors: Soule, J. / Gnann, A.D. / Parker, M.J. / McKenna, K.C. / Nguyen, S.V. / Phan, N.T. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u76.cif.gz | 378.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u76.ent.gz | 256.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u76.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u76 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5xb8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46258.012 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens Pf0-1 (bacteria) Strain: Pf0-1 / Gene: Pfl01_3917 / Plasmid: pPfl01_msuC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q3K9A0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.95 % / Description: trapezoidal shaped, small crystals |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris (pH 8.5) 0.1 M MgCl2 15% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→46.7 Å / Num. obs: 47163 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 9.5 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.081 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 26.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 4625 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.91 / Rsym value: 0.853 / Χ2: 0.691 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5XB8 Resolution: 2.1→46.7 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE Details: Rounds of simulated annealing, minimization, and B-factor refinement were conducted until convergence. TLS refinement was added in the final stages of refinement.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→46.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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