PDB-3ii9: Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from Burkholderia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ii9

タイトル

Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei at 1.73 Angstrom

要素

Glutaryl-CoA dehydrogenase

グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SlipChip /

Microfluidics (マイクロ流体力学) / Screening /

Optimization (数理最適化) /

protein crystallization /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / FAD /

Flavoprotein (フラボタンパク質) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glutaryl-CoA dehydrogenase (ETF) /

glutaryl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Ismagilov, R.F. / Li, L. / Du, W.B. / Staker, B. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: User-loaded SlipChip for equipment-free multiplexed nanoliter-scale experiments.
著者: Li, L. / Du, W. / Ismagilov, R.

履歴

登録	2009年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ii9.cif.gz	322.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ii9.ent.gz	261.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ii9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6bS 3eom S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3eon-d 3eom-d 3gnc-d 3d6b-d 3gqt-d 4m9a-d 2r0m-1 3mxl-d 4iv6-1 4jek-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

B: Glutaryl-CoA dehydrogenase

C: Glutaryl-CoA dehydrogenase

D: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.966, 141.268, 84.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glutaryl-CoA dehydrogenase / グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 43256.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) 株: 1710B / 遺伝子: BURPS1710b_3237 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) 参照: UniProt: Q3JP94, グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ

#1: タンパク質

Glutaryl-CoA dehydrogenase /

グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ

分子量: 43256.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
株: 1710B / 遺伝子: BURPS1710b_3237 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)
参照: UniProt: Q3JP94,

グルタリルCoAデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 925分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: microfluidic microbatch / pH: 8.5 詳細: 19.4% PEG 400, 43 mM Tris 8.5, 86 mM MgCl2, Microfluidic microbatch, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 177485 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.045
反射シェル	解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 3D6B

