PDB-3x0y: Crystal structure of FMN-bound DszC from Rhodococcus erythropolis D-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x0y

タイトル

Crystal structure of FMN-bound DszC from Rhodococcus erythropolis D-1

要素

DszC

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DBT monooxygenase /

desulfurization (脱硫) /

acyl-CoA dehydrogenase domain (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / FMN-dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

dibenzothiophene catabolic process / dibenzothiophene monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors /

monooxygenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guan, L.J. / Lee, W.C. / Wang, S.P. / Ohtsuka, J. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of apo-DszC and FMN-bound DszC from Rhodococcus erythropolis D-1.
著者: Guan, L.J. / Lee, W.C. / Wang, S. / Ohshiro, T. / Izumi, Y. / Ohtsuka, J. / Tanokura, M.

履歴

登録	2014年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x0y.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x0y.ent.gz	1009.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3x0xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xde-d 5xdc-d 5xdb-d 4nxl-d 3x0x-2 4jek-1 4jek-2 2jbs-d 3x0x-1 6u76-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DszC

B: DszC

C: DszC

D: DszC

E: DszC

F: DszC

G: DszC

H: DszC

ヘテロ分子

363 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DszC

F: DszC

G: DszC

H: DszC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DszC

C: DszC

D: DszC

E: DszC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.480, 123.520, 184.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DszC / monooxygenase 分子量: 45145.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 株: D-1 / 遺伝子: dszC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C6DRW4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER LC027463.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M Malonate (pH 6.0), 24% (w/v) PEG 3350, 50mM NaF, 1mM FMN, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 141218 / Num. obs: 140320 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→44.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 19.337 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27232	7038	5 %	RANDOM
R_work	0.22953	-	-	-
obs	0.23165	133279	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.111 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	1.55 Å²
2-	-	-1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24462	0	124	795	25381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	25215
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	23194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.867	1.935	34410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.708	3	53105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.346	5	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.804	23.757	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.754	15	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.933	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	29514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.393	1.848	12826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.393	1.848	12825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.733	2.771	16022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.203	1.889	12389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.304→2.364 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	519	-
R_work	0.277	9127	-
obs	-	-	92.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5072	-0.2389	-0.3606	0.5098	0.0776	0.3209	-0.0344	0.0487	-0.0101	0.0054	0.0034	-0.1068	0.083	-0.0847	0.0311	0.1536	0.0171	-0.1023	0.3138	-0.0085	0.1935	-98.224	26.627	32.659
2	0.3118	-0.1971	0.0944	0.6251	0.0907	0.1126	0.1694	0.1053	-0.0129	-0.1152	-0.2178	0.0728	0.0393	0.0275	0.0484	0.178	0.1004	-0.1282	0.3804	-0.0216	0.1797	-129.705	66.125	15.157
3	0.785	-0.2327	-0.2915	0.1449	0.1029	0.2474	0.0454	0.0852	0.1572	0.0144	-0.0452	-0.1427	0.0192	-0.0558	-0.0003	0.0756	0.0642	-0.0589	0.3169	0.0823	0.303	-89.435	70.098	24.964
4	0.4779	-0.5831	0.153	1.1769	-0.1525	0.06	0.0145	0.0364	0.2216	0.0173	-0.0648	-0.226	0.0143	-0.0284	0.0503	0.085	0.0617	-0.087	0.2955	0.0462	0.3423	-127.34	105.093	29.065
5	0.3775	-0.2518	-0.1536	0.4127	-0.1847	0.5851	-0.1429	-0.0667	0.1537	0.2046	0.0694	-0.1224	-0.0649	0.0006	0.0735	0.2002	0.0589	-0.1657	0.3137	-0.0556	0.2219	-108.338	83.718	59.247
6	0.5618	-0.1499	-0.149	0.1125	0.0967	0.4872	0.0848	0.0594	-0.0333	0.0806	-0.0938	0.0173	0.048	-0.2004	0.009	0.1793	-0.0869	-0.0518	0.3875	-0.027	0.1655	-133.886	33.885	52.197
7	0.3077	0.2913	0.2672	0.3832	0.4048	0.5507	0.0892	0.0004	-0.0459	0.1743	0.0283	-0.1643	0.0786	-0.0027	-0.1175	0.2688	0.0209	-0.2361	0.3268	-0.0033	0.2299	-85.336	41.265	69.332
8	0.3789	0.3177	-0.1974	0.9514	-0.3419	0.4084	0.0537	-0.0798	-0.0585	0.3941	-0.1175	-0.0178	0.0716	-0.0529	0.0638	0.588	-0.1404	-0.0818	0.3289	0.0367	0.0686	-111.987	11.672	80.056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	18 - 417
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 500
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	17 - 417
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	18 - 500
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	17 - 417
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	18 - 417

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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