3d6b

解像度: 1.74→40.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19561	8897	5 %	RANDOM
R_work	0.17037	-	-	-
obs	0.17164	168491	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.107 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→40.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11785	0	121	907	12813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	12209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.966	16469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	3	20453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.224	5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.208	23.25	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.382	15	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.356	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.354	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	7643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.146	1.5	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.192	2	12177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.011	3	4566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.378	4.5	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.736→1.781 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	595	-
R_work	0.269	11510	-
obs	-	-	91.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5154	0.0639	-0.6525	0.6482	-0.1528	0.8181	-0.086	0.0334	-0.3163	-0.0971	-0.0014	-0.0606	0.1668	0.0565	0.0873	0.1123	0.0182	0.018	0.0936	-0.0152	0.1319	38.8743	-27.2442	10.9781
2	2.3831	1.0937	-0.9939	1.7103	-1.1047	2.6153	-0.185	0.3973	-0.0308	-0.3203	0.1326	-0.0617	0.0587	-0.0867	0.0524	0.1593	-0.0112	0.0462	0.157	-0.0385	0.037	49.7521	-14.5088	-8.9552
3	1.4075	0.3198	-0.9484	0.5716	-0.407	1.7533	-0.0815	0.1601	-0.0444	-0.135	0.0297	-0.0682	0.0336	0.0552	0.0519	0.1262	0.0125	0.0238	0.1165	-0.0155	0.0761	46.3741	-14.6494	2.0635
4	0.9319	0.0103	0.6907	0.7956	0.8222	5.5806	-0.0355	-0.076	-0.053	0.0911	0.0661	0.041	0.0299	0.0441	-0.0306	0.0907	0.0149	0.0094	0.1025	0.0142	0.1047	26.876	-16.3725	26.4316
5	1.7496	0.4078	1.6236	0.8126	0.3677	3.9984	-0.0723	0.1479	0.034	-0.0758	0.0161	0.0023	-0.0606	0.1247	0.0562	0.1011	0.0018	0.0012	0.1356	-0.0092	0.0958	29.5263	-12.2737	9.4672
6	9.2569	-0.603	-6.0961	1.8962	4.959	15.2715	-0.4323	-1.7157	-0.8347	0.3707	0.6122	-0.2958	1.0353	2.1655	-0.1799	0.5163	0.1413	-0.0697	0.7029	0.0275	0.5587	42.7335	-13.4115	31.4039
7	5.6422	-0.8658	1.9908	9.9117	-0.4483	8.3483	-0.0467	0.2148	0.1991	-0.5284	-0.0082	-0.1162	-0.2614	0.0348	0.0548	0.0715	-0.0002	0.023	0.135	-0.0344	0.0954	41.6581	-9.9237	15.5413
8	2.9846	-0.2482	0.6412	6.4228	-0.1679	5.9888	-0.0976	0.2784	0.2754	-0.2079	0.0824	-0.5246	-0.3865	0.3908	0.0152	0.1359	-0.0308	0.0117	0.1338	0.0268	0.0943	28.1379	0.9128	0.5803
9	1.3018	0.156	-0.494	0.2059	0.0886	0.7663	-0.035	0.2589	-0.0403	-0.0746	0.0062	0.147	-0.0003	-0.1921	0.0288	0.0763	-0.0067	-0.0455	0.1584	0.006	0.1611	-0.9615	-13.7672	9.5738
10	2.1874	-0.7075	-0.8103	2.0886	0.3516	2.3947	-0.1677	-0.2458	-0.2591	0.2645	0.0318	0.1114	0.1845	0.0157	0.1359	0.0543	-0.0056	0.0326	0.1049	0.03	0.1691	-9.8993	-20.247	30.7782
11	1.7067	0.092	-0.7739	0.6628	-0.0303	0.6987	-0.1133	-0.1523	-0.1533	0.1126	0.0379	0.1145	0.0755	0.0123	0.0754	0.0725	0.0047	-0.0041	0.1168	0.0269	0.1239	-3.7726	-15.3061	28.4512
12	27.9511	22.282	-3.2979	44.6841	-0.9872	8.8253	-0.0933	0.2232	1.7669	-0.1066	0.285	0.1001	-0.5277	-0.035	-0.1916	0.2841	0.0588	-0.0253	0.1685	0.1414	0.3246	17.2564	13.7334	-0.0399
13	1.7519	2.7842	-0.9637	8.4417	-2.6828	1.4715	-0.0024	0.0688	0.034	-0.1146	-0.0027	0.0702	-0.0001	0.025	0.005	0.0751	-0.0026	-0.0225	0.13	0.0001	0.0995	18.5879	-7.6747	9.2214
14	0.9352	-0.256	0.0329	5.0933	-1.2424	0.9786	-0.0652	-0.0612	-0.0474	0.1337	0.1053	0.0492	-0.0346	-0.0249	-0.04	0.0713	-0.0066	-0.0042	0.1085	0.0132	0.1214	13.628	-14.4939	19.9316
15	3.0353	1.9314	-1.6206	2.7563	0.2966	2.0336	-0.0012	0.112	0.0524	-0.067	0.0036	0.0707	-0.1	-0.0952	-0.0024	0.153	0.0047	-0.0131	0.1464	0.0329	0.203	7.1258	2.9222	17.5209
16	5.0866	-0.3084	1.7226	5.9649	-2.391	5.9482	-0.0605	-0.6398	0.0585	0.6749	0.053	0.4739	-0.2594	-0.7258	0.0075	0.19	0.0013	0.0511	0.2505	0.0047	0.1394	16.4792	-15.5888	34.2559
17	1.0501	-0.2363	0.3444	0.6134	-0.17	0.6386	-0.0248	-0.0429	0.2082	0.0253	0.0032	-0.1827	-0.1188	0.1512	0.0216	0.1108	-0.0307	-0.0209	0.1141	-0.0122	0.1303	52.1646	14.4167	33.9361
18	2.8563	0.4099	0.2862	1.8216	-0.203	3.2278	-0.0005	-0.185	0.0044	0.141	0.0351	-0.1164	-0.1106	0.0111	-0.0347	0.0913	0.0135	-0.0561	0.1428	-0.0141	0.0567	53.4631	3.8519	51.1406
19	1.6319	-0.161	-0.0516	1.6893	-0.6744	2.5839	-0.039	-0.2764	-0.1768	0.1038	0.0317	0.0718	0.1094	-0.1722	0.0073	0.0649	-0.0186	-0.0273	0.1748	0.0166	0.0528	51.1195	-7.2162	57.2453
20	0.6767	-0.5192	0.0772	0.5843	-0.1762	2.7807	-0.0466	-0.1703	-0.0482	0.1198	-0.0005	-0.007	0.1656	0.1328	0.0472	0.0938	-0.0298	-0.0201	0.161	0.0089	0.0999	55.574	-6.1198	50.1587
21	1.4089	-0.285	0.4269	0.7413	-0.9193	5.7344	0.0175	0.122	0.0368	-0.0749	0.0068	-0.0626	0.0844	0.0914	-0.0243	0.1054	-0.018	-0.0163	0.0907	-0.0046	0.1087	42.3345	8.7382	24.5985
22	0.7927	-0.1045	-0.2218	0.6367	0.237	2.6662	-0.029	-0.0689	0.0701	0.0469	0.0177	-0.0116	-0.1165	0.0038	0.0112	0.1106	0.0103	-0.0202	0.096	-0.0003	0.1076	34.3454	12.6731	31.2101
23	3.7364	-1.1067	1.3642	3.705	-0.4027	2.7535	0.0148	0.3032	0.0454	-0.1752	-0.1159	-0.109	-0.0279	0.1834	0.1011	0.108	-0.0042	-0.0044	0.1131	-0.0036	0.0757	43.7093	0.8616	20.5904
24	4.479	1.239	-2.4285	1.3161	-0.1096	3.9868	-0.2431	-0.1384	-0.444	0.1536	0.0571	-0.2366	0.2538	0.2153	0.186	0.178	0.0199	-0.0138	0.1173	0.0316	0.1172	28.4999	-1.2619	42.317
25	0.7361	-0.6552	0.3503	1.1439	-0.3243	0.9437	-0.1257	-0.2183	0.0763	0.2067	0.1341	0.0095	-0.3089	-0.2	-0.0084	0.1911	0.0701	0.0331	0.0936	-0.0017	0.0781	11.5382	27.3923	35.3004
26	3.0698	1.4023	0.7207	2.6321	-0.7892	1.5606	-0.0123	0.0194	0.0849	0.1211	0.1049	0.1187	-0.0912	-0.1618	-0.0926	0.1599	0.0598	0.0284	0.048	0.0226	0.1303	12.8422	25.1184	29.8821
27	1.1542	-0.0862	0.2752	1.1609	-1.3811	2.6078	-0.0523	0.047	-0.0088	0.0925	0.1018	0.0971	-0.0965	-0.1273	-0.0495	0.1577	0.0568	-0.0035	0.0364	0.0314	0.1284	8.514	35.8558	11.8258
28	0.9171	-0.1833	0.412	1.482	-1.2704	1.6394	-0.0495	0.1131	0.0827	-0.0621	0.0661	0.0367	-0.0578	-0.0741	-0.0166	0.1488	0.0483	0.0119	0.047	0.017	0.0886	10.7648	31.0005	11.6066
29	7.2603	2.804	0.7242	19.2682	-3.8535	5.3105	0.1533	-0.2332	-0.5005	0.2014	-0.01	0.0794	0.1844	-0.3189	-0.1433	0.1072	0.0192	0.0232	0.1296	0.0571	0.1084	10.8003	-0.6151	42.1065
30	1.0433	0.6332	-0.3582	1.5728	-0.8399	1.0579	-0.0303	0.0079	0.0743	0.0169	0.0471	-0.0001	-0.0753	-0.015	-0.0168	0.1271	0.0235	-0.0038	0.0643	0.0153	0.1101	23.6013	13.8664	29.8992
31	3.0751	-0.6735	1.1619	7.0278	-0.1568	2.8089	0.017	-0.1331	-0.0584	0.061	0.0161	0.1453	0.0838	-0.1314	-0.033	0.0993	0.0143	-0.0089	0.0681	0.0392	0.1362	8.374	8.4849	26.5717
32	4.2214	0.3168	-3.3263	5.865	-1.6013	5.2603	-0.2481	0.7867	0.116	-0.6935	0.1338	0.478	-0.1764	-0.6666	0.1142	0.2803	-0.0042	-0.0699	0.2183	0.0406	0.154	27.81	17.7679	9.9477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	197 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	276 - 316
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	317 - 346
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	347 - 359
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	360 - 374
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	375 - 395
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	4 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	102 - 180
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	181 - 276
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	277 - 285
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	286 - 316
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	317 - 345
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	346 - 372
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	373 - 395
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	4 - 98
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	99 - 150
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	151 - 197
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	198 - 243
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	244 - 287
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	288 - 337
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	338 - 369
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	370 - 395
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	3 - 78
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	79 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	101 - 181
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	182 - 269
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	270 - 284
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	285 - 346
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	347 - 372
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	373 - 395

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